Rezistencija Pseudomonas aeruginosa na antibiotike rezultat je smanjenja propusnosti stanične stijenke, pojačanog efluksa antibiotika iz bakterijske stanice, aktivnosti inaktivirajućih enzima te ...rjeđe promjene ciljnog mjesta. Urođena otpornost pseudomonasa na niz β-laktamskih antibiotika posljedica je aktivnosti kromosomske inducibilne ampC β-laktamaze (klasa C po Ambleru) čija derepresija dovodi do otpornosti na ureidopeniciline, cefalosporine 3. (i 4.) generacije, a u kombinaciji s gubitkom porina OprD i na karbapeneme. Stečene β-laktamaze u pseudomonasa mogu biti serinske, iz klase A i D te metalo-β-laktamaze (MBL) iz klase B koje posreduju rezistenciju na sve β-laktame uključujući karbapeneme. Rezistencija na aminoglikozide najčešće je posljedica aktivnosti modificirajućih enzima i efluksa. Rezistencija na fluorirane kinolone posljedica je uglavnom promjene ciljnog mjesta tj. mutacije DNA giraze ili topoizomeraze i pojačanog rada efluksnih proteina. Postotak rezistentnih izolata pseudomonasa nije se značajno promijenio u posljednjih 10 godina u Hrvatskoj. Među aminoglikozidima je 2008. godine bilo najmanje otpornih sojeva na amikacin, a najviše na gentamicin. Rezistencija na ciprofloksacin bila je 24%, na ceftazidim 8%, dok je karbapenem-rezistentnih izolata bilo oko 10%.
