Red clover is a perennial forage crop rich in isoflavones, the bioactive compounds with a positive effect on human and animal health. The aim of the research was to determine a variation in the isoflavone contents in the Croatian red clover collection and to identify the most promising materials to be used in the breeding program for the development of new cultivars for specific purposes. Leaf samples of 29 red clover cultivars/populations (two cultivars, twenty breeding populations, and seven local populations) were collected in a full flowering stage, and the identification and quantification of isoflavones was performed using the HPLC analysis. The most common isoflavones in the red clover cultivars/populations were formononetin and biochanin A. A significant variation among the cultivars/populations in the total and individual isoflavone content was determined. The populations with very high and low contents of both the total and of the individual isoflavones were identified to be used for the breeding purposes in order to develop new forage cultivars, or for specific goals in the pharmaceutical industry. Crvena djetelina višegodišnja je krmna kultura bogata izoflavonima, bioaktivnim spojevima s pozitivnim utjecajem na zdravlje ljudi i životinja. Cilj istraživanja bio je utvrditi varijabilnost sadržaja izoflavona hrvatske kolekcije crvene djeteline te identificirati najzanimljivije materijale koji će se koristiti u oplemenjivačkome programu za razvoj novih sorata za specifične namjene. Uzorci lista prikupljeni su u stadiju pune cvatnje iz 29 sorata/populacija crvene djeteline (dvije sorte, dvadeset oplemenjivačkih populacija, sedam lokalnih populacija), a identifikacija i kvantifikacija izoflavona obavljena je pomoću HPLC analize. Najzastupljeniji izoflavoni u sortama/populacijama crvene djeteline bili su formononetin i biohanin A. Utvrđena je značajna varijabilnost među sortama/populacijama u sadržaju ukupnih i individualnih izoflavona. Identificirane su populacije s vrlo visokim i niskim sadržajem kako ukupnih, tako i pojedinačnih izoflavona koje će se koristiti u oplemenjivačke svrhe za razvoj novih krmnih kultivara ili za specifične namjene u farmaceutskoj industriji.