Bakterije i kvasci, a ponekad i filamentozne plijesni u kefirnim zrnima žive u složenom simbiotskom odnosu koji kefirna zrna čini jedinstvenom mikrobnom zajednicom u prirodi. Složenost i kompleksnost ...njihove fizičke i mikrobne strukture razlogom su što su kefirna zrna još uvijek mikrobiološki nedovoljno i nepotpuno istražena. U istraživanju mikrobnog sastava kefirnih zrna koriste se različiti mikrobiološki i molekularni pristupi. Razvojem metagenomike, bazirane na identifikaciji bez kultivacije, otvaraju se nove mogućnosti identifikacije do sada još neidentificiranih mikrobnih vrsta sadržanih u kefirnom zrnu. Do sada je identificirano preko 50 vrsta mikroorganizama prisutnih u kefirnom zrnu. U radu su prikazane do danas identificirane mikrobne vrste sadržane u kefirnim zrnima različitog podrijetla. Također, radi tehnološkog i mikrobiološkog značenja koja imaju kefirna zrna sama po sebi, u radu su detaljnije prikazani molekularni eksperimentalni pristupi koji se koriste u istraživanju njihove mikrobne bioraznolikosti.
Molekularne metode za izravnu identifikaciju koriste se u mikrobiologiji hrane desetak godina. Većinom se temelje na amplifikaciji ukupne bakterijske DNA izolirane neposredno iz uzorka, a cilj je ...amplifikacije određeni gen ili varijabilna regija toga gena. Takvi su molekularni pristupi primijenjeni u mnogim studijama identifikacije prirodne populacije bakterija mliječne kisline u mliječnim proizvodima. Također je poznato da autohtona mikrobna populacija bitno pridonosi specifičnostima okusa i mirisa tradicionalnih sireva. Međutim, ne postoji molekularna metoda koja omogućava potpun kvalitativan i kvantitativan uvid u mikrobnu populaciju bilo kojega ekosustava. Zato je potrebno primijeniti kombinirane molekularne pristupe da bi se dobio objektivniji rezultat. Svrha je ovoga rada prikazati najčešće primjenjivane molekularne metode za izravnu identifikaciju bakterija mliječne kiseline u mliječnim proizvodima.
Spolno prenosive infekcije važan su problem u svijetu i u nas, kako zbog velike učestalosti tako i zbog mogućih trajnih posljedica za zdravlje kao što su neplodnost, zdjelična upalna bolest, ...izvanmaternična trudnoća, karcinom, kongenitalne infekcije, pa čak i smrt. Za razliku od drugih infekcija koje se prenose kontaktom, velik broj oboljelih nema jasnih simptoma, ili su simptomi odsutni, a višestruke su ("miješane") infekcije također česte. Za točnu etiološku dijagnozu uzročnika spolno prenosivih infekcija potrebni su osjetljivi i specifi čni testovi. Osim klasičnih dijagnostičkih metoda danas se dijagnostika spolno prenosivih infekcija sve više temelji na metodama
molekularne biologije koje u odnosu na klasične metode imaju značajno veću osjetljivost i specifi čnost te postaju "zlatni standard"
za većinu ovih infekcija. Na tržištu postoji velik broj komercijalnih
testova koji se baziraju na hibridizaciji (hybrid capture) ili na jednoj od amplifi kacijskih metoda (PCR, TMA, SDA). Zbog visoke osjetljivosti ovih testova uzročnici se mogu detektirati u neinvazivnim uzorcima (urin) ili omogućavaju bolesnicama/bolesnicima da same/i uzmu uzorak (obrisak vagine, vulve ili analne regije). Na taj način postiže se bolja suradljivost ciljne populacije.
