Vpeljava izolacije zarodne DNA iz nohtov za razlikovanje med prirojenimi in pridobljenimi genetskimi različicami v rakavem vzorcu = Introduction of germline DNA isolation from nails to distinguish between congenital and acquired genetic variants in a cancer sample : magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina
Jug Brešan, Tina
Dedne oblike raka lahko zahtevajo posebno obravnavo bolnika, saj vplivajo na potek bolezni, izbiro zdravljenja, spremljanje bolnika in njegove družine. Sum na družinsko nagnjenost k razvoju raka ...lahko vzbudi pogosto pojavljanje rakavih obolenj med sorodniki, pojavnost pri zgodnji starosti ali znana zarodna patogena različica, odkrita v rakavem tkivu, primarno analiziranem za določitev somatskih sprememb. V rakavem tkivu lahko odkrijemo več pridobljenih sprememb, ki so odgovorne za nastanek bolezni in so prisotne samo v malignih celicah, medtem ko so prirojene genetske različice prisotne v vseh celicah telesa. Za potrditev zarodne patogene genetske različice potrebujemo vir DNA, ki ni malignega izvora. Potrditveno genetsko testiranje se po navadi izvaja iz krvi, ki predstavlja bogat vir kakovostne zarodne DNA. Pri hematoloških bolnikih s sumom na dedno obliko raka kri ni primeren vzorec za tovrstne teste, saj vsebuje tudi rakave celice. Primeren vir zarodne DNA lahko predstavljajo nohti, vendar so zaradi svoje keratinske sestave zahtevnejši material za uspešno izolacijo zadostne količine kakovostne DNA. Namen naloge je bil oceniti primernost optimizirane metode izolacije DNA iz nohtov za ugotavljanje prirojenega izvora patogene genetske različice, povezane z dedno nagnjenostjo za razvoj raka, ki je bila predhodno ugotovljena v molekularno-genetskem diagnostičnem postopku v tumorskem vzorcu pri bolniku z rakom. V nalogi smo najprej optimizirali izolacijo DNA iz nohtov s pomočjo reagenčnega kompleta, ki za pridobitev DNA uporablja kolone s silikagelom. Z izbrano metodo smo izolirali DNA iz nohtov 22 preiskovancev, nato izmerili koncentracije in kakovost DNA, preverili uspešnost pomnoževanja z verižno reakcijo s polimerazo za gena TP53 in CEBPA ter zaporedja določili s sekvenciranjem po Sangerju. Iz nohtov vseh preiskovancev smo uspešno pridobili merljive koncentracije DNA. Količine izolirane DNA, merjene fluorometrično, so bile precej nizke z mediano 65,4 ng, medtem ko smo spektrofotometrično določili dosti višje povprečje 1585,9 ng DNA. Razlika v meritvah nakazuje na poškodovano in fragmentirano DNA. Kljub temu smo dosegli več kot 90-% uspešnost pri pomnoževanju DNA z reakcijo PCR in prav tako več kot 90-% učinkovitost pridobitve berljivih sekvenc s sekvenciranjem po Sangerju. Glede na dobljene rezultate bi metoda izolacije DNA iz nohtov lahko bila uporabna za potrjevanje zarodnih patogenih genetskih različic, predhodno odkritih v rakavem tkivu.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [T. J. Brešan], 2022
Knjižnica mlab 61 JUG B.TINA Vpeljava 309 IN: 0017414
available - reading room
Shelf entry
Adding material to shelf was successful.
Adding material to shelf failed.
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
