Prirojene nepravilnosti sečil vključujejo širok spekter malformacij, ki so posledica neustreznega embrionalnega razvoja sečil in se pogosto se pojavljajo v sklopu sindromov. Čeprav je etiologija ...prirojenih napak sečil v večini primerov verjetno multifaktorska, je v redkih primerih razvoj nepra-vilnosti sečil povezan z monogenskimi ali kromosomskimi vzroki, in sicer s patogenimi različicami v posameznem genu ali kromosomu. Verjetnost genetske etiologije je večja pri kompleksnih kliničnih slikah, kot je obojestranska parenhimska prizadetost ledvic, in ob pozitivni družinski anamnezi prirojenih nepravilnosti sečil in/ali sindromskega stanja. Pri diagnosticiranju prirojenih nepravilnosti sečil vse pogosteje uporabljamo genetske preiskave, ki temeljijo na metodi sekvenciranja naslednje generacije, pri pridruženih razvojnih nepravilnostih več organskih sistemov ter razvojnem zaostanku in/ali dizmorfnih znakih pa tudi molekularno kariotipizacijo.
Uvod: Motnje v razvoju spola (DSD) se pojavijo pri približno 1/5000 živorojenih otrok. Med nedavno odkritimi genetskimi vzroki za 46,xY DSD so različice v genu NR5A1, ki so odgovorne za širok ...fenotipski razpon. Prikaz primera: Predstavljamo primer donošenega novorojenčka z dvoumnimi genitalijami: levostransko tipno gonado v levi urogenitalni gubi volumna 1 ml, ter desnostransko tipno gonado v dimljah, odsotnost gubanosti in hiperpigmentacije kože urogenitalnih gub, kratek genitalni tuberkel dolžine 1,5 cm, labioskrotalni meatus sečnice (ocena zunanjih genitalij 4). Ultrazvok je pokazal prisotnost spolnih žlez, ki so kompatibilne s testisi, moški tip sečnice in odsotnost maternice ali jajčnikov. Kariotip je bil 46,xY in NGS je odkril patogeno heterozigotno podvajanje enega nukleotida 614dupC v genu NR5A1. Glede na to je bil določen moški spol in pri 8 mesecih je imel majhno strukturo penisa z dolžino < 2 cm, brez razvitega skrotuma in labioskrotalno hipospadijo. Orhidopeksija je bila opravljena v starosti 14 mesecev. Histologija gonad je kazala na prepubertetni testis. Razprava: Različice NR5A1 imajo spremenljivo ekspresivnost in nepopolno penetranco. Klinična slika pri bolnikih 46,xY s patogeno različico v genu NR5A1 sega od dvoumnih genitalij do normalnih ženskih zunanjih genitalij z virilizacijo v puberteti. Zdi se, da razvoj v puberteti ni močno povezan s stopnjo virilizacije ob rojstvu, saj velika večina kaže znake virilizacije v puberteti.
Nekonjugirana hiperbilirubinemija je v neonatalem obdobju pogost pojav. Vzroki zanjo so številni, od prekomerne produkcije bilirubina, motenega privzema v jetrih in motene konjugacije bilirubina do ...povečane enterohepatične cirkulacije. Če s preiskavami ne opredelimo njenega vzroka, se poslužimo genetskega diagnosticiranja. Genetska osnova nekonjugirane hiperbilirubinemije je široka in obsega veliko število genov. Najpogostejši in najbolj raziskani so hemolitični vzroki in motnje v konjugaciji bilirubina. V zadnjem času je vse več podatkov tudi o polimorfizmu genov kot vzroku nekonjugirane hiperbilirubinemije.
