ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
13.
Odkrivanje novih zaviralcev kalijevih kanalčkov hEAG1 z virtualnim rešetanjem na podlagi strukture tarče = Discovery of novel hEAG1 potassium channel inhibitors using structure-based virtual screening : enoviti magistrski študijski program Farmacija
Bračko, Tine
Rakava obolenja so drugi najpogostejši vzrok smrti v Sloveniji in ostalem razvitem svetu in s tem eden največjih javnozdravstvenih problemov. Tarčna terapija je pristop molekularne medicine za ...zdravljenje tovrstnih bolezni, ki interferira s specifičnimi celičnimi strukturami, udeleženimi v karcinogenezi. Učinkuje po različnih mehanizmih, med katerimi je tudi ustavitev proliferacije rakavih celic. Slednjo lahko dosežemo z blokado celičnih struktur, ki so udeležene pri delitvi rakavih celic. Mednje spada humani napetostno odvisni kalijev kanalček iz družine 'ether-à-go-go' (hEAG1), ki je odgovoren za regulacijo celičnega cikla. hEAG1 posredno omogoči tvorbo delitvenega vretena v delečih se celicah. Prav tako je v celicah udeležen pri vzdrževanju mirovnega membranskega potenciala. Ekspresija kanalčka je povečana v tumorskih celicah več kot 70% vseh vrst tumorjev. hEAG1 igra pomembno vlogo pri preživetju, rasti in delitvi tumorskih celic. Z njegovo inhibicijo je možno doseči smrt tumorskih celic, zato je pomembna tarča raziskav. Strukturno gledano je kanalček hEAG1 transmembranski tetramerni protein, ki ga fiziološko najdemo predvsem v nevronih. Po zgradbi je zelo soroden kanalčku hERG, ki je odgovoren za repolarizacijo srčnih celic. Selektivna inhibicija kanalčka hEAG1 še vedno predstavlja veliko težavo, saj se večina ligandov veže hkrati tudi na kanalček hERG, s čimer se poveča tveganje za nastanek aritmije. V okviru magistrske naloge smo z metodami računalniške kemije skušali poiskati nove selektivne zaviralce kanalčka hEAG1. Z vizualno preiskavo struktur kanalčkov hEAG1 in hERG ter analizo njunih aminokislinskih zaporedij smo primerjali oba kanalčka. V regijah kanalčkov, v katerih smo ugotovili strukturne razlike, smo ustvarili vezavne žepe in v dva najbolj specifična žepa, ki sta bila lastna kanalčku hEAG1, izvedli virtualno rešetanje s sidranjem. Oba vezavna žepa sta bila del senzorja napetosti v kanalčku. Za najboljših sto spojin zadetkov virtualnega rešetanja v vsakem žepu smo generirali farmakoforne modele. V prvem žepu so bile interakcije izključno hidrofobne, v drugem pa so modeli vsebovali še eno ionsko interakcijo, donor in akceptor vodikove vezi. Proučili smo še specifičnost aminokislin v okolici vezavnih žepov s primerjavo s kanalčkom hERG. Ugotovili smo, da so v prvem žepu specifične tri, v drugem pa dve aminokislini v kanalčku hEAG1. Na osnovi rezultatov sidranja smo zaključili, da spojin zadetkov ni smiselno testirati in vitro zaradi majhne verjetnosti, da bi se v izbrane vezavne žepe vezale z veliko afiniteto in močnimi interakcijami ter imele ustrezno selektivnost.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [T. Brečko], 2023
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
