VSE knjižnice (vzajemna bibliografsko-kataložna baza podatkov COBIB.SI)
  • Analiza bakterijskega encima Ddl in njegovih zaviralcev z uporabo prosto dostopnih bioinformacijskih orodij = Analysis of the Ddl bacterial enzyme and its inhibitors using freely available bioinformatics tools : enoviti magistrski študijski program Farmacija
    Forštner, Patricia
    Bakterijska odpornost velja za enega največjih svetovnih javnozdravstvenih problemov in je v naglem porastu. Neupravičena in neprimerna uporaba antibiotikov je prispevala k pojavu večkratno odpornih ... bakterij, katerih okužb ni več mogoče zdraviti s konvencionalnim protibakterijskim zdravljenjem. Zdravljenje takšnih okužb je omejeno, zato je nujen razvoj novih protibakterijskih učinkovin. Peptidoglikan, ki je glavna in esencialna komponenta bakterijske celične stene, pri tem predstavlja idealno tarčo za razvoj novih protibakterijskih učinkovin, saj z zaviranjem njegove biosinteze ali z njegovo specifično razgradnjo dosežemo selektivno toksično delovanje s prokariontsko celično lizo tako po Gramu negativnih kot po Gramu pozitivnih bakterij. V okviru naše magistrske naloge smo s pomočjo prosto dostopnih bioinformacijskih orodij in programov ovrednotili primernost bakterijskega encima D-alanin-D-alanin ligaze (Ddl), ki je pomemben encim v biosintezni poti peptidoglikana kot tarče za nove protibakterijske učinkovine. Encim smo analizirali z vidika lastnosti, ki so pomembne pri napovedovanju perspektivnosti tarč, kot so esencialnost, evolucijska ohranjenost in sposobnost tvorbe interakcij. Oblikovali smo seznam do sedaj znanih najbolj potencialnih zaviralcev encima in jih z namenom ocene njihove podobnosti z učinkovinami in spojino vodnico analizirali s sodobnimi pristopi farmacevtske kemije. Ugotovili smo, da je Ddl dokazano esencialen za 30 organizmov. S kombinacijo analize evolucijske ohranjenosti in tvorbe interakcij smo identificirali 11 ključnih aminokislin, za katere velja, da so evolucijsko glede na ostale položaje bolj ohranjene, so del aktivnega mesta, kjer tvorijo večino interakcij z ligandoma (ATP in dipeptid D-alanin-D-alanin) ter prispevajo k najvišjim deležem tvorbe interakcij vzdolž celotnega encima. 11 ključnih aminokislin so predstavljali aminokislinski ostanki: Glu-15, His-63, Glu-68, Lys-97, Lys-144, Ser-151, Glu-187, Glu-270, Asn-272, Gly-276 in Arg-255. Ugotovili smo, da so s stališča načrtovanja novih zaviralcev Ddl najbolj obetavne aminokisline, ki so v vezavnem mestu za substrat oz. produkt kemijske reakcije, ki jo katalizira Ddl in aminokisline, ki so v vezavnem mestu za fosfatni del molekule ATP. Naredili smo izbor petih najbolj perspektivnih zaviralcev, ki so celostno gledano na ovrednotene fizikalno-kemijske lastnosti, lipofilnost, vodotopnost, farmakokinetične lastnosti, podobnost z učinkovinami in druge lastnosti, vezane na farmacevtsko kemijo zaviralcev, kazali boljše lastnosti kot trenutno edina zdravilna učinkovina v klinični praksi z delovanjem na encim Ddl (cikloserin).
    Vrsta gradiva - magistrsko delo ; neleposlovje za odrasle
    Založništvo in izdelava - Ljubljana : [P. Forštner], 2021
    Jezik - slovenski
    COBISS.SI-ID - 66074115

Knjižnica/institucija Kraj Akronim Za izposojo Druga zaloga
Fakulteta za farmacijo, Ljubljana Ljubljana FFALJ v čitalnico 1 izv.
loading ...
loading ...
loading ...

Vnos na polico