Autoimune bolesti nastaju kao posljedica djelovanja imunološkog sustava protiv stanica vlastitog organizma. Ovisno o ciljnim stanicama autoimune bolesti možemo podijeliti na organ specifične, tj. one koje zahvaćaju samo jedan organ odnosno organski sustav te sistemske autoimune bolesti. U velikom broju bolesti koje pripadaju ovoj skupini može biti zahvaćena sluznica usne šupljine, a kliničke slike kojima se manifestiraju mogu biti vrlo raznolike. Oralne se lezije mogu pojaviti u najranijim stadijima autoimunih bolesti, a nekima od njih mogu biti prva, pa čak i jedina manifestacija. S obzirom da mnoge od tih bolesti mogu imati ozbiljnu životnu prognozu važno je promjene na sluznici usne šupljine pravodobno prepoznati, dijagnosticirati te započeti odgovarajuće liječenje. U ovome su radu obrađene autoimune bolesti koje se najčešće manifestiraju na sluznici usne šupljine kao što su autoimune bulozne dermatoze te eritemski lupus.