Humane genetske spremembe se pojavljajo v celotnem genomu, tako v kodirajočih kot tudi v nekodirajočih predelih. Opredeljujejo genetsko raznolikost med posamezniki in so v nekaterih primerih lahko ...vzrok različnih genetskih bolezni. ctevilne se pojavijo že v otroštvu. V prvem delu preglednega prispevka opisujemo različne vrste genetskih sprememb, od manjših sekvenčnih sprememb do velikih kromosomskih nepravilnosti. Sledi predstavitev pomembnejših pristopov (citogenetskih in molekularnih genetskih), ki se uporabljajo za določanje humanih genetskih sprememb v klinični praksi. Večji poudarek namenjamo metodam sekvenciranja, saj so omogočile vpogled v nukleotidno zaporedje celotnega genoma in pomenijo revolucijo na področju molekularnega genetskega diagnosticiranja. Izpostavili smo težave, ki se porajajo pri določanju genetskih sprememb z metodami sekvenciranja naslednje generacije (angl. next generation sequencing, NGS), in predstavili prednosti najnovejših metod sekvenciranja − tehnologij dolgih odčitkov. Dandanes precejšnega deleža humanih genetskih sprememb, povezanih z razvojem genetskih bolezni, še vedno niso odkrili. Zato predstavljamo nekaj možnih pristopov, s katerimi bi lahko izboljšali odkrivanje genetskih sprememb na individualni ravni.
Akutna limfoblastna levkemija (ALL) je genetsko zelo hete-rogena bolezen in tudi ena najbolje raziskanih. Kljub temu je naše razumevanje, kako genetske spremembe sodelujejo pri nastanku levkemije ali ...odpornosti na zdravljenje, še vedno pomanjkljivo. Še vedno ostajajo določeni podtipi z izjemno slabimi izidi zdravljenja, saj se bolezen pri kar 20 % bolnikov ponovi in večina ne preživi. Novi pristopi v diagnosticiranju ALL, ki temeljijo na uporabi metod sekvenciranja naslednje generacije, prinašajo nove možnosti za boljše razumevanje razvoja bolezni, opredelitev novih podtipov bolezni in boljše ocenjevanje tveganja. Omogočajo tudi spremljanje klonalne dinamike med zdravljenjem in ob relapsu, kar odpira nove možnosti za boljšo obravnavo bolnikov z relapsom ALL. Prav tako lahko s temi metodami natančneje spremljamo odziv na zdravljenje in prepoznavamo nove potencialne tarče za bolj usmerjeno zdravljenje.
Svrha: Svrha ove studije bila je istražiti kako onkolozi u Hrvatskoj koriste testove sekvenciranja sljedeće generacije (engl. next generation sequencing – NGS) za procjenu pacijenata oboljelih od ...raka. Metode: U razdoblju od 1. rujna do 2. listopada 2022. provedeno je istraživanje putem elektroničke anonimne Google form online ankete poslane na adrese elektroničke pošte onkologa iz baze podataka Hrvatskog društva za internističku onkologiju (N=120, stopa suradnje 62%). Cilj istraživanja bio je utvrditi koliko često koristimo NGS-testove u onkološkoj praksi u Hrvatskoj, u kojim indikacijama i za koju svrhu, imamo li problema s interpretacijom rezultata NGS-a te utječu li rezultati NGS-a na našu odluku o liječenju bolesnika. Zanimalo nas je i koliko smo zadovoljni uvjetima molekularnog testiranja u Hrvatskoj te koji su trenutačno najveći izazovi molekularnog testiranja u Hrvatskoj iz perspektive onkologa. Rezultati: Većina onkologa izjavila je da koriste NGS-testove u svojoj kliničkoj praksi (25% često, 60% ponekad). Testiranje uglavnom koriste kod bolesnika s rijetkim tumorima i uznapredovalom refraktornom malignom bolešću (57%) te tumorima nepoznatoga primarnog sijela (50%). Najčešći su razlozi za korištenje NGS-a: osiguravanje ciljane terapije odobrene od strane osiguravatelja (75%), liječenje putem milosrdne ili primjene lijeka off-label (69%) ili radi utvrđivanja prihvatljivosti za klinička ispitivanja (33%). Većina ispitanika ima problema s interpretacijom rezultata NGS-a (71% ponekad, 8% često) i rezultati NGS-a utječu na odluku o liječenju kod većine onkologa (29% često, 64% ponekad). Većina ispitanika nije zadovoljna trenutnim uvjetima molekularnog testiranja u Hrvatskoj (60% djelomično zadovoljno, 32% nezadovoljno). Najveći su izazovi molekularnog testiranja sljedeći: nemogućnost liječenja sukladno rezultatima ispitivanja (81%), vrijeme potrebno za dobivanje rezultata (52%), dodatni financijski izdatci (38%) te interpretacija rezultata testa (37%). Zaključak: Većina onkologa u Hrvatskoj koristi NGS-testove u svojoj kliničkoj praksi i rezultati NGS-a u znatnoj mjeri utječu na odluke o liječenju. Potrebno je poboljšati uvjete molekularnih ispitivanja u Hrvatskoj i pružiti podršku pri interpretaciji rezultata NGS-a.
