Na Oddelku za molekularno diagnostiko Onkološkega inštituta Ljubljana smo uvedli testiranje mutacij v tumorskem supresorskem genu von Hippel-Lindau (VHL). Mutacije v tem genu povečajo verjetnost za ...nastanek rakastih bolezni, povezanih s sindromom »von Hippel-Lindau« (VHL), kakor tudi z nastankom sporadičnega raka ledvic. Testiranje dednih mutacij pri bolnikih s sumom na sindrom VHL omogoča zgodnjo pravilno diagnozo bolezni. Prisotnost mutacije v genu VHL je dovolj za potrditev diagnoze sindroma VHL tudi ob odsotnosti značilnih tumorjev. Za testiranje prisotnosti mutacij v genu VHL uporabljamo metodo neposrednega sekvenciranja in metodo MLPA (ang. multiplex ligation-dependent probe amplification). S sekvenciranjem odkrivamo točkovne mutacije in manjše delecije ter insercije. Z metodo MLPA pa prisotnost večjih delecij in insercij v genu oziroma delecijo celotnega gena. Pravočasno odkrivanje mutacij v genih, povezanih z nastankom raka, je za nosilce mutacij pomembno, saj je dokazana mutacija razlog za prilagojeno klinično spremljanje in/ali preventivne ukrepe pri nosilcih mutacije. Posledično so zaradi tega povečane možnosti za preprečevanje ali zgodnejše odkrivanje raka.
Na Oddelku za molekularno diagnostiko Onkološkega inštituta Ljubljana smo uvedli testiranje mutacij v protoonkogenih c-KIT in PDGFRA z metodo neposrednega sekvenciranja. Uporaba zaviralcev tirozin ...kinaz za zdravljenje bolnikov z gastrointestinalnimi stromalnimi tumorji (GIST) je omogočila uspešnejše zdravljenje. Na izbiro najustreznejšega zdravila za bolnike z GIST vplivajo aktivacijske mutacije v genih c-KIT in PDGFRA. Mutacije v navedenih genih najdemo pri približno 90 % bolnikov z GIST. Večina izmed teh mutacij omogoči dober odgovor na zdravljenje z zaviralci tirozin kinaz (npr.imatinibom v prvi liniji zdravljenja), nekatere izmed mutacij pa povzročijo neodzivnost bolnika na zdravljenje. Pogosto se pojavijo tudi sekundarne mutacije, ki kljub prvotnemu dobremu odgovoru na zdravljenje z zaviralci tirozin kinaz povzročijo neodzivnost bolnika na prvotno zdravilo. V tem primeru je treba izbrati drugo vrsto zaviralca tirozin kinaz (npr. sunitinib, sorafenib, nilotinib). Poznavanje mutacijskega statusa genov c-KIT in PDGFRA predstavlja pomemben podatek za zdravnika pri izbiri ustreznega zdravljenja za posameznega bolnika.
Mutacija V600E predstavlja več kot 90 % vseh opisanih mutacij v genu BRAF pri različnih vrstah tumorjev. Protein, ki nastane kot produkt onkogena BRAF z mutacijo V600E (BrafV600E), sproža nenehno ...signaliziranje prek signalne poti RAS-RAF-MAPK, kar povzroči številnejše delitve celice in njeno maligno transformacijo. Zato ima onkogen BrafV600E pomembno vlogo pri indukciji in napredovanju tumorja ter verjetno predstavlja zgodnji dogodek v procesu maligne transformacije. Po podatkih iz literature je čezmerno izražen v različnih vrstah solidnih tumorjev, kot so melanom, metastatski rak debelega črevesa in danke, papilarni rak ščitnice, rak ledvic (RCC), hepatocelularni karcinom (HCC), velikocelični rak pljuč (NSCLC) in serozni rak jajčnikov. Na Oddelku za molekularno diagnostiko smo uvedli metodo za določanje mutacije V600E v genu BRAF. Metoda temelji na PCR-pomnoževanju in uporabi specifičnih sond. Izkazala se je kot primerna za rutinsko diagnostiko. V primerjavi z neposrednim sekveniranjem, ki velja za zlati standard, sta bili njeni občutljivost in specifičnost 100-odstotni. Zaradi velike specifičnosti je zanesljiva za ločevanje med normalnim in mutiranim genotipom BRAF in je primerna za hitro rutinsko diagnostiko.
