Tradicionalne filogenetske i taksonomske metode temeljene na istraživanju i usporedbi morfoloških obilježja u novije se vrijeme dopunjavaju ili čak i potpuno zamjenjuju molekularno-filogenetskim metodama koje upotrebljavaju veliki broj molekularnih markera - mitohondrijalnih i nuklearnih gena i genomskih regija. Molekularna filogenija znatno je promijenila znanja o taksonomskom položaju velikoga broja taksona kukaca (Hexapoda) te otvorila brojna pitanja o evoluciji bazalnih linija Hexapoda i o njihovu odnosu prema ostalim glavnim linijama člankonožaca (Arthropoda) - rakova (Crustacea), stonoga (Myriapoda) i klještara (Chelicerata). Neke od analiza podržavaju monofiliju Ellipura, a neke upućuju na polifiliju ili parafiliju Entognatha. Brojna novija istraživanja molekularnih i morfoloških podataka podržavaju blisku vezu između Hexapoda i Crustacea, tzv. "Pancrustacea", koja je u suprotnosti s tradicionalnom hipotezom o bliskoj vezi između Hexapoda i Myriapoda (tzv. "Tracheata"). Neki od rezultata čak upućuju na uzajamnu parafiliju Crustacea i Hexapoda. Neke analize podržavaju vezu između Pancrustacea i Myriapoda (tzv. "Mandibulata"), a ostale daju podršku bliskoj vezi između Myriapoda i Chelicerata (tzv. "Paradoxopoda" ili "Myriochelata"). Te hipoteze upućuju na to da su tijekom evolucije člankonožaca barem tri puta neovisno pojedine linije prelazile iz vode na kopno. Sve ove nove pretpostavke moraju biti provjerene i uspoređene s klasičnim hipotezama o evolucijskim odnosima kukaca i člankonožaca.