Za razliku od genomike, koja se temelji na proučavanju građe – anatomije gena, epigenomika se temelji na izučavanju nasljednih varijacija u aktivnosti gena, dakle njihovoj fiziologiji. Osnovni epigenetički procesi, regulatori aktivnosti gena su metilacija molekule DNA i post translacijske modifikacije histona. Ova dva procesa međusobno se nadopunjuju pri čemu stvaraju epigenetičku mrežu događaja koja u konačnici regulira aktivnost pojedinih gena. Uspostava određenog tipa epigenetičke mreže ovisi o anatomiji gena i njegovog promotora te stalnom međudjelovanju egzogenih i endogenih čimbenika koji dovode do stvaranja karakterističnog epigenetičkog biljega. Sve se više uviđa važnost reverzibilnosti uspostave i uklanjanja epigenetičkih molekularnih biljega u svim, a naročito u zloćudnim bolestima. Istraživanja u području epigenomike, primjene novih, epigenomskih pristupa u liječenju, a posebno u području razvoja “pametnih”, epigenetičkih lijekova, u uzlaznoj su putanji koja još uvijek nije dosegla svoj zenit.