Latar belakang. Para dokter sering mengalami kesulitan membedakan diare akut yang disebabkan oleh bakteri maupun non-bakteri.Kadar laktoferin (LF) tinja merupakan petanda migrasi neutrofil dalam lumen usus dan dihubungkan dengan inflamasi usus.Tujuan. Mengetahui hubungan antara patogen usus dengan kadar LF tinja pada anak dengan diare akutMetode. Penelitian analitik observasional dengan pendekatan potong lintang dilakukan di dua rumah sakit umum kota Manado selamabulan Juli hingga November 2013. Pengambilan sampel dilakukan secara konsekutif pada anak berusia 7-60 bulan yang menderitadiare akut. Hasil dianalisis secara deskriptif untuk data karakteristik anak dan data laboratorium, serta analisis regresi dan korelasilinier sederhana. Data diolah menggunakan program SPSS versi 21, dengan tingkat kemaknaan p<0,05.Hasil. Total sampel yang didapatkan 43 pasien diare akut, terdiri atas 25 laki-laki dan 18 perempuan. Kadar LF tinja yang disebabkanoleh patogen usus bakteri didapatkan rerata 9,65 (SB 3,69) μg/g. Sementara kadar LF tinja yang disebabkan oleh patogen usus nonbakteri didapatkan rerata 3,72 (SB 1,48) μg/g. Terdapat perbedaan bermakna rerata LF tinja pada kedua kelompok patogen usus(p<0,001, r=0,591).Kesimpulan. Adanya hubungan yang bermakna antara patogen usus dengan kadar laktoferin tinja pada anak dengan diare akut.Patogen usus golongan bakteri memiliki kadar laktoferin tinja yang lebih tinggi daripada patogen usus golongan non bakteri.