ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
-
Optimizacija reakcije transkripcije in vitro s programom za načrtovanje eksperimentov = Optimization of in vitro transcription reaction with design of experiments : enoviti magistrski študijski program Farmacija : Uniform Master's Study Programme PharmacyMarušič, Tjaša, 1998-Razvoj mRNA-cepiv med pandemijo SARS-Cov-2 je povzročil pravo revolucijo v medicini, pri čemer so se odprle neštete možnosti za različne terapevtske aplikacije molekule mRNA. Za učinkovito in poceni ... proizvodnjo čiste mRNA je ključnega pomena razumevanje procesnih parametrov transkripcije in vitro (IVT), reakcije, s katero pridobivamo terapevtsko mRNA. Med potekom reakcije poleg tarčne mRNA nastanejo tudi neželeni produkti, najbolj problematična je imunogena dvoverižna RNA (dsRNA). Nastanek le-te je odvisen od nukleotidnega zaporedja mRNA, vpliv pa imajo lahko tudi parametri reakcije IVT. S programom za načrtovanje eksperimentov MODDE smo za genski konstrukt eGFP (tj. gen za zeleni fluorescenčni protein) ustvarili model reakcije IVT. Spreminjali smo množinsko razmerje med Mg2+ in nukleotid trifosfati (NTP), koncentracijo NTP, matrične DNA in RNA-polimeraze T7 (RNAP). Koncentracijo nastale mRNA in porabo NTP smo spremljali s HPLC analitiko, vsebnost dsRNA v končnem produktu RNA pa z metodo točkovnega nanosa. Želeli smo raziskati, pri katerih pogojih bodo produkcija mRNA, izkoristek reakcije in stroškovna učinkovitost čim višji, vsebnost imunogene dsRNA pa čim nižja. Za ovrednotenje modela smo si pomagali s statistično analizo, ki nam jo omogoča program, in na podlagi rezultatov analize model izboljšali z dodatnimi eksperimenti. Rezultati so se izboljšanemu modelu dobro prilegali, poleg tega je imel model visoko napovedno moč, kar pomeni, da modelu lahko zaupamo in z njim napovemo nove rezultate. Pokazali smo, da za visoko produkcijo mRNA potrebujemo množinsko razmerje med Mg2+ in NTP okrog 1, visoke koncentracije plazmida in RNAP, tako prenizke kot previsoke koncentracije NTP pa produkcijo mRNA nižajo. Pokazali smo tudi, da višja produkcija mRNA ne pomeni nujno tudi dobre stroškovne učinkovitosti. Nadalje smo ugotovili, da višje množinsko razmerje med Mg2+ in NTP vodi v večjo vsebnost dsRNA v vzorcu, visoke koncentracije NTP pa jo znižajo. S tem smo pokazali, da se visoka produktivnost reakcije in nizka vsebnost dsRNA ne izključujeta. Optimalno šaržno reakcijo je model predvidel pri pogojih, ko množinsko razmerje med Mg2+ in NTP znaša 0,9, koncentracija NTP 10,4 mM, koncentracija plazmida 100 ng/μL in koncentracija RNAP 8,1 U/μL. V 90 min smo proizvedli 10 mg/mL mRNA z nizko vsebnostjo dsRNA in tako eksperimentalno pokazali, da se dobljeni rezultati ujemajo s predvidenimi. S pomočjo ugotovitev, ki smo jih pridobili na podlagi modela, smo nazadnje naredili načrt in izvedli reakcijo z dohranjevanjem ter tako še povečali produktivnost in stroškovno učinkovitost reakcije.Type of material - master's thesis ; adult, seriousPublication and manufacture - Ljubljana : [T. Valič], 2023Language - slovenianCOBISS.SI-ID - 164456451
Author
Marušič, Tjaša, 1998-
Other authors
Bratkovič, Tomaž, farmacevt, 1978- |
Sekirnik, Rok
Topics
Imunogenost |
transkripcija in vitro |
mRNA |
RNA-polimeraza T7 |
dsRNA |
načrtovanje eksperimentov
Library/institution |
City | Acronym | For loan | Other holdings |
---|---|---|---|---|
Faculty of Pharmacy, Ljubljana | Ljubljana | FFALJ |
reading room 1 cop.
|
Shelf entry
Permalink
- URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year | Impact factor | Edition | Category | Classification | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Select the library membership card:
If the library membership card is not in the list,
add a new one.
DRS, in which the journal is indexed
Database name | Field | Year |
---|
Links to authors' personal bibliographies | Links to information on researchers in the SICRIS system |
---|---|
Marušič, Tjaša, 1998- | 58479 |
Bratkovič, Tomaž, farmacevt, 1978- | 23598 |
Sekirnik, Rok | 38386 |
Source: Personal bibliographies
and: SICRIS
Select pickup location:
Material pickup by post
Delivery address:
Address is missing from the member's data.
The address retrieval service is currently unavailable, please try again.
By clicking the "OK" button, you will confirm the pickup location selected above and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the above pickup location and delivery address, and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the address selected above and complete the reservation process.
Notification
Automatic login and reservation service currently not available. You can reserve the material on the Biblos portal or try again here later.
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
Pickup location | Material status | Reservation |
---|
Reservation in progress
Please wait a moment.
Reservation was successful.
Reservation failed.
Reservation...
Membership card:
Pickup location: