Natural CO
springs (mofettes) represent extreme ecosystems with severe exhalations of ambient temperature geological CO
, inducing long-term soil hypoxia. In this paper an overview of mofette ...research in the fields of microbial ecology and biodiversity in presented, with a focus on the studies describing the impact of the changed soil gas regime on communities of arbuscular mycorrhizal fungi, archaea and bacteria. Along with the fast development of new, highthroughput molecular techniques driving the field of molecular ecology, mofettes enable new insights into the importance of the abiotic environmental factors in regulating soil biodiversity, and the community structure of these functionally important microbial groups.
Naravni izviri CO
ali mofete predstavljajo ekstremen ekosistem, kjer zaradi izhajanja geološkega plina v tleh prihaja do dologoročnega pojava hipoksije. V preglednem članku so predstavljene raziskave z območij mofet s področja mikrobne ekologije, ki opisujejo vplive sprememenjenih koncentracij talnih plinov na združbe arbuskularnih mikoriznih gliv, arhej in bakterij. Skupaj s hitrim razvojem novih molekulskih pristopov, predvsem novih generacij visokozmogljivega paralelnega sekvenciranja, ki poganjajo področje molekularne ekologije, mofete omogočajo raziskovanje vpliva abiotskih dejavnikov okolja na biodiverziteto in strukturo združb teh funkcionalno pomembnih skupin talnih mikrobov.
Metanogene arheje imaju neobične seril-tRNA-sintetaze (SerRS), evolucijski udaljene od SerRS koje se mogu naći u drugih arheja, eukariota i bakterija. Naša nedavna analiza kristalne strukture SerRS ...iz metanogene arheje Methanosarina barkeri otkrila je karakterističnu N-terminalnu domenu i katalitički ion cinka na aktivnom mjestu. Da bi se rasvijetlio način na koji metanogeni tip SerRS diskriminira supstrate, autori su istraživali in vivo interakciju metanogenog tipa SerRS s pripadnim molekulama tRNA u bakteriji Escherichia coli ili kvascu Saccharomyces cerevisiae. Ekspresija raznih SerRS metanogenoga tipa bila je toksična za bakteriju E. coli, te je rezultirala sintezom proteina s greškama u aminokiselinskom sastavu, što se vidi iz testa stabilnosti β-galaktozidaze. Iako je SerRS iz metanogenih arheja mogla prepoznati tRNASer iz sve tri domene života in vitro, vjerojatno je toksičnost zasjenila komplementaciju funkcije endogene SerRS u bakteriji E. coli i kvascu S. cerevisiae. Međutim, unatoč toksičnosti, koekspresija metanogenoga tipa SerRS s pripadnom tRNA suprimirala je bakterijsku amber mutaciju.
PDF
