Comparative Genomics McLysaght, Aoife; Huson, Daniel H
2005, 2005-09-06, Volume:
3678
eBook
Constitutes the refereed proceedings of the RECOMB 2005 Satellite Workshop, the 3rd RECOMB Comparative Genomics meeting RCG 2005, held in Dublin, Ireland in September 2005. The papers address a ...variety of aspects and components of the field of comparative genomics.
Vznik a progrese plicních karcinomů je stejně jako u ostatních solidních nádorů provázena celou řadou poruch (mutací) genomu. Tyto často charakteristické poruchy představují molekulární markery a ...jejich vyšetřování se stalo dnes již neodmyslitelnou součástí diagnosticko-terapeutického procesu. Doplnění klasické histopatologické klasifikace založené na morfologii o informaci o molekulárním profilu se stává zcela klíčovým nástrojem pro predikci úspěšnosti protinádorové léčby i odhadu prognózy onkologických pacientů. Novým směrem v moderní patologické diagnostice je metoda tzv. tekuté biopsie, neboli vyšetřování nádorových buněk a nádorové DNA uvolněných do periferního oběhu pacienta.
As in other solid tumours, the development and progression of lung cancer is accompanied by a whole number of genome disorders (mutations). These often characteristic disorders represent molecular markers and their investigation has now become an inseparable part of the diagnostic-therapeutic process. Supplementing the conventional morphology-based histopathological classification with information on the molecular profile is becoming a completely crucial tool for predicting the success rate of anticancer treatment as well as estimating the prognosis of cancer patients. A new trend in modern pathological diagnosis is the method of so-called liquid biopsy, or the investigation of cancer cells and tumour DNA released into the patient’s peripheral circulation.
Marek Minárik
Literatura
A genomika valódi eszköz a biomassza-alapú energiák innovatív kutatása területén, egyes részterületei (metagenomika, transzkriptomika) ténylegesen alkalmazhatók a biomassza-alapanyag optimalizálása ...során, illetve a biomassza-konverzió hatékonyságának javításában, ezáltal a megújuló energiatípusok előállítási költségeinek csökkentésében. --- Genomics is a useful tool in innovative research into biomass energy. Certain fields of genomics (metagenomics, transcriptomics) have a practical application in biomass optimisation and in improving the efficiency of biomass, and can thus help reduce the costs of renewable energy production.
Horizontální přenos genů a genové inženýrství vyústily v celou řadu případů, kdy došlo k překročení hranic oddělujících lidský genom od genomů jiných organismů. Horizontální přenos genů je ryze ...přírodní proces, který nedokážeme potlačit. Genové inženýrství je vys- oce prospěšná lidská aktivita, jíž se nemůžeme vzdát. Navíc se ukazuje, že naši předci „pošpinili“ náš genom sekvencemi několika vymřelých druhů člověka. Je proto nezbytné přijmout jako fakt, že hranice lidského genomu nejsou jasně vytyčené a že v budoucnu budou jeho obrysy ještě nejasnější.
The horizontal gene transfer and genetic engineering resulted in many crossings of the boundary dividing the human genome from the genomes of other organisms. The horizontal gene transfer is a natural process and cannot be stopped. The genetic engineering is a highly beneficial human activity and we cannot abandon it. Moreover, our ancestors “spilled” our genome with sequences of DNA from seve- ral extinct human species. It is necessary to accept that the border of the human genome is not sharply delineated. In the future, the contours of our genome could become even much fuzzier.
Jaroslav Petr
Literatura
Tradiční přístupy a metody používané ve studiích zabývajících se epidemiologií zhoubných nádorů byly v řadě případů neúspěšné, pokud se jednalo o identifikaci kauzálních faktorů potenciálně ...souvisejících s výskytem příslušného novotvaru. Neúspěch obvykle spočíval v nedostatečném respektu k validitě studií ohledně počtu probandů nebo v nedostatečné charakteristice míry expozice u případů. V souborném referátu jsou diskutovány obě zmíněná úskalí. Multicentrické studie jsou alternativou dřívějších přístupů, zajišťují dostatečný rozsah do studie zahrnutých případů i kontrol a zmírňují důvody ke kritickým postojům vůči metaanalýzám nezávislých studií. Individuální multicentrické studie mohou být hodnoceny po vytvoření společné databáze, nebo vyhodnoceny jednotlivě a pak společně hodnoceny obvyklými metodickými postupy pro metaanalýzu. Multicentrické studie, rozsáhlé kohortové studie, nebo retrospektivní studie případů a kontrol poskytují také mimořádnou příležitost studia genomických, epigenetických a metabolomických aspektů studovaných zhoubných novotvarů spojených jak se životním stylem, tak s faktory prostředí. Optimalizace metod odhadu expozice a redukce s nimi spojených nejistot, reprezentují klíčovou a současně nejobtížnější komponentu tohoto druhu studií. Využití biomarkerů při respektování principu plausibility zjištěných nálezů představuje v uvedeném kontextu možnost významného zlepšení současné situace. V závěru je prezentován názor, že odhad rizika i princip předběžné opatrnosti by neměly být nahlíženy jako protichůdné principy, ale spíše pojímány jako komplementární přístupy v závislosti na údajích, které jsou k rozhodování v konkrétním případě k dispozici. Oba přístupy mohou být využity pro návrh adekvátních politických rozhodnutí nejen o míře odhadu rizika expozice karcinogenům, ale i v případě širokého spektra jiných rizikových faktorů ohrožujících zdraví člověka.
The traditional approaches and study designs in cancer epidemiology have not been very successful in identifying and evaluating adequately the potential risk and/or protective factors associated with the disease. The main reasons for the failure were often due to not relevant care to principles of validity of study pattern, small study sample size, and inadequate exposure data. In this paper, issues and approaches relevant to these two challenges are discussed. Multicentre study were proposed as a way to increase study size and to mitigate criticism about meta-analysis of independent studies. A multicentre study of large cohort or case–control studies also offers an exciting opportunity to study the contribution of genomics, epigenomics and metabolomics events that may be causally associated with life-style and environmental risk factors for human health. Optimizing methods for exposure assessment and how to reduce exposure misclassification represent a difficult component in epidemiology studies. A potentially useful approach for improving exposure estimate is to rely on biomarkers of exposures. Finally, it is argued that risk assessment and the precautionary principle should not be viewed as conflicting paradigms but, rather, as a complementary approach for developing appropriate policies to address risks posed by human exposure to carcinogens and a wide spectrum of other health hazards. genomics of cancer, meta-analysis, epigenomics, metabolomics.
Vladimír Bencko
Literatura
