VSE knjižnice (vzajemna bibliografsko-kataložna baza podatkov COBIB.SI)
13.
Uporaba matematičnih modelov in algoritmov pri raziskovanju bioloških zaporedij : magistrsko delo
Rihtaršič, Urška, 1981-, matematika
V svojem magistrskem delu bom predstavila uporabo matematičnih modelov in nekaterih algoritmov dinamičnega programiranja pri reševanju problema vzporejanja bioloških, to je proteinskih in DNK ...zaporedij. Naš cilj bo poiskati optimalno poravnavo dveh zaporedij - to pomeni, da zaporedji poravnamo tako, da so homologne baze na istoležnih mestih. Pri tem si bomo pomagali z algebraičnimi statističnimi modeli. Seveda nikoli ne moremo biti popolnoma prepričani, da je poravnava, ki jo dobimo s takim modelom, dejansko pravilna, lahko pa poiščemo poravnavo, ki je optimalna glede na neko objektivno funkcijo. Ta funkcija je določena s točkovalno shemo, s katero pripišemo točke dogodkom delecije, insercije in substitucije v zaporedjih. Izkaže se, da je problem iskanja optimalne poravnave dveh zaporedij pri dani točkovalni shemi ekvivalenten problemu iskanja najkrajše poti v uteženem usmerjenem grafu, ki ga lahko učinkovito rešimo s pomočjo Needleman-Wunschevega algoritma. To je algoritem dinamičnega programiranja, kitemelji na tropski aritmetiki. Lahko pa se vprašamo tudi drugače: Kakšni morajo biti parametri točkovalne sheme, do bo izbrana poravnava glede na to točkovalno shemo optimalna? Tudi tu bomo uporabili algebraične statistične modele. Vsak tak model je podan s polinomsko preslikavo, ki slika iz parametričnega prostora v prostor stanj. Osredotočili se bomo predvsem na parni skriti markovski model za vzporejanje zaporedij. Vsakemu koordinatnemu polinomu te preslikave lahko priredimo Newtonov politop. Izkaže se, da oglišča tega politopa ustrezjo optimalnim poravnavam, vektorji parametrov, za katere je posamezna poravnava optimalna, pa ležijo v normalnem stožcu oglišča,ki določa to poravnavo. Newtonov politop dveh zaporedij izračunamo z algoritmom razširjanja politopov, ki je različica Needleman-Wunschovega algoritma, le da ga izvajamo v algebri politopov.
Vrsta gradiva - magistrsko delo
Založništvo in izdelava - Ljubljana : [U. Rihtaršič], 2010
Bibliografsko gradivo je bilo uspešno dodano na polico.
Dodajanje bibliografskega gradiva na polico ni uspelo.
Gradivo je že na polici.
Trajna povezava
URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto
Faktor vpliva
Izdaja
Kategorija
Razvrstitev
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Izberite knjižnično izkaznico:
Baze podatkov,
v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov
Področje
Leto
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev
Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Citiranje
Funkcionalnost trenutno ni na voljo. Prosimo, poskusite kasneje.
