Molekularne metode za izravnu identifikaciju koriste se u mikrobiologiji hrane desetak godina. Većinom se temelje na amplifikaciji ukupne bakterijske DNA izolirane neposredno iz uzorka, a cilj je amplifikacije određeni gen ili varijabilna regija toga gena. Takvi su molekularni pristupi primijenjeni u mnogim studijama identifikacije prirodne populacije bakterija mliječne kisline u mliječnim proizvodima. Također je poznato da autohtona mikrobna populacija bitno pridonosi specifičnostima okusa i mirisa tradicionalnih sireva. Međutim, ne postoji molekularna metoda koja omogućava potpun kvalitativan i kvantitativan uvid u mikrobnu populaciju bilo kojega ekosustava. Zato je potrebno primijeniti kombinirane molekularne pristupe da bi se dobio objektivniji rezultat. Svrha je ovoga rada prikazati najčešće primjenjivane molekularne metode za izravnu identifikaciju bakterija mliječne kiseline u mliječnim proizvodima.