Fakulteta za farmacijo, Ljubljana (FFALJ)
-
Računalniška simulacija regeneracije flavina s kisikom v monoaminskih oksidazah = Computer simulation of flavin regeneration with oxygen in monoamine oxidases : enoviti magistrski študijski program FarmacijaČernjavič, TjašaFlavini so derivati riboflavina s triciklično strukturo, imenovano izoaloksazin. Znana encimsko aktivna flavina sta flavinmononukleotid (FMN) in flavinadenindinukleotid (FAD). Gre za redoks aktivne ... koencime, ki katalizirajo različne kemijske reakcije in skupaj z apoproteini tvorijo komplekse imenovane flavoencimi. Med imenovane encime spada monoamin oksidaza (MAO), ki vezana na zunanjo membrano mitohondrijev v reduktivni polreakciji reducira flavin do popolnoma reduciranega flavina (FADH2), v oksidativni polreakciji pa oksidacijo FADH2 nazaj do FAD. Dejstvo, da se flavin lahko popolnoma reducira do FADH2 je pomemben predpogoj za regeneracijo MAO z molekularnim kisikom. Pri regeneraciji nastane vodikov peroksid, ki lahko še naprej reagira in povzroči nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti, ki so odgovorne za oksidativni stres in s tem povezano nevrodegeneracijo. Namen magistrske naloge je bil z uporabo molekulskega modeliranja in kvantne kemije določiti aktivacijsko prosto energijo reakcije flavina s kisikom. Za konstrukcijo tridimenzionalnih modelov smo uporabili program Molden, kvantnokemijske izračune pa smo izvedli s programom Gaussian. Izračune smo najprej izvedli v plinski fazi in nato za realnejšo simulacijo upoštevali še vpliv topila na reakcijo s pomočjo implicitnih modelov z metodo samouglašenega reakcijskega polja in z metodo Langevinovih dipolov. Izračunana aktivacijska energija za našo reakcijo v plinski fazi je bila 49,18 kcal/mol. Po vključitvi reakcijskega polja z implicitnimi modeli topila smo opazili, da so se energijske bariere znižale, in sicer za IEFPCM metodo oziroma model polarizabilnega kontinuuma, podprt s formalizmom integralskih enačb (ang. integral equation formalism polarizable continuum model) je bila vrednost bariere 40,91 kcal/mol, za CPCM oziroma model polarizabilnega kontinuuma s formalizmom prevodnika (ang. conductor-like polarizable continuum model) 40,85 kcal/mol, za SMD oziroma solvatacijski model, ki temelji na elektronski gostoti (ang. solvation model based on density) 33,65 kcal/mol in vrednost pri metodi Langevinovih dipolov 40,82 kcal/mol. Iz rezultatov smo zaključili, da voda znižuje aktivacijsko prosto energijo in pospešuje kemijsko reakcijo v primerjavi s plinsko fazo, in sicer najbolj v primeru SMD solvatacijskega modela. Uspeli smo izračunati proste energije aktivacije in potrditi, da je s kvantnokemijskimi metodami mogoče ovrednotiti reaktivnost regeneracije flavina s kisikom. Ugotovili smo, da reakcija v vodni raztopini brez upoštevanja encimske okolice, ne poteka. V prihodnje bi lahko raziskovali, ali je možno z zaviralci in drugimi učinkovinami vplivati na nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti v flavoencimih.Vrsta gradiva - magistrsko delo ; neleposlovje za odrasleZaložništvo in izdelava - Ljubljana : [T. Černjavič], 2020Jezik - slovenskiCOBISS.SI-ID - 42245379
Avtor
Černjavič, Tjaša
Drugi avtorji
Obreza, Aleš |
Mavri, Janez
Teme
Farmacevtska kemija |
Organske spojine |
flavini |
monoamin oksidaze (MAO) |
kvantna kemija |
aktivacijska energija
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Signatura – lokacija, inventarna št. ... |
Status izvoda | Rezervacija |
---|---|---|
Knjižnica emšf 0000000547 ČERNJAVIČ T. Računalniška 0000000921 IN: 0016816 Knjižnica emšf 547 ČERNJAVIČ T. Računalniška 921 IN: 0016816 |
prosto - za čitalnico
|
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Vnos na polico
Trajna povezava
- URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto | Faktor vpliva | Izdaja | Kategorija | Razvrstitev | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Baze podatkov, v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov | Področje | Leto |
---|
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev | Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS |
---|---|
Černjavič, Tjaša | ![]() |
Obreza, Aleš | 19061 |
Mavri, Janez | 08611 |
Vir: Osebne bibliografije
in: SICRIS
Izberite prevzemno mesto:
Prevzem gradiva po pošti
Naslov za dostavo:
Med podatki člana manjka naslov.
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Gesla v Splošnem geslovniku COBISS
Izbira mesta prevzema
Gradivo iz matične enote je brezplačno. Če je gradivo na mesto prevzema dostavljeno iz drugih enot, lahko knjižnica to storitev zaračuna.
Mesto prevzema | Status gradiva | Rezervacija |
---|
Rezervacija v teku
Prosimo, počakajte trenutek.
Rezervacija je uspela.
Rezervacija ni uspela.
Rezervacija...
Članska izkaznica:
Mesto prevzema: