Amaç:Enfeksiyöz gastroenterit salgınlarla seyredebilen küresel bulaşıcı hastalıktır. Akut gastroenteritlerin nedenleri arasında çok çeşitli bakteri, virüs ve parazitler bulunur. Çalışmamızda ...bölgemizdeki gastroenterit vakalarına neden olan bakteriyel etkenlerin dağılımının yanı sıra yaş ve mevsim gibi epidemiyolojik özelliklerini belirlemek, konvansiyonel metotlarla tespit edilmesi zor olan Campylobacter türlerinin multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle gerçek sıklığına ışık tutmak amaçlandı. Gereç ve Yöntem:Ocak 2016 ve Ağustos 2019 tarihleri arasında hastanemizin çeşitli kliniklerinden bakteriyel etkenlerin saptanması amacıyla mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen 7659 dışkı örneğinin bakteri paneli sonuçları geriye dönük olarak incelendi. Bulgular:Değerlendirilen olguların %21,7’si pozitif, %78,3’ü negatif saptandı. Pozitif örneklerin %92’sinde dört etkenden herhangi biri pozitif iken %7,9’unda 2 etken, %0,1’inde ise 3 etken birlikte pozitif saptandı. Tüm yaşlarda en çok tekli pozitif bulunan etken toplamda Campylobacter (%35,8) idi. Diğerleri sırayla Shiga toksin (%23,6 ), Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%22,3) ve Salmonella (%18,3) idi. Çocuklarda en sık Campylobacter (%43,6), erişkinlerde ise Shigella (%30,6 ) pozitif idi. Pozitiflik en sık yaz aylarında (%37,6) iken en az (%17,8) kış aylarında saptandı. Yaz aylarındaki en sık pozitif olan etken Campylobacter (%38,7), kış aylarında ise Shigella/ Enteroinvaziv E. coli (%39,7) olarak bulundu. Sonuç:Konvansiyonel yöntemlerle yapılan dışkı kültürlerinde özellikle Campylobacter türlerinin tanımlanmasında zorluklar yaşanmaktadır. Çalışmamız Campylobacter türlerinin neden olduğu gastroenteritlerin gerçek sıklığını belirlemek ve diğer etkenlerin bölgemizdeki dağılımının epidemiyolojik faktörlerden nasıl etkilendiğini göstermek açısından literatüre katkı sağlayacaktır. Diğer taraftan moleküler temelli yöntemler tanı açısından her ne kadar altın standart olarak kabul edilmese de, erken tanıya katkıda bulunarak ampirik tedaviye yön verebilir.
Amaç: BK virus (BKV) ile ilişkili hemorajik sistit (HS), hematopoetik kök hücre transplantasyonu (HKHT) yapılan hastalarda yaygın görülen bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı, HKHT yapılan çocuk ...hastalarda BKV enfeksiyonu insidansının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya Ekim 2015 ile Eylül 2017 tarihleri arasında izlenen, yaşları 16 ay ile 16 yıl arasında olan toplam 51 hasta dahil edilmiştir. Hastalar BKV DNA'nın idrar ve kanda tespiti için kantitatif gerçek-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Anaolia Geneworks, Türkiye) testiyle monitörize edilmiştir. Bulgular: Hastaların 46'sına allojenik HKHT ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik nakil yapılan 46 hastanın 26'sında (%56,5) ve otolog nakil yapılan 5 hastanın 1'inde (%20,0) olmak üzere toplam 27 (%52,9) hastanın idrar ve/veya kanında BKV DNA pozitifliği saptanmıştır. Allojenik HKHT yapılan 46 hastanın 12 (%26,1)'sinde preemptif tedavi için gereken idrarda >107 kopya/ml BKV viral yük düzeyi tespit edilmiştir. Preemptif tedavi uygulanan 12 hastanın 9'unda (%75,0) HS gelişmesi önlenirken 3'ünde (%25,0) HS gelişmiş ve tedaviyle iyileşmiştir. HS gelişmeden önceki iki hafta içinde BKV virurisi >109 kopya/ml olarak tespit edilmiş ve HS prediktif tanısı için prognostik bir gösterge olarak kabul edilmiştir. BKV viremisi 1 hastada sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde >104 kopya/ml olarak tespit edilmiştir. Sonuç: Yüksek riskli hastalarda HS prediktif tanısı için BKV enfeksiyonu, özellikle HKHT hastalarında BKV virüri taraması önerilir.
