Objetivo: Caracterizar genéticamente Cryptosporidium spp para determinar la diversidad de especies en seres humanos. Pacientes y Métodos: estudio transversal realizado en Valparaíso, Chile, Un total de 458 pacientes participaron del estudio; 259 inmunodeficientes (pacientes con infección por VIH, oncológicos, con trasplante renal, síndrome de hiper IgM y una mujer embarazada sin infección por VIH) y 178 inmunocompetentes proporcionaron muestras fecales y 21 muestras de bilis. Resultados: Se obtuvieron 29 (6,3%) muestras positivas; 25 (9,7%) de inmunodeficientes: 18 (7,3%) de pacientes con infección por VIH y 7 con otras inmunodeficiencias; los restantes 4 (2,2%) fueron de personas inmunocompetentes. La genotipificación de Cryptosporidium se efectuó mediante reacción de polimerasa en cadena (RPC) anidada y el polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción y/o RPC - secuenciación de la SSU ARNr, a partir de ooquistes en la muestra fecal. Se identificaron 4 especies: C. parvum, C. hominis, C. muris y C. meleagridis. En pacientes inmunodeficientes, se caracterizaron 16 C. parvum, 8 C. hominis y un C. muris; en inmunocompetentes: 3 C. hominis y un C. meleagridis. Conclusión: Los resultados indican que se produce transmisión zoonótica y antroponótica y que C. parvum es la especie predominante en este estudio. Las especies de Cryptosporidium de transmisión zoonótica representan el 62% en los seres humanos participantes de este estudio.