Na Oddelku za molekularno diagnostiko Onkološkega inštituta Ljubljana smo uvedli testiranje zarodnih mutacij vgenu MSH6. Mutacije v tem genu so povezane z Lynchevim sindromom in predstavljajo ...povečano verjetnost za nastanekraka na debelem črevesu in danki, raka maternične sluznice,raka jajčnikov in drugih vrst raka. Za testiranje prisotnosti mutacij v genu MSH6 uporabljamo metodo neposrednega sekvenciranja in metodo MLPA (ang. multiplex ligation-dependentprobe amplification). S sekvenciranjem odkrivamo točkovne mutacije in manjše delecije ter insercije. Z metodo MLPA pa prisotnost večjih delecij in insercij v genu, oziroma delecijo celotnega gena. Mutacije v genu MSH6 testiramo pri osebah, za katere se v postopku genetskega svetovanja pokaže večja verjetnost Lynchevega sindroma. Pravočasno odkrivanje mutacij v genih, povezanih z nastankom raka, je za nosilce mutacij pomembno, saj je dokazana mutacija razlog za prilagojeno klinično spremljanje in preventivne ukrepe pri nosilcih mutacije. ; slv - slovenski
Glomerularne bolesti mogu biti uzrokovane hemodinamskim promjenama, infekcijom, nepravilnim imunološkim odgovorom, nasljednim metaboličkim poremećajima, djelovanjem toksičnih tvari, a katkada uzrok ...ostaje skriven. Bazična znanost i translacijska istraživanja u kombinaciji s kliničkim unaprijedili su naše razumijevanje etiopatogeneze ovih bolesti. Nova znanja dovela su do upotpunjavanja i izmjena postojeće klasifikacije glomerulopatija. Poznavanje molekularnih puteva staničnog ciklusa ili otkrivanje novih genetskih oštećenja pridonijela su kreiranju pametnijih terapeutskih pristupa i boljoj kvaliteti života pacijenata s bubrežnim oštećenjem uz odgodu renalne insuficijencije. Cilj preglednog članka je ukratko razmotriti opća načela u patologiji glomerularnih oštećenja i predočiti neka od novijih istraživanja podocitopatija; membranske glomerulopatije (MG); ANCA vaskulitisa; membranoproliferativnog glomerulonefritisa (GN) i C3 glomerulopatije te ulogu komplementa u oštećenju glomerularnih struktura. Također se ukazuje na vrijednost biopsije bubrega koja uz dijagnostičku i prognostičku ostaje nezaobilazna epidemiološka te istraživačka metoda.
Mutacije v genu Tp53 so dokazane pri več kot 50 % malignih bolezni. Pri številnih malignih bolezni je vloga mutacij v tem genu neposredno povezana z nastankom raka. Namen našega prispevka je ...posredovati informacijo o metodoloških pristopih, s katerimi določamo mutacije v genu Tp53 na Oddelku za molekularno diagnostiko Onkološkega inštituta Ljubljana.
Gensko testiranje za dedno obliko malignega melanoma kože na OI Ljubljana opravljamo od leta 2005. Izbor bolnikov za testiranje poteka v okviru genetskega svetovanja. Testiramo bolnike in njihove ...zdrave sorodnike, če sta v družini najmanj dva obolela člana, in bolnike s primarnimi multiplimi melanomi brez obremenjujoče družinske anamneze. Na oddelku za molekularno diagnostiko z metodo sekvenčne analize iščemo in določamo neznane točkovne mutacije ter manjše delecije in insercije v eksonih genov, povezanih z nastankom malignega melanoma kože: CDKN2A, CDK4 in MC1R. Do sedaj smo testirali 70 oseb: 40 bolnikov in njihovih zdravih sorodnikov iz 28 različnih družin, obremenjenih z družinsko anamnezo, ter 30 bolnikov s primarnimi multiplimi melanomi. Sekvenčna analiza genov, povezanih z dedno obliko malignega melanoma kože, je pokazala, da so mutacije CDKN2A p16INK4a pri bolnikih z družinsko anamnezo zelo pogoste (37,5 %). Mutacij CDKN2A p14ARF in CDK4 pri slovenskih bolnikih nismo našli.
