A rapid and sensitive method has been developed for the differentiation of the species of Seiridium causing cypress canker in the Mediterranean region. The assay was based on the PCR-amplification of the Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) region from the ribosomal RNA. Once the piece of DNA was generated, the SSCP technique was applied to detect sequence polymorphism in the investigated fungal species. Minor sequence variations in the single-stranded amplified DNA fragments caused subtle changes in conformation and thus a different mobility on the polyacrylamide gels, allowing the species S. cardinale and S. cupressi to be differentiated. The SSCP assay showed inter-, but not intra-specific differences in the patterns. PCR-SSCP analysis provides a novel method by which to recognise and distinguish important plant pathogenic fungi and should have obvious applications in taxonomic classification E' stato sviluppato un metodo rapido e sensibile per la differenziazione delle specie di Seiridium cardinale agenti del cancro del cipresso nella regione mediterranea. Il saggio era basato sull'amplificazione PCR della regione Internal Transcriber spacer 2 (ITS2) dell'RNA ribosomiale. Una volta che il pezzo di DNA era stato generato, veniva applicata la tecnica SSCP per determinare il polimorfismo della sequenza nelle specie fungine studiate. Variazioni minori della sequenza nei frammenti di DNA amplificato a elica semplice determinavano variazioni impercettibili nella conformazione e cosi' una mobilita' differente sui gel di poliacrilamide, consentendo la differenziazione delle specie S. cardinale e S. cupressi. Il saggio SSCP evidenziava differenze inter-, ma non intra-specifiche nelle configurazioni. L'analisi PCR-SSCP fornisce un metodo innovativo mediante il quale e' possibile individuare e distinguere importanti funghi patogeni delle piante e dovrebbe avere ovvie applicazioni nella classificazione tassonomica