Amaç: Bu çalışmanın amacı yakınmaları ve fizik muayene bulgularının değerlendirilmesi sonrasında koronavirüs hastalığı 2019 (coronavirus disease 2019, COVID-19) ön tanısı konulan hastaların erken ...dönemde çekilen akciğer bilgisayarlı tomografi (BT) bulguları ile polimeraz zincir reaksiyonu (polymerase chain reaction, PCR) testi sonuçları arasındaki uyumluluğun araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntemler: Nisan ile Temmuz 2020 tarihleri arasında COVID-19 şüphesi olan, PCR testi ile şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2) varlığı açısından değerlendirilen ve ilk 48 saatte akciğer BT yapılan 114 hasta geriye dönük olarak bu çalışmaya alındı. PCR testi pozitif ve negatif olan hastaların demografik özellikleri, laboratuvar parametreleri ve akciğer BT bulguları karşılaştırıldı. PCR testi negatif saptanıp klinik şüphesi devam eden hastalarda 48 saatlik aralıklar ile yeni PCR örnekleri alındı. Bulgular: PCR pozitif hastalarda interlobüler septal kalınlaşma daha fazla bulundu (p=0,043). PCR pozitif olan 16 (%28,6) ve PCR negatif olan 14 (%24,1) hastada tomografide anlamlı bir bulgu saptanmadı. Her iki grupta da en sık bulgular; bilateral, periferal ve multilober yerleşimli buzlu cam görünümü, konsolidasyon ve interlobuler septal kalınlaşma idi. PCR pozitif olan grupta nötrofil (p
Bu çalışmada, Türkiye'de yetiştirilen altı yerli koyun ırkında, çoklu doğumu arttıran Booroola (BMPR-IB) majör geninde
FecB allelinin varlığı PCR-RFLP metodu kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan ...analizler sonucunda Türkiye'nin değişik bölgelerinde
yetiştirilen sürülerden rastgele seçilen Akkaraman (19 örnek), Morkaraman (19 örnek), Dağlıç (18 örnek), İvesi (18 örnek), Tuj
(18 örnek) ve Karakaş (19 örnek) koyunlarına ait toplam 111 örnekte FecB alleli tespit edilememiştir.
The presence of FecB allele on Booroola major gene (BMPR-IB) which has an significant effect on the prolificacy was
investigated in six local sheep breeds reared in Turkey, by using PCR-RFLP method. As a result of these analysis, FecB allele
couldn't be determined in totally 111 samples obtained from Akkaraman (19 samples), Morkaraman (19 samples), Dağlıç (18
samples), Ivesi (18 samples), Tuj (18 samples) and Karakaş (19 samples), which are the sheeps randomly selected from the
flocks which are reared in different regions of Turkey.
Nosema ceranae Avrupa bal anlarının (Apis mellifera) önemli mikrosporidian parazitlerinden biridir. Bugüne kadar Türkiye’de N. ceranae’nın varlığı hakkında bilgi mevcut değildir. 2007 ve 2008 ...yıllarında laboratuvarımıza gönderilen iki arı kolonisine ait örneklerde mikroskobik olarak Nosema sp. teşhis edilmiştir. Pozitif örnekler, Nosema türlerinin tespiti amacıyla daha önce geliştirilen spesifik PZR primerleri ile test edilmiştir. Çalışmamız sonucunda Türkiye’de ilk defa moleküler olarak N. ceranae belirlenmiştir.
Bu çalışma 2004 yılında Ankara yöresinde sportif ve gösteri amaçlı yetiştirilen atlardan toplanan kanlarda Babesia caballi ve
Babesia equi'nin Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve mikroskobik muayene ...ile karşılaştırmalı tanısı amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla
Ankara'da bulunan özel kulüp ve resmi kurumlarda sportif ve gösteri amaçlı yetiştirilen atların bulunduğu çalışma merkezlerine gidilerek;
rastgele seçilen toplam 200 attan PZR'da kullanılmak üzere kene mevsiminde ve kene mevsimi dışında EDTA'lı tüplere kan alınmıştır.
Aynı atlardan tekniğine uygun olarak ince yayma kan frotisi hazırlanarak, Giemsa ile boyanmış ve Babesia spp. yönünden incelenmiştir.
Ayrıca bu merkezlerde bulunan atların kene yönünden kontrolleri de yapılmıştır. Kene bulunamamıştır. Atlardan alınan 200
örneğin muayenesinde, perifer kan frotisi bakısında %3, PZR yönteminde ise %10 oranında pozitiflik (B. caballi %3; T.equi %7) saptanmış
ve sonuçlar arasındaki farkın istatistiksel olarak da önemli olduğu (p<0,001) saptanmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türkiye'de
atlarda ilk defa PZR yöntemi ile Babesia türleri saptanmış; Theileria equi'nin Babesia caballi'ye göre bulunma oranının daha yüksek olduğu görülmüştür.
The aim of this study was to compare the diagnosis of Babesia caballi and Theileria equi by the polymerase chain
reaction (PCR) and microscopic examination of blood specimens collected from show and sport horses in the region of Ankara in 2004.
The blood specimens were collected from randomly selected 200 show and sport horses in the region of Ankara during the tick season as
well as before and after the tick season for PCR testing. At the same time, Giemsa stained peripheral blood smears were examined for the
presence of Babesia spp. and also the horses were examined for the presence of ticks. Of the 200 horse blood samples analyzed, 3% were
found to be positive by microscopic examination and and 10 % (B.caballi %3; T.equi %7) by the polymerase chain reaction. The
difference between these two methods was confirmed to be statistically important (p<0,001). This is the first study in which Babesia
species were investigated in horses in Turkey using the PCR method. Theileria equi was found to be more prevalent than Babesia caballi.
Bu çalışmada toplam 105 atık sığır fetüsü kampilobakteriozis yönünden incelenerek hastalığın tanısında uygulanan patolojik bulgular ile imunohistokimyasal, mikrobiyolojik ve gerçek zamanlı polimeraz ...zincir reaksiyonu (Gerçek zamanlı PZR) yöntemlerine ait sonuçlar karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Yapılan incelemelerde, atıklardan 7'sinde gerçek zamanlı PZR ile, 5'inde immunohistokimyasal yöntemle pozitif reaksiyon tespit edilirken yalnızca 4'ünden mikrobiyolojik olarak Camphylobacter ssp. izole edildi. Sonuç olarak çalışmadaki atık olgularının %6.6'sının (7/105) kampilobakteriozisten kaynaklandığı ve gerçek zamanlı PZR'nin hastalığın tanısında daha güvenilir sonuç verdiği; buna karşın alt yapısı bulunmayan laboratuvarlarda immunoperoksidaz yöntemin de en az mikrobiyolojik yöntemler kadar duyarlı olduğu ve tanıda kullanılabileceği kanısına varıldı.
In this study; 105 aborted bovine fetuses were examined for Campylobacteriosis and pathologic findings were compared with microbiologic, immunohistochemical and real time polimerase chain reaction (Real Time-PCR) methods. Although, Campylobacter spp. was microbiologically detected in only 4 cases, this was detected in 5 cases by immunohistochemical method and by Real Time-PCR in 7 cases. It is concluded that 6.6% (7/105) of abortion cases were caused by Campylobacteriosis and Real Time PCR more sensitive and usefull for the the diagnosis of the disease and immunohistochemical
method is as sensitive as microbiologic methods for diagnosis in unsufficient labarotories.
Bu çalışmada, koyunlardan elde edilen Echinococcus granulosus'un moleküler karakterizasyonunu belirlemek amaçlandı. Bunun için enfekte koyunların değişik organlarından elde edilen 24 adet kist ...hidatit'e ait germinal membran ve protoskoleks örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı ve daha sonra DNA örnekleri 16 primer kullanılarak RAPD-PCR metodu ile tarandı. Echinococcus granulosus G1 suşu referans materyali olarak kullanıldı. Kullanılan 16 primerden 4'ü (AP2, AP4, OPB12 ve G05) koyun izolatları ve referans G1suşunun her ikisinde de tipik RAPD band kalıpları verdi. AP2 primeri ile oluşan 250 baz çiftlik tek bant koyun izolatları ve G1 suşunun her ikisinde de ortaktı. Sonuçlar bu çalışmada örneklenen koyun izolatlarının hepsinin aynı Echinococcus granulosus suşu olacağına işaret etmektedir.
In present study, it was aimed to determine molecular characterization of Echinococcus granulosus obtained from sheep. For this purpose, DNA isolation was done from germinal membrans and protoscolices of 24 hydatic cyst samples obtained from different organs of infected sheep and then DNA samples were scanned by RAPD-PCR using 16 primers. Echinococcus granulosus G1 strain was used as reference material. Only 4 of these 16 primers (AP2, AP4, OPB12 and G05) gave the typical RAPD band patterns in both sheep isolates and the reference G1 strain. The single band of 250 bp occurred by AP2 primer was common in both sheep isolates and G1strain According to result, AP2 primer can be successfully used for separation of G1 strain in different isolates. The results indicated that all sheep isolates sampled in this study can be assumed in the same Echinococcus granulosus strain.
Bu çalışmada Şanlıurfa bölgesi'nde bulunan 180 kısrak ve 20 aygır olmak üzere toplam 200 adet safkan Arap atından alınan 780 adet svab örneği incelendi. Alınan örnekler kültür, direkt-PCR ve ...kültür-PCR yöntemleriyle değerlendirildi. Svab örneklerinin bakteriyolojik muayeneleri sonucunda Taylorella equigenitalis izole edilemedi. Moleküler inceleme sonucunda, direkt-PCR ile 5 (%2.7) kısrakta, kültür-PCR ile 8 (%4.4) kısrakta pozitiflik saptandı. Direkt PCR ve kültür PCR ile 5 kısrak pozitif bulunurken, 3 kısrak sadece kültür-PCR ile pozitif olarak saptandı. Sağlıklı kısraklar ve aygırlarda pozitiflik belirlenmedi. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresinde T. equigenitalis'in sorun olduğu ve PCR metodunun kültür yöntemine göre daha üstün ve rutin teşhiste uygulanabilir bir test olduğu kanısına varıldı.
In this study; swab samples (n: 780) of mares (n: 80) and stallions (n: 20) were analyzed in total of 200 througbred Arabian Horses from Sanliurfa Region. The samples were analysed by culture, direct PCR and culture-PCR methods. Taylorella equigenitalis was notisolated after bacteriological examination of swab samples. Following molecular analyses; 5 (2.7% of mares) and 8 (4.4% mares) positive samples were found by direct PCR and culture-PCR, respectively. While five mares were positive by direct PCR and culture-PCR, three mares were only positive by culture-PCR. No T. equigenitalis detection was found in health mares and stallions. As a result; T. equigenitalis is a problem in Sanliurfa region. PCR method is more sensitive than culture and it can be used for routine diagnosis.
PDF
