VSE knjižnice (vzajemna bibliografsko-kataložna baza podatkov COBIB.SI)
-
Towards the investigation of the adaptive divergence in a species of exceptional ecological plasticity [Elektronski vir] : chromosome-scale genome assembly of Chouardia litardierei (Hyacinthaceae)Radosavljević, Ivan, 1981- ...One of the central goals of evolutionary biology is to understand the genomic basis of adaptive divergence. Different aspects of evolutionary processes should be studied through genome-wide ... approaches, therefore maximizing the investigated genomic space. However, in-depth genome-scale analyses often are restricted to a model or economically important species and their closely related wild congeners with available reference genomes. Here, we present the high-quality chromosome-level genome assembly of Chouardia litardierei, a plant species with exceptional ecological plasticity. By combining PacBio and Hi-C sequencing technologies, we generated a 3.7 Gbp genome with a scaffold N50 size of 210 Mbp. Over 80% of the genome comprised repetitive elements, among which the LTR retrotransposons prevailed. Approximately 86% of the 27,257 predicted genes were functionally annotated using public databases. For the comparative analysis of different ecotypes’ genomes, the whole-genome sequencing of two individuals, each from a distinct ecotype, was performed. The detected above-average SNP density within coding regions suggests increased adaptive divergence-related mutation rates, therefore confirming the assumed divergence processes within the group. The constructed genome presents an invaluable resource for future research activities oriented toward the investigation of the genetics underlying the adaptive divergence that is likely unfolding among the studied species’ ecotypes.Vir: International journal of molecular sciences [Elektronski vir]. - ISSN 1422-0067 (Vol. 24, no. 13, art. 10755, 2023, 16 str.)Vrsta gradiva - e-članek ; neleposlovje za odrasleLeto - 2023Jezik - angleškiCOBISS.SI-ID - 160619011
Avtor
Radosavljević, Ivan, 1981- |
Križanović, Krešimir |
Šarančić, Sara Laura |
Jakše, Jernej
Teme
Chouardia litardierei |
PacBio |
Hi-C |
chromosome-level genome |
draft genome |
local adaptation |
adaptivna divergenca |
Chouardia litardierei |
bioinformatika |
sekvenciranje genoma |
molekularne tehnike
Avtor | Radosavljević, Ivan, 1981- ... |
Naslov | Towards the investigation of the adaptive divergence in a species of exceptional ecological plasticity [Elektronski vir] : chromosome-scale genome assembly of Chouardia litardierei (Hyacinthaceae) |
Datum objave | 2023-06-28 |
COBISS.SI-ID | 160619011 |
Verzija objave v repozitoriju | Založnikova različica |
Licenca objave v repozitoriju | Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna |
Embargo | Takojšnja javna objava |
Projekti, iz katerih je bila financirana objava
Naziv | Akronim | Številka projekta | Financer |
---|---|---|---|
Amethyst Meadow Squill (Chouardia litardierei, Hyacinthaceae): a study system for ecological divergence” | HRZZ-IP-2020-02-8099 |
Croatian Science Foundation (CSF) |
|
Single-genome and metagenome de novo assembly | HRZZ-IP-2018-01-5886 |
Croatian Science Foundation (CSF) |
Datoteke, ki spadajo k objavi
Povezava |
---|
https://www.mdpi.com/1422-0067/24/13/10755 |
https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=148238 |
Vnos na polico
Trajna povezava
- URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto | Faktor vpliva | Izdaja | Kategorija | Razvrstitev | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Baze podatkov, v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov | Področje | Leto |
---|
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev | Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS |
---|---|
Radosavljević, Ivan, 1981- | |
Križanović, Krešimir | |
Šarančić, Sara Laura | |
Jakše, Jernej | 16379 |
Vir: Osebne bibliografije
in: SICRIS
Izberite prevzemno mesto:
Prevzem gradiva po pošti
Naslov za dostavo:
Med podatki člana manjka naslov.
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Gesla v Splošnem geslovniku COBISS
Izbira mesta prevzema
Gradivo iz matične enote je brezplačno. Če je gradivo na mesto prevzema dostavljeno iz drugih enot, lahko knjižnica to storitev zaračuna.
Mesto prevzema | Status gradiva | Rezervacija |
---|
Rezervacija v teku
Prosimo, počakajte trenutek.
Rezervacija je uspela.
Rezervacija ni uspela.
Rezervacija...
Članska izkaznica:
Mesto prevzema: