Tipizacija bakterije vrste Listeria monocytogenes z verižno reakcijo s polimerazo : doktorska disertacija = Typing of Listeria monocytogenes strains with polymerase chain reaction : dissertation thesis
Jeršek, Barbara
Namen našega dela je bila tipizacija bakterij vrste L. monocytogenes s PCR. Izbrali smo metodi rep-PCR in AFLP. Pri 48 izolatih iz rodu Listeria smo z rep-PCR dokazali kratki ponavljajoči se ...zaporedji REP in ERIC. ERIC-PCR je omogočal razlikovanje vrst v rodu Listeria. Z vzorci pomnoženih delov DNK pri REP- in ERIC-PCR smo razlikovali serotipe 1/2a, 1/2b, 1/2c, 3b in 4b vrste L. monocytogenes. Indeks razlikovanja izolatov serotipa 1/2a je bil pri REP-PCR 0,921 podobno kot pri AP-PCR s 3-4 oligonukleotidnimi začetniki, kjer je bil 0,911. S specifičnima paroma oligonukleotidnih začetnikov za zaporedji REP in ERIC smo ovrednotili rep-PCR za tipizacijo humanih, živalskih in živilskih izolatov vrste L. monocytogenes. Pri manj kot 20 % relativni podobnosti (Sj) med vzorci pomnoženih delov DNK smo 64 izolatov uvrstili v 4 skupine, ki so ustrezale viru izolatov. Skupina A je vsebovala humane izolate, skupina B humane in živalske izolate, skupini C in D pa sta vsebovali živilske izolate. Znotraj vsake skupine smo pri Sj ? 80 % določili tipe rep. Drugi nivo grupiranja je omogořil večje razlikovanje med izolati kot serotipizacija. Indeks razlikovanja 52 epidemiološko nesorodnih izolatov vrste L. monocytogenes je bil 0,98 pri REP- in ERIC-PCR. Za tipizacijo bakterij L. monocytogenes y AFLP smo uporabili restrikcijski encim EcoRI z manjšim številom prepoznavnih mest in restrikcijski encim TaqI z večjim številom prepoznavnih mest. Metodo smo optimalizirali s spreminjanjem razmer restrikcije (količina DNK, volumen reakcijske mešanice, čas restrikcije) in pomnoževanja (koncentracija oligonukleotidnih začetnikov, sestava reakcijskega pufra, vrsta polimeraze, vpliv biotiniliranih fragmentov, vpliv dveh pomnožitev, vpliv selektivnih nukleotidov v oligonukleotidnih začetnikih). V nadaljevanju smo z AFLP s sedmimi kombinacijami oligonukleotidnih začetnikov z enim do tremi selektivnimi nukleotidi pregledali 27 humanih in 6 živalskih izolatov. Rezultati vseh reakcij so bili zapleteni vzorci pomnoženih restrikcijskih fragmentov. Vzorce smo primerjali kot denzitometrične krivulje. Pri preiskovanih izolatih za serotipe nismo našli specifičnih vzorcev pomnoženih fragmentov. Razlikovali so se tudi izolati iz istega bolnika. AFLP je imela preveliko moč razlikovanja izolatov in zato sevov vrste L. monocytogenes nismo tipizirali.
Type of material - dissertation
Publication and manufacture - Ljubljana : [BF, Oddelek za živilstvo] : [B.Jeršek], 1999
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
