Verifikacija komercialnega sestava za hitro detekcijo variant omikron SARS-Cov-2 = Verification of a commercial kit for rapid omicron SARS-Cov-2 variants detection : magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina
Halilović, Edin, farmacevt
Od odkritja leta 2019 pa do konca leta 2021 so pri povzročitelju bolezni COVID-19, virusu SARS-CoV-2, potrdili na tisoče različnih mutacij, zaradi katerih so nastale njegove različice, ki vzbujajo ...skrb zaradi pospešenega širjenja in potencialno hujše klinične slike same bolezni. Ena zadnjih tovrstnih, nevarnih različic je različica omikron. Vsake različice SARS-CoV-2 seveda ne moremo zaznati s standardno metodo RT-PCR, sekvenciranje virusne RNA pa je drago in časovno precej zahtevno. Cilj magistrskega dela je bila verifikacija komercialnega sestava NovaplexTM SARS-CoV-2 Variants VII Assay in njegova primerjava z referenčno metodo sekvenciranja, za zaznavanje različic SARS-CoV-2, z namenom hitrejšega ugotavljanja širjenja posameznih različic virusa v populaciji. V raziskavi smo uporabili vzorce RNA 43 bolnikov z, v obdobju od 1. 12. 2021 do 30. 1. 2022 ugotovljeno prisotnostjo virusa SARS-CoV-2, in sicer z metodo RT-PCR v obliki komercialnega sestava TaqPath␢ COVID-19 CE-IVD RT-PCR. Izbrane vzorce smo analizirali s testom NovaplexTM SARS-CoV-2 Variants VII, obenem pa smo jih poslali še na sekvenciranje na Hrvaški zavod za javno zdravstvo. Pričakovali smo visoko stopnjo primerljivosti rezultatov (> 95 %), pridobljenih s testiranim reagenčnim kompletom in z referenčno metodo, glede na to, da je prvi namenjen prav zaznavanju različic omikrona. Poleg tega smo preverili tudi zanesljivost kompleta TaqPath␢ COVID-19 CE-IVD RT-PCR kot presejalne metode za odkrivanje različic omikron BA.1 in BA.2, saj je ta namenjen zaznavi gena S virusa SARS-CoV-2, ki pa pri varianti BA.1, zaradi mutacije, ni več sposoben pomnoževanja. S testiranjem smo dejansko ugotovili 95-odstotno primerljivost rezultatov, pridobljenih s testiranim reagenčnim kompletom in z referenčno metodo sekvenciranja. Prav tako smo potrdili, da lahko komercialni komplet TaqPath␢ služi kot presejalni test za različico omikron BA.1, za katero je značilen izpad pomnoževanja gena S, obenem pa ugotovili, da ni uporaben za presejalno testiranje na prisotnost različice omikron BA.2 in njene podvariante BA.2.3, saj se pri njiju obeh v tem reagenčnem kompletu poteče podvajanje gena S.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [E. Halilović], 2023
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
