VSE knjižnice (vzajemna bibliografsko-kataložna baza podatkov COBIB.SI)
  • Analiza in primerjava kemijskih prostorov učinkovin s protibakterijskim delovanjem na organizmih ESKAPE = Analysis and comparison of chemical spaces occupied by compounds with antibacterial properties against ESKAPE organisms : enoviti magistrski študijski program Farmacija
    Vindiš, Sašo
    Analiza kemijskih prostorov spojin v velikih podatkovnih bazah se že nekaj časa uporablja kot metoda za odkrivanje novih aktivnih molekul. Farmacevtska podjetja nenehno preiskujejo svoje knjižnice ... spojin v upanju, da bodo odkrila novo spojino vodnico in jo razvila v naslednje uspešno zdravilo. Naš cilj je bil natančno in v širokem obsegu prikazati podobnosti oz. razlike med porazdelitvijo molekularnih lastnosti v kemijskem prostoru spojin, aktivnih na različne mikroorganizme. V ta namen smo analizirali in primerjali kemijski prostor molekul z visoko učinkovitostjo (MIC 1 [mikro]g/mL), ki so bile testirane na mikroorganizmih ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa in Enterobacter spp.) in E. coli. Vse spojine, skupaj 8.513 edinstvenih struktur, smo našli v podatkovni zbirki ChEMBL, ki je brezplačen in odprt vir informacij. Najprej smo določili Tanimotov koeficient podobnosti med vsemi spojinami v našem vzorcu in vsemi registriranimi zdravili za sistemsko zdravljenje bakterijskih infekcij (ATC razred J01). Kjer je bila vrednost koeficienta podobnosti med zdravili in molekulami našega vzorca najvišja, smo to molekulo uvrstili v antibiotični razred tega zdravila (pod pogojem, da je njuna podobnost presegala nastavljeni prag). Odkrili smo, da večina spojin (~60 %) ni presegala meje 0,5 Tanimotovega koeficienta, kar kaže na potencial za odkrivanje novih in drugačnih protimikrobnih učinkovin, s katerimi bi lahko zdravili okužbe s patogenimi bakterijami. Nadalje smo izvedli statistične teste med vsemi pari mikroorganizmov (t-test za zvezne in chi2 test za diskretne deskriptorje), kjer smo pokazali stopnjo podobnosti znotraj Gram-pozitivnih in znotraj Gram-negativnih bakterij ter raven razlike med obema paroma mikroorganizmov. Velik del raziskave smo posvetili primerjanju oblik molekul pri teh dveh populacijah. Določili smo 3D-obliko vseh molekul v našem vzorcu in s to informacijo izračunali glavne vztrajnostne momente vsake spojine. Izrisali smo trikotne diagrame PMI, kjer smo pokazali, da so spojine, aktivne na Gram-pozitivne mikroorganizme, po obliki bistveno bolj linearne kot pri Gram-negativnih. Delovni tok, s katerim smo primerjali spojine, aktivne na različne mikroorganizme, smo uporabili tudi za primerjanje razlik v kemijskem prostoru med registriranimi protimikrobnimi in drugimi učinkovinami. Našli smo občutne razlike v porazdelitvi molekularnih lastnosti med tema dvema populacijama zdravilnih učinkovin. Ugotovili smo, da je treba odkrivanje in razvoj novih protimikrobnih učinkovin obravnavati na drugačen način kot pri običajnih učinkovinah.
    Vrsta gradiva - magistrsko delo ; neleposlovje za odrasle
    Založništvo in izdelava - Ljubljana : [S. Vindiš], 2020
    Jezik - slovenski
    COBISS.SI-ID - 31475203

    Povezava(-e):

    https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=121345

Knjižnica/institucija Kraj Akronim Za izposojo Druga zaloga
Fakulteta za farmacijo, Ljubljana Ljubljana FFALJ v čitalnico 1 izv.
loading ...
loading ...
loading ...

Vnos na polico