En acuicultura, la intensificación de los cultivos para obtener grandes volúmenes de producción conlleva a establecer un ambiente que genera estrés en los organismos. Estas condiciones debilitan su sistema inmune lo que incrementa la propagación de enfermedades y generan grandes pérdidas económicas. Uno de los factores responsables de la mortalidad de las especies cultivadas son las infecciones fúngicas. En las granjas de cultivo, los procedimientos de manejo que se realizan durante las etapas de incubación, cría y engorde son importantes para el rendimiento final del producto. Una de las etapas cruciales es la incubación, ya que en esta etapa suele haber un alto grado de mortalidad. Se han realizado diversos estudios que utilizan productos químicos para la profilaxis, desinfección y control de las micosis. Esta utilización ha provocado la resistencia de los agentes patógenos y la acumulación de residuos en los tejidos de los organismos acuáticos o en el ambiente. Por ello, se están desarrollando otras formas de terapia más rentables y con menos efectos deletéreos sobre el medio ambiente. La fitoterapia surge como una alternativa por su comprobada acción ante enfermedades de diversa etiología. En esta revisión se compila y discute la bibliografía existente sobre las enfermedades fúngicas más comunes en los peces, anfibios y crustáceos, se enfatiza en las que afectan a las ovas de los organismos en cultivo y se analizan los antimicóticos naturales utilizados in vitro e in vivo en acuicultura.