Raziskovalno vprašanje (RV):V raziskavi smo se med drugim osredotočili na povezavo med prebivališčem in izobrazbo staršev otrok, ki obiskujejo inštrukcije ter njihovo intenzivnostjo. Za namene ...raziskave smo temu primerno oblikovali naslednje raziskovalno vprašanje: Ali bivališče uporabnikov in izobrazba njihovih staršev vplivata na intenzivnost inštrukcij?« Namen: Poglavitni namen raziskave je bil ugotoviti povezavo med intenzivnostjo koriščenja inštrukcij v širši goriški regiji ter krajem bivanja in izobrazbo staršev. Osredotočili smo se na naravoslovne predmete (matematika, fizika, kemija) in en družboslovni predmet (tuj jezik). Metoda: Anketirali smo osnovnošolce, dijake gimnazij, srednjih strokovnih in poklicnih šol, ter študente, vpisane v visokošolske študijske programe na Goriškem. Preko intervjujev z udeleženci inštrukcij in njihovimi starši smo kvantitativno raziskavo obogatili še z detajlno vsebinsko analizo o koristi inštrukcij. Opravili smo še intervjuje z učitelji fizike, kemije, matematike in angleščine, tako na osnovnošolskem, kot srednješolskem nivoju izobraževanja, in na podlagi tega presodili onujnosti in priljubljenosti inštrukcij znotraj sistema formalnega izobraževanja. Pri raziskavi smo se poslužili metode opazovanja, pri kateri smo opazovali učence, ki obiskujejo inštruktorje in se poslužujejo inštrukcij. Raziskava je potekala v obdobju šolskega leta 2016/2017.Rezultati: Na osnovi vseh predstavljenih raziskav se je izoblikovala naslednja ključna ugotovitev; Kraj bivanja in izobrazba staršev ne vplivata na intenzivnost inštrukcij. Organizacija: Glede na ugotovitve, da se obseg inštrukcij povečuje in da so inštruiranci preveč usmerjeni v izboljšavo ocen in ne v boljše utrjevanje snovi, bi lahko ravnatelji in dekani šol izvedlidoločene spremembe pri podajanju učne vsebine, učencem, dijakom in študentom. Pri samiorganizaciji inštrukcij je pomembno to da so neposredno povezane za utrjevanje snovi in ne samo, da so usmerjene v izboljšanje ocen, ki so pogoj za prehodnost in vpis na fakulteto. Družba: Prispevek je pomemben z vidika učencev, učiteljev in tudi Ministrstva za izobraževanje pri prihodnjih reformah šolskega sistema. Raziskava daje osnove, saj bi širša raziskava na to temo lahko ponudila rešitve, ki bi omejile nastajajoči razdor med učenci in učitelji, saj je raziskavapokazala, da se je uporaba inštrukcij v zadnjem času povečala. Predvsem bi se tu morali zgledovati po državah, kjer je študij zasnovan tako, da ni potrebe po dodatnih inštrukcijah. Originalnost: Gre za prvo tako celovito raziskavo na Goriškem in v Sloveniji nasploh. Vključeni so bili vsi nivoji šolanja. Od osnovne šole, srednje šole do fakultet. Predvsem pa se kaže njena originalnost, saj je iskala odgovore o vplivih kraja bivanja in izobrazbe staršev na same inštrukcije. Omejitve/nadaljnje raziskovanje: Omejitev raziskave se kaže v tem, da smo raziskavo izvedli na Goriškem in da je bil vključen priložnostni vzorec, zato ugotovitev ne moremo prenašati na vse, saj vzorec ni uravnotežen. Na podlagi ugotovitev, bi bilo smiselno dopolniti metodologijo in izvesti raziskavo med celotno slovensko populacijo. Druga omejitev je v tem, da je bila izvedena pred COVID-19, saj se je med tem časom podajanje snovi in inštruiranje moralo prilagoditi novim razmeram.
Brucella
, an extremely diverse but yet genetically highly homogenous genus of bacteria, has been a puzzle for scientists for many decades. These bacteria remain a prominent public health issue, ...particularly in the Balkan region. Correctly identifying and understanding the pathogen is a vital step in the epidemiology and epizootiology of any bacteria. Identification can be challenging, especially in the case of zoonotic species. This study aimed to implement fourth-generation sequencing in the typing of 11
Brucella suis
strains kept in our archive and to compare this method to the classical and non-sequencing based molecular methods used to date. Classical biotyping is highly subjective and gave inconclusive results for 3 strains. Molecular methods used were multiplex PCR and RFLP methods since no one method can identify both species and biovar which is vital in the case of
Brucella suis
infections. Species and biovars of all the strains were successfully confirmed and in concordance with biotyping results. Oxford Nanopore long-read sequencing was used on a MinION device for next-generation sequencing (NGS). Various algorithms were implemented for genome assembly and BioNumerics 8.0 software was used for MLST identification and analysis. MLST 21 was used for biovar identification and epidemiological comparison of tested strains. The assembled genomes were 3,2 Mb in size and assembled into two chromosomes. MLST 21 analysis placed our strains into species and biovar clusters in concordance with other molecular tests used. To the extent of our knowledge, this is the first documented use of long-read sequencing in
Brucella suis
identification in this region. We conclude that bacteriological biotyping is outdated and host-specific identification in this genus is incorrect and that molecular characterisation is always the safer, faster and more suitable option. MinION sequencing proved to be a strong, accessible solution for species determination. Future study is required to determine how detailed genome information it can give, considering the error rate.
Rod
Brucella
biološki je iznimno raznolik, ali genetski vrlo homogen rod bakterija te je već desetljećima znanstvenicima nepoznanica. Ove bakterije su veliki javno-zdravstveni problem, a osobito na Balkanu. Pravilno prepoznavanje i razumijevanje patogena ključan je korak u epidemiologiji i epizootiologiji bilo koje bakterijske vrste, čija identifikacija može biti izazovna, osobito u slučaju zoonotskih vrsta. Cilj je ovog rada bio implementirati sekvenciranje četvrte generacije u tipizaciji 11 sojeva
Brucella suis
koje se čuvaju u našoj arhivi te ovu metodu usporediti s klasičnim i molekularnim metodama koje se trenutačno primjenjuju, a ne zasnivaju se na sekvenciranju. Klasično je biotipiziranje vrlo subjektivno i dalo je podvojene rezultate za 3 soja. Od molekularnih metoda koristili smo višestruku lančanu reakciju polimerazom (engl. Polymerase Chain Reaction, PCR) i polimorfizam duljine restrikcijskih fragmenata (engl. Restriction Fragment Lenght Polymorphism, RFLP) budući da niti jedna od metoda ne može zasebno identificirati i vrstu i biovar, a što je važno u slučaju
Brucella suis
infekcije. Vrsta i biovar svih sojeva uspješno su potvrđene i u skladu s rezultatima biotipizacije. Sekvenciranje sljedeće generacije (engl. Next Generation Sequencing, NGS) provodili smo na Oxford Nanopore MinION uređaju koji sekvencira duge lance DNK. Za sastavljanje genoma rabljeni su različiti algoritmi, a za identifikaciju i analizu rezultata MLST-a korišten je softver BioNumerics 8.0. MLST 21 je korišten za identifikaciju biovara i epidemiološku usporedbu ispitivanih sojeva. Genomi su bili veličine 3,2 Mb i sastavljeni u dva kromosoma. Analiza MLST 21 smjestila je naše sojeve u vrsne i biovarne skupine u skladu s drugim korištenim molekularnim testovima. Koliko je nama poznato, ovo je prva dokumentirana uporaba sekvenciranja dugih lanaca DNK u identifikaciji
Brucella suis
u jugoistočnoj Europi. Zaključujemo da je bakteriološka biotipizacija zastarjela i da je identifikacija biovara u ovom rodu, ovisno o domaćinu, netočna te da je molekularna karakterizacija uvijek sigurnija, brža i prikladnija opcija. MinION sekvenciranje pokazalo se kao vrlo pristupačno rješenje za određivanje vrste i biovara
Brucella suis
. Daljnja su istraživanja potrebna da bi se ustvrdilo koliko detaljne informacije o genomu može dati, imajući u vidu značajniji postotak pogreške prilikom sekvenciranja.
Rad se temelji na pretpostavci da razlike među medijskim generacijama odražavaju razlike u medijskim krajolicima s kojima su se suočavale različite generacije u svojim formativnim godinama. ...Oslanjajući se na sociološko razumijevanje pojma generacije, pokazuje se da se rezultat procesa oblikovanja medijskih generacija očituje u karakterističnim medijskim repertoarima. Ti su repertoari u određenoj mjeri u obliku neizravnog skupa (fuzzy set) povezani s dobi, društvenom lokacijom i tehnološkim promjenama. Rezultati se temelje na prvom znanstvenom nacionalnoreprezentativnom istraživanju hrvatskih medijskih publika provedenom u lipnju i srpnju 2014. godine. Istraživanje je provedeno anketnim istraživanjem na višeetapnom stratificiranom klasterskom uzorku od 800 ispitanica i ispitanika starijih od 14 godina. Uzorak je reprezentativan po dobi, spolu i regiji te je naknadno ponderiran kako bi se postigla reprezentativnost po obrazovanju. Analizom latentnih klasa identificirane su četiri medijske generacije: ona najstarija, generacija tradicionalnih korisnika medija, zatim generacija digitalnih imigranata te dvije najmlađe, digitalne, generacije – pripadnici digitalne generacije neskloni čitanju novina i pripadnici digitalne generacije skloni čitanju novina. Sve četiri generacije u određenoj su mjeri multimedijske i za sve je karakteristično da televizija predstavlja važan element medijskog repertoara. Neočekivano, repertoar digitalnih korisnika sklonih čitanju novina zabilježen je među najmlađim korisnicima medija, što otvara nova pitanja za buduća istraživanja. Iako je mnoštvo informacija o najranijim publikama u Hrvatskoj možda zauvijek izgubljeno s prvom generacijom medijskih korisnika rođenom početkom 20. stoljeća, ovo istraživanje pruža temelj koji omogućuje prve uvide u sličnosti i razlike među hrvatskim medijskim generacijama.
Izid knjige, ki jo avtor označi kot »work in progress«, je pomemben mejnik na poti spoznavanja osebnega raziskovalnega procesa, katerega zametke lahko postavimo v zadnja leta prejšnjega stoletja, ...krono pa predstavlja konec lanskega leta izdana monumentalna monografija istega avtorja, ki obravnava isti časovni izsek kot pričujoča knjiga. Avtorjeva oznaka dela kot nedokončnega najbrž korenini v dvojem: poleg očitnega, saj gre za preizkus, kako v smiselno celoto povezati posamezne ozko usmerjene raziskave starejših datumov, je razlog mogoče iskati tudi v dejstvu, da je govoriti o glasbi tega obdobja kot o monolitni celoti težko. Za dvajseto stoletje je značilno, da ima precej obrazov, je obdobje osebnih slogov in sobivajočih usmeritev, ki se po svoji naravnanosti močno razlikujejo. Gregor Pompe si je za cilj zadal zaobjeti celotno paleto ustvarjalnih hotenj, kar je zaradi hitrega menjavanja slogovnih značilnosti in vpeljevanja vedno novih kompozicijskih tehnik zahtevna naloga. Vsako »skico«, članek o izbranem aspektu dela določenega skladatelja, lahko razbiramo kot kamenček mozaika, ki naj ustvari sliko o najznačilnejših potezah bogatega, raznorodnega, pa tudi z več izrazitimi prelomi zaznamovanega glasbenega 20. stoletja na Slovenskem. Zato ne gre le za zbirko večinoma v slovenščini še neobjavljenih besedil, ampak jih je avtor želel nadgraditi s širšim pogledom na naš glasbeni prostor, z izrisom nekakšnega glasbenega zemljevida, in se ob tem jasno opredelil do številnih do tedaj odprtih vprašanj. Delo pa vendarle še ostaja na stopnji skic, saj na glasbenem zemljevidu ostaja precej belih lis.
PDF
