Določanje različic v genu TP53 s sekvenciranjem po Sangerju = TP53 gene variants analysis by Sanger sequencing : magistrski študijski program laboratorijska biomedicine
Čurič, Sandra
Kronična limfocitna levkemija (KLL) je najpogostejša oblika levkemije v zahodnem svetu, pri kateri so okvare gena TP53, ki je ključnega pomena za ohranjanje celovitosti genoma, zaradi delecije v ...kromosomu 17 in/ali različice znotraj gena TP53, povezane z večjo odpornostjo na kemoimunoterapijo in s slabšo prognozo za bolnika. Na podlagi tega je vključitev analize različic gena TP53 v rutinsko klinično diagnostiko ključna za izboljšanje obravnave bolnikov in optimizacijo terapevtskih odločitev. Evropska raziskovalna pobuda za kronično limfocitno levkemijo (ERIC) od 2012 priporoča naslednje metodološke pristope za analizo različic v genu TP53: denaturacijsko tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti, funkcionalno analizo ločenih alelov v kvasovkah, uporabo mikromrež, sekvenciranje po Sangerju in sekvenciranje naslednje generacije (NGS). Slednje, zaradi izboljšane občutljivosti trenutno velja za glavno metodo odkrivanja različic v genu TP53. Smernice prav tako narekujejo, da je vse odkrite različice z zgoraj navedenimi metodami zmeraj potrebno potrditi še s sekvenciranjem po Sangerju. V okviru magistrske naloge smo postavili in overili metodo sekvenciranja gena TP53 po Sangerju pri bolnikih s KLL. Pri tem smo sledili priporočilom ERIC, ki narekujejo, da je potrebna analiza najmanj eksonov 4-10, priporočeno pa je analiziranje celotne kodirajoče regije (eksoni 2-11). Za postavitev metode smo uporabili pet vzorcev bolnikov, pri katerih različic v genