Sekvenciranje in analiza gena MC3R s pomočjo tehnologij CRISPR/CAS9 in nanopor = Sequencing and analysis of MC3R gene using CRISPR/CAS9 and nanopore technologies : magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina
Kert, Špela, farmacevtka
Debelost predstavlja velik javnozdravstveni problem in je pri otrocih povezana z razvojem bolezni kasneje v življenju. Nagnjenost k razvoju debelosti ni odvisna samo od okolja, ampak je preplet ...genetskih, okoljskih, vedenjskih in socialnih dejavnikov. Monogenska debelost je najpogosteje posledica genetskih sprememb v genih leptin-melanokortinske poti. V to signalno pot spada tudi gen za melanokortinski receptor 3 (gen MC3R), ki s svojim delovanjem zavira vnos hrane in pospešuje porabo energije. Namen magistrskega dela je bil pokazati, da lahko s pomočjo tehnologij CRISPR/Cas9 in sekvenciranja z nanoporami pri dveh skupinah preiskovancev določimo iskane spremembe, dosegamo primerne obogatitve regij in določimo metilacijski profil gena MC3R. Želeli smo pokazati, da je CRISPR/Cas9 učinkovit sistem za obogatitev tarčne regije genoma in da s sekvenciranjem z nanoporo lahko zaznamo že potrjeno spremembo v genu MC3R. Analizo smo izvedli na dveh skupinah preiskovancev. V prvi skupini je bilo šest preiskovancev s potrjeno genetsko spremembo, v drugi pa šest preiskovancev brez iskane genetske spremembe. Pridobljene podatke smo primerjali s podatki, pridobljenimi s sekvenciranjem naslednje generacije, ki temelji na branju kratkih fragmentov, in opredelili občutljivost in specifičnost sekvenciranja z nanoporo. Tehnologiji CRISPR/Cas9 in sekvenciranje z nanoporo sta nam tudi omogočili, da smo pri vseh preiskovancih določili metilacijski profil analiziranega genomskega odseka in poskušali najti razlike med skupinama. Rezultate smo pridobili skozi proces bioinformatske analize z namenskimi analitskimi orodji za podatke, pridobljene s sekvenciranjem na nanopori. Pri vseh preiskovancih v prvi skupini smo dokazali prisotnost znane spremembe. Po primerjavi z rezultati sekvenciranja naslednje generacije, ki temelji na branju kratkih fragmentov, smo ugotovili, da so rezultati sekvenciranja z nanoporo manj specifični, saj smo kot rezultat dobili več sprememb, kot je bilo pričakovano. Pri metilacijskem profilu je bil signal skozi celoten gen podoben, pri tem med preiskovanci in med skupinama nismo opazili razlik. Prišli smo do zaključka, da je s kombinacijo metod CRISPR/Cas9 in sekvenciranjem z nanoporo iskanje sprememb in določanje profila metilacije učinkovito.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [Š. Kert], 2022
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
