ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
  • Primerjava dinamičnih lastnosti monomera in dimera stefina A na podlagi raziskav z jedrsko magnetno resonanco = Comparison of dynamical properies of monomer and dimer of stefin A by use of nuclear magnetic resonance : diplomska naloga
    Japelj, Boštjan, 1978-
    Stefin A je protein, ki spada v naddruzino cistatinov. Deluje kot moèan, reverzibilni inhibitor papainu podobnih cisteinskih proteinaz. Njegovo delovanje je sestavni del kontrolnega mehanizma, ki je ... odgovoren za razgradnjo proteinov in na ta naèin sèiti celice pred nezeljeno lastno proteolizo in proteolizo patogenih organizmov. Stefin A je zelo stabilen monomeren protein, pri pogojih, ki povzroèijo njegovo denaturacijo, pa tvori simetriène dimere. Pred nedavnim so pokazali, da dimerizacija stefina A poteka po mehanizmu, ki ga imenujemo izmenjava domen. Inaktivacija inhibitorjev cisteinskih proteaz zaradi mutacij inžali tvorbe intracelularnih agregatov je odgovorna za stevilne bolezni, zato ima tvorba dimerov lahko pomembne fizioloske posledice. Tvorba proteinskih agregatov preko izmenjave domen je slabo raziskana in do danes v literaturi se ni bila opisana nobena studija posledic taksnega tipa dimerizacije na gibljivost polipeptidnega ogrodja. Zato smo se odloèili izmeriti in primerjati dinamiko monomera in dimera stefina A v raztopini. Dinamiko monomerne oblike proteina, ki vsebuje 98 aminokislin in dimera smo ocenili s pomoèjo od modela neodvisnega pristopa intepretacije relaksacije makromolekul. Rezultat analize padatkov nam pove, kako velika in kako hitra so gibanja v posameznih delih ogrodja proteina. Za meritev dinamike smo uporabili heteronuklearno dvodimenzionalno 1H-15N NMR spektroskopijo. Iz spektrov smo izmerili relaksacijske konstante s pomoèjo prilagajanja intenzitet monoeksponencialni funkciji. Nuklearni Overhauserjev uèinek ravnovesnega stanja smo izraèunali iz spektrov izmerjenih z in brez 1H prednasièenja. Izraèunali smo, da celotni korelacijski èas molekule monomera znasa 4.76 0.11 ns, dimera pa 9.20 0.21 ns. Analiza difuzijskega tenzorja je pokazala, da si lahko predstavljamo molekulo monomera in dimera kot raztegnjen rotacijski elipsoid. Dimer izkazuje veliko veèjo anizotropijo kot monomer, vseeno pa lahko pri obeh predpostavimo, da je difuzijski tenzor osno simetrièen. Izraèunani parametri urejenosti monomera so pokazali, da je prisotna velika gibljivost v N-teminalnem delu in drugi zanki, ter nekoliko poveèana gibljivost v prvi zanki. Nastete regije tvorijo trodelno strukturo, skatero se stefin A veze v aktivno mesto proteinaze. a-vijaènica , b-struktura in C-teminalni del z izjemo zadnje aminokisline so dobro definirani. Opazna je poveèana lokalna gibljivost zadnjega dela zanke, ki povezuje a-vijaènico z B pramenom in zaèetnega dela omenjenega pramena ter zanke med pramenoma C in D (G67-N92). Ujemanje povpreènih vrednosti parametrov urejenosti monomera ( 0.871 0.017) in dimera (0.868 0.035) ne odraza velikih konformacijskih sprememb v posameznih molekulah ob dimerizaciji. Velike razlike se pokazejo v izraèunu povpreènih vrednosti parametrov urejenosti posameznih elementov sekundarne strukture. Tako opazimo,da se gibljivost N-terminalnega del zmanjsa, za razliko od monomera jebolj gibljiv prvi del druge zanke, opazno pa je tudi poveèanje togosti v C-terminalnem delu in treh pramenih b-strukture. Opazimo se nekajČ B pramen, vmesna novonastala povezovalna regija in C pramen, ki se sedaj nahaja v drugidomeni, se obnasajo kot ena sama dolga b-veriga. Povezovalna regija se na mestu, kjer je v prosti obliki monomera prva zanka v dimeru obnasa kot b-pramen. Oba glicina, ki lezita v zankah na zaèetku in koncu novonastale b-verige in se dve naslednji aminokislini, so zelo gibljivi kar kompenzira poveèanje togosti zaradi omenjene konformacijske spremembe. Dimer je torej sestavljen iz dveh domen, ki spominjata na prosti molekuli monomera (vendar jevsaka sestavljena iz prispevkov obeh molekul v dimeru), ki sta povezani z dolgo b-verigo. Ugotovili smo, da je poveèanje togosti nekaterih predelov proteina uravnoveseno s poveèanjem gibljivosti drugih predelov, kjer podenoti nista v neposrednem stiku in da ima torej interakcija na omejenem predelu proteina dalnosezne dinamiène posledice.
    Type of material - undergraduate thesis
    Publication and manufacture - Ljubljana : [Japelj B.], 2002
    Language - slovenian
    COBISS.SI-ID - 1098609

Library/institution City Acronym For loan Other holdings
Faculty of Pharmacy, Ljubljana Ljubljana FFALJ reading room 1 cop.
loading ...
loading ...
loading ...

Shelf entry