U radu se prikazuju rezultati DNA barkodiranja temeljenog na mitohondrijskom genu za podjedinicu 1 citokrom c oksidaze (mtCOI), za 110 primjeraka Trichoptera prikupljenih u 36 izvora u ...panonsko-peripanonskom, središnje-planinskom i mediteranskom području Hrvatske. DNA barkodirano je 70 vrsta iz 32 roda i 15 porodica. U studiji se ukazuje na neke zanimljive faunističke i taksonomske rezultate, npr. za vrste Rhyacophila cabrankensis, R. balcanica, Crunoecia kempnyi, Allogmaus auricollis te potrebu daljnjih faunističkih istraživanja izvora kao staništa sa specifičnom i vrlo zanimljivom faunom. U ta istraživanja zbog kvalitetnije prezentacije rezultata, posebno u područjima bioraznolikosti, taksonomiji, filogeniji i konzervacijskoj biologiji, potrebno je uključiti i metodu DNA barkodiranja mtCOI, kao segment ne samo lokalnog, nego i globalnog procesa u spoznavanju bioraznolikosti na jedan drugačiji način. Navedeni rezultati ovog rada ukazuju na globalnu potrebu veće zaštite izvora jer su specifični ne samo kao staništa, nego vrlo često i kao područja nalaza endemskih vrsta s vrlo malim područjem rasprostranjenja (npr. Rhyacophila cabrankensis).
Potvrda dijagnoze invazivne meningokokne bolesti (IMB) često je onemogućena zbog rane primjene antibotika. Nekultivacijske molekularne metode postaju zato novi "zlatni standard" u mikrobiološkoj ...dijagnostici IMB u razvijenim zemljama i preporučeno pomagalo u ostalim zemljama. Uvođenje molekularnih testova 2005. godine u rutinsku dijagnostku IMB u Klinici za infektivne bolesti "Dr. Fran Mihaljević" značajno su ubrzali i unaprijedili postavljanje etiološke dijagnoze. U razdoblju od siječnja 2005. do travnja 2013 godine više od 50% slučajeva IMB potvrđeno je samo real time PCR testom. Pojava invazivnih penicilin-rezistentnih izolata N. meningitidis nameće potrebu praćenja gena penA, odgovornog za rezistenciju na penicilin. Dobra osjetljivost izolata na ciprofloksacin, rifampicin i ceftriakson omogućava nam primjenu ovih antibiotika u profilaksi prema sadašnjim preporukama struke. Serotipizacija i serosubtipizacija nisu više preporučene rutinske metode u karakterizaciji izolata meningokoka. Cjepiva protiv meningokoka grupe B pripremljena od proteina vanjske membrane (OMV cjepiva) mogla su biti primijenjena uspješno uglavnom samo u nacionalnim okvirima. Međutim s razvojem reverzne vakcinologije i pojavom multikomponentnih MenB cjepiva (fHBP, NHBA, NadA, OMP Novi Zeland – P1.7-2,4) postaje značajno genotipizirati lokalne izolate i pratiti obuhvat zaštićenosti populacije ponuđenim novim cjepivima u nacionalnim okvirima. To će zasigurno biti dio našeg budućeg rada samostalno i/ili u suradnji s europskim referentnim centrima za meningokoke i Europskim centrom za prevenciju i kontrolu bolesti (ECDC).
Humani papilomavirusi (HPV) su heterogena skupina virusa koja se tijekom evolucije izvrsno prilagodila replikaciji u stanicama epitela. Perzistentna infekcija humanim papilomavirusima obvezan je ...etiološki kofaktor u nastanku benignih i malignih novotvorina pločastog epitela. Prepoznavanje različitosti onokogenog potencijala pojedinih genotipova HPV-a potaknulo je brojna istraživanja kliničke značajnosti molekularne heterogenosti ove skupine virusa. Molekularna analiza HPV-a značajna je ne samo u temeljnim virusološkim istraživanjima već i u humanoj medicini s posebnim naglaskom na problematiku povezanosti HPV-a s određenim tipovima tumora, razvoj klinički vrijednih dijagnostičkih testova, procjenu rizika od nastanka malignih lezija, sastavljanje kliničkih postupnika za probir, praćenje i liječenje zaraženih, razvoj cjepiva, analizu "pre-cjepne" distribucije genotipova, procjenu obuhvatnosti i učinkovitosti cjepiva i praćenje distribucije genotipova nakon uvođenja univerzalnog cijepljenja.
Brojni uvjeti utječu na dekontaminaciju strojeva i opreme koja se koristi u prehrambenoj industriji. Nepotpuno uklanjanje bakterija povećava rizik stvaranja biofilma i onečišćenja patogenim ...mikroorganizmima ili prevladavanja nepoželjnih mikroorganizama (kao npr. uzročnika kvarenja) u proizvodnoj liniji. Uspješnost tipičnog protokola pranja utvrđena je ispitivanjem triju kritičnih uvjeta i njihova utjecaja na dekontaminaciju. U tu su svrhu upotrijebljena dva tipa proizvodnih površina (plastika i čelik), dvije temperature vode za pranje (7 i 25 °C) i dvije vrste detergenata različitih koncentracija (2 i 4 %). Na proizvodnim je površinama napravljen biofilm od bakterijske flore iz mljevenih fileta bakalara, naknadno karakterizirane uzgojem i molekularnom analizom 16S rRNA gena. Različiti protokoli pranja uspješno su odstranili više od 99,9 % bakterija biofilma i smanjili broj stanica sa 7 na 0-2 logaritamske jedinice bakterija po cm2. Rezultati pokazuju da se jednako uspješno mogu primijeniti manje količine i koncentracije detergenata od preporučenih, te da je lakše očistiti proizvodne površine od čelika nego one od polietilena.
Tijekom posljednjih pet godina (2003.-2007.) u pojedinim vinogradima na području Kruševca, Varvarina, Ražnja, Negotina, Vršca i okoline Novog Sada uočeni su pojedinačni čokoti, pa i do 20% njih, s ...izraženim specifičnim simptomima izumiranja i propadanja. Simptomi su posebno bili izraženi na sortama Talijanski rizling, Rajnski rizling i Sauvignon bijeli. Na oboljelim čokotima „karakteristični“ simptomi su se pokazali u vidu kloroze i peharastog uvijanja lišća, koje je obično postajalo sitnije od zdravog, te pojavom mladica s bitno skraćenim internodijama, dok se na poprečnom presjeku često uočavala nekrotična zona drvenastog dijela tkiva u obliku slova “V“. Na osnovi proučavanja patogenih, morfoloških i uzgajivačkih odlika izoliranog patogena, kao i primjenom molekularnih metoda, utvrđeno je da je uzročnik uočenih simtoma bolesti fitopatogena gljiva Eutypa lata. U radu je opisan značaj navedene vrste, simptomi koje ona uzrokuje i domaćini koje napada, kao i ciklus razvoja, s posebnim naglaskom na mjere za njeno suzbijanje.
Velika različitost među ribljim populacijama i vrstama, od kojih neke nisu do kraja definirane (npr. vrste roda Cobitis), te negativni čovjekov utjecaj zbog prevelike eksploatacije, neadekvatnih ...poribljavanja, te promjena prirodnih sredina osigurali su činjenicu da su ribe postale središtem brojnih molekularno –bioloških istraživanja. Ovdje dajemo pregled nekih češće primjenjivanih tehnika u razlikovanju ribljih populacija, osvrćemo se na njihove prednosti i nedostatke. U uzgoju riba daje se uvid u problem redukcije genetske različitosti, kako u slatkovodnom ribarstvu (npr. šarana, Cyprinus carpio), tako i u marikulturi (npr. lubina, Dicentrarchus labrax).
Postojanje velike raznolikosti među životinjskim populacijama i vrstama, negativni ljudski utjecaj kroz prekomjerno iskorištavanje i promjene prirodnih staništa, činjenice su da su životinje postale ...središtem mnogih molekularnobioloških istraživanja. Cilj ovog rada usmjeren je na pregled pisane dokumentacije najkorištenijih biotehnoloških metoda za razlikovanje životinjskih populacija, uključujući i njihove prednosti i nedostatke.
PDF
