-
Uporaba matematičnih modelov in algoritmov pri raziskovanju bioloških zaporedij : magistrsko deloRihtaršič, Urška, 1981-V svojem magistrskem delu bom predstavila uporabo matematičnih modelov in nekaterih algoritmov dinamičnega programiranja pri reševanju problema vzporejanja bioloških, to je proteinskih in DNK ... zaporedij. Naš cilj bo poiskati optimalno poravnavo dveh zaporedij - to pomeni, da zaporedji poravnamo tako, da so homologne baze na istoležnih mestih. Pri tem si bomo pomagali z algebraičnimi statističnimi modeli. Seveda nikoli ne moremo biti popolnoma prepričani, da je poravnava, ki jo dobimo s takim modelom, dejansko pravilna, lahko pa poiščemo poravnavo, ki je optimalna glede na neko objektivno funkcijo. Ta funkcija je določena s točkovalno shemo, s katero pripišemo točke dogodkom delecije, insercije in substitucije v zaporedjih. Izkaže se, da je problem iskanja optimalne poravnave dveh zaporedij pri dani točkovalni shemi ekvivalenten problemu iskanja najkrajše poti v uteženem usmerjenem grafu, ki ga lahko učinkovito rešimo s pomočjo Needleman-Wunschevega algoritma. To je algoritem dinamičnega programiranja, kitemelji na tropski aritmetiki. Lahko pa se vprašamo tudi drugače: Kakšni morajo biti parametri točkovalne sheme, do bo izbrana poravnava glede na to točkovalno shemo optimalna? Tudi tu bomo uporabili algebraične statistične modele. Vsak tak model je podan s polinomsko preslikavo, ki slika iz parametričnega prostora v prostor stanj. Osredotočili se bomo predvsem na parni skriti markovski model za vzporejanje zaporedij. Vsakemu koordinatnemu polinomu te preslikave lahko priredimo Newtonov politop. Izkaže se, da oglišča tega politopa ustrezjo optimalnim poravnavam, vektorji parametrov, za katere je posamezna poravnava optimalna, pa ležijo v normalnem stožcu oglišča,ki določa to poravnavo. Newtonov politop dveh zaporedij izračunamo z algoritmom razširjanja politopov, ki je različica Needleman-Wunschovega algoritma, le da ga izvajamo v algebri politopov.Type of material - master's thesisPublication and manufacture - Ljubljana : [U. Rihtaršič], 2010Language - slovenianCOBISS.SI-ID - 15550809
Author
Rihtaršič, Urška, 1981-
Other authors
Košir, Tomaž, 1962-
Topics
algebraični statistični modeli |
vzporejanje bioloških zaporedij |
Newtonov politop |
tropska aritmetika |
Needleman-Wunschev algoritem |
algoritem razširjanja politopov |
parametrično sklepanje |
algebraic statistical models |
sequence alignment |
biology |
Newtonov polytope |
tropical arithmetic |
Needleman-Wunsch algorithm |
polytope propagation algorithm |
parametric inference
Call number – location, accession no. ... |
Copy status | Reservation |
---|---|---|
Skladišče-Jadranska 21 0000011052/0000000046 Skladišče-Jadranska 21 11052/46 |
available - reading room
|
Shelf entry
Permalink
- URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year | Impact factor | Edition | Category | Classification | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Select the library membership card:
DRS, in which the journal is indexed
Database name | Field | Year |
---|
Links to authors' personal bibliographies | Links to information on researchers in the SICRIS system |
---|---|
Rihtaršič, Urška, 1981- | 28914 |
Košir, Tomaž, 1962- | 08398 |
Select pickup location:
Material pickup by post
Notification
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
Pickup location | Material status | Reservation |
---|
Please wait a moment.