Hrana predstavlja mogući izvor patogenih i na antibiotik otpornih sojeva bakterije Escherichia coli, pa je u radu analizirano 84 izolata iz uzoraka hrane identificiranih 2007. i 2008. godine na ...Nacionalnom institutu za javno zdravstvo u Sloveniji. Pomoću metode PCR (lančana reakcija polimeraze) prema Clermontu izolati su razvrstani u filogenetske skupine i podskupine. Četrdeset i dva (50 %) su izolata svrstana u filogenetsku skupinu A, a njih trideset (35,7 %) u skupinu B1. Te dvije skupine uglavnom obuhvaćaju komenzale crijevne mikroflore. Deset je izolata (11,9 %) svrstano u skupinu D, a samo njih dva (2,4 %) u skupinu B2. U tim se skupinama uglavnom nalaze ekstraintestinalni patogeni sojevi E. coli. Sojevi su zatim analizirani ne bi li se utvrdila prisutnost različitih virulentnih gena i plazmidnih gena otpornosti na kinolone (qnr). U jednom je izolatu (1,2 %) otkriven virulentni gen stx1, kod njih pet (6 %) gen stx2, a u sljedećih pet izolata (6 %) oba gena, stx1 i stx2. U osam je izolata (9,5 %) pronađen gen ehxA, a u njih tri (3,7 %) gen eae. Svi su ti geni karakteristični za patotip STEC, koji proizvodi Shiga toksin. Gen fimH pronađen je u sedamdeset i četiri (88,1 %) izolata. Od virulentnih gena tipičnih za ekstraintestinalne patogene sojeve E. coli, gen hra je pronađen u devet (11 %), gen ompTAPEC u osam (9,5 %), a gen iha u šest (7 %) izolata. U jednom su izolatu otkriveni geni kpsMTII, sfa, usp i vat, dok geni hlyA, bmaE, cnf, hpb, sat i plazmidni geni otpornosti na kinolone qnr nisu pronađeni u ispitanim izolatima. Rezultati pokazuju da razni prehrambeni proizvodi zaista predstavljaju izvor intestinalnih, te u manjoj mjeri ekstraintestinalnih patogenih sojeva E. coli.
Ovo je istraživanje provedeno kako bi se opisali čimbenici virulencije bakterije Escherichia coli izolirane iz goveda s kliničkim endometritisom, te kako bi se u modelu štakora provela usporedba ...uterine patologije uzrokovane različitim filogenetskim skupinama E. coli. Upotrijebljeno je ukupno četrdeset izolata E. coli raspoređenih u različite filogenetske skupine: A, B1, C, D, E, F, i clad1. Fenotipskom detekcijom s pomoću Kongo bojila za crvenilo, uočeno je 77% (n=31) pozitivnih izolata, na temelju sposobnosti stvaranja biofilma uočeno je 55% (n=22) pozitivnih izolata, a na temelju proizvodnje hemolizina 68% (n=28) pozitivnih izolata. Primjenom Multiplex PCR-a za 11 VFs gena – Pap, Sfa, Afa, Hly, Cnf1, Cnf2, eaeA, F41, Sta, csgA i csgD – pronađen je po jedan izolat pozitivan na Pap i csgD, 3 izolata pozitivna na F41 i 8 izolata pozitivnih na csgA. Upotrebom četiriju filogenetskih skupina bakterije E. coli, endometritis je induciran u štakora u fazi diestrusa. Uočena je ekspresija upalnih genskih markera za COX-2 i iNOS, ali nije bilo statistički znakovite razlike među filogenetskim skupinama. Na temelju dosadašnjih nalaza može se zaključiti da različite filogenetske skupine E. coli pokazuju različite značajke virulencije, ali se ne razlikuju znakovito u svojoj sposobnosti da uzrokuju bolest maternice u štakora.