With more than 2700 mutant-derived cultivars, mutation techniques belong to the most efficient breeding methods. Despite a relatively good understanding of mutagenesis there is no agreement about the ...range of genome changes in mutants. Visualizing the gain and the loss of transposon insertion sites in SSAP profiles, the present studies aimed to answer whether or not mutants can be regarded as near isogenic lines with respect to their parent cultivar. Activities of BARE-1 retrotransposon and Tpo1-like DNA transposon from the CACTA superfamily were analysed in ten barley mutants derived by mutagenic treatment of two cultivars, Brenda and Scarlett. A large number and proportion of mutations (on average 21.4 mutations encompassing 19.7% loci) confirm high efficiency of applied mutagens. However, differences exist among both cultivars and transposons. The lack of clear correlation between transposon activities and morphology reflects different mechanisms shaping the mutant architecture. With respect to a transposon type, BARE-1 and Tpo1-like were equally active in inducing mutations. However, their activity differs in that the former was mainly responsible for new insertions while the latter equally for insertions and deletions. An excess of new insertions over recombinational loss suggests a transposon burst as a response to stress caused by chemical mutagens. Low estimations of Nei's similarities, well within the range of semispecies demonstrate the role of mutagenic factors in diversification of populations. This way mutagenic treatment not only provides rough breeding materials but also can be used as a model in evolutionary studies.
Pri več kot 2700 kultivarjih gojenih rastlin so bili mutanti izhodišče za požlahtnitev, torej je induciranje mutacij ena od učinkovitih metod žlahtnjenja rastlin. Kljub razmeroma dobremu razumevanju procesa mutageneze ni soglasja o tem, kakšen je pri mutantih obseg sprememb genoma. S prikazom pridobitve ali izgube na mestih insercije transpozonov pri SSAP profilih poskuša ta raziskava pojasniti, če so mutanti skoro izogene linije v primerjavi z izhodiščnimi kultivarji. Aktivnost retrotranspozona BARE-1 in transpozonu Tpo1 podobnega iz superdružine CACTA je bila raziskana pri desetih mutantih ječmena, dobljenih z mutagenim tretiranjem dveh kultivarjev, Brenda in Scarlett. Veliko število mutacij in njihov delež (v povprečju 21,4 mutacij na 19,7% lokusih) potrjuje učinkovitost uporabljenih mutagenov. Toda med obema kultivarjema in transpozoni so razlike. Ugotovljeno je, da ni jasne povezave med aktivnostjo transpozonov in morfologijo, kar se odraža v razlikah v mehanizmu formiranja oblik pri mutantih. Glede na vrsto transpozona sta BARE-1 in Tpo1-u sličen enako aktivna pri induciranju mutacij. Toda so razlike v aktivnosti glede na to, da prvo navedeni povzroča predvsem nove insercije, medtem ko drugi povzroča tako insercije kot delecije. Višek novih insercij v primerjavi z rekombinacijsko izgubo nakazuje, da je nastanek transpozonov povzročen s stresom, ki ga povzročijo kemični mutageni. Nizka ocena podobnosti po Nei-u, ki je v okviru podobne kot pri podvrstah, kaže na vlogo mutagenih dejavnikov pri diverzifikaciji populacij. Na ta način mutageno obravnavanje ne daje samo izhodiščnega materiala za žlahtnjenje rastlin, ampak je lahko uporabno tudi kot model v evolucijskih raziskavah.
Frontotemporal dementias (FTD) are the second most common type of presenile dementias, considered to be clinically and pathologically different from Alzheimer's dementia (AD). FTD differs clinically ...from AD because memory loss is rarely an early symptom. Instead, FTD is usually denoted by behavioural and language difficulties, and may co-occur with motor neuron disease (MND). Frontotemporal lobar degeneration (FTLD) with ubiquitin-positive, tau-negative inclusions (FTLD-U) is the most common underlying pathology with and without MND. TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43), encoded by the TARDBP gene, has been identified as the major pathological protein of FTLD-U with or without MND, demonstrating that abnormal TDP-43 alone is sufficient to cause neurodegeneration. FTLD is a genetically complex disorder. A proportion of cases of FTLD-U have various pathogenic mutations in the progranulin (GRN) gene. Other FTLD-U entities with TDP-43 proteinopathy include FTLD-U with valosin-containing protein (VCP) gene mutation and FTLD with MND linked to chromosome 9p. In contrast, chromosome 3-linked dementia, a FTLD-U with chromatic modifying protein 2B (CHMP2B) mutation, has TDP-43 negative inclusions. Thus, TDP-43 defines a novel class of neurodegenerative diseases called TDP-43 proteinopathies. These recent discoveries will contribute to an accurate diagnosis, and facilitate the development of diagnosis and therapy.
Frontotemporalne demencije (FTD) druga su po učestalosti grupa presenilnih demencija, koja se kliničkim simptomima i patologijom razlikuje od Alzheimerove demencije (AD). FTD se razlikuje od AD budući da je gubitak memorije rijetko prvi simptom bolesti. Umjesto toga, FTD karakteriziraju smetnje u ponašanju i govoru, a mogu se javiti i simptomi bolesti motornog neurona (BMN). Frontotemporalna lobarna degeneracija (FTLD) s ubikvitin-pozitivnim, tau-negativnim inkluzijama (FTLD-U) najučestalija je patološka slika s BMN-om ili bez njega. Glavni patološki protein FTLD-U s BMN-om ili bez njega je protein 43 vezan s DNA (TDP-43), kodiran od gena TARDBP, čija prisutnost je već dovoljna za nastanak neurodegenerativnih promjena. Glede genetike, FTLD je kompleksna bolest. Dio bolesnika s patološkom slikom FTLD-U pokazuje različite patološke mutacije progranulin (GRN) gena. Ostali FTLD-U entiteti s TDP-43-proteinopatijama uključuju: FTLD-U proteinom vezanim s valozinom i FTLD s BMN-om vezanim uz kromosom 9p. Nasuprot tomu, demencija vezana na kromosom 3, FTLD-U s CHMP2B-mutacijom, sadržava TDP-43-negativne inkluzije. Stoga, TDP-43-protein definira novu grupu neurodegenerativnih bolesti koje nazivamo TDP-43-proteinopatije. Ova novija otkrića pridonijet će točnijoj dijagnozi i ubrzati razvoj dijagnostike i terapije.
Z namenom ugotovitve vrste in frekvence mutacij na nekaterih linijah koruze iz genske banke koruze Oddelka za agronomijo Biotehniške fakultete v Ljubljani smo v letu 2003 na poskusnem polju BF v ...Jablah pri Trzinu posejali 100 linij koruze iz genske banke. Na poskusni parcelici vsake linije je bilo posejanih po 40 rastlin. Storže linij smo po spravilu v laboratoriju vizualno pregledali in s pomočjo literature beležili pojav naravnih mutacij na storžih in zrnih posamezne linije. Vrste mutacij, ki smo jih na podlagi literature ugotovili, so bile: sladka zrna, zrna s praznim perikarpom, zgrbančena - nerazvita zrna, slabo razvita - abortirana zrna, zrna podobna visoko-lizinskim ali moknatim zrnom, zrna z zmanjšanim endospermom ter zrna v plevah. Nekaterih mutacij na podlagi literature (pisan - sivobel perikarp, nepravilne in odprte vrste zrnja na storžu) nismo mogli natančno definirati.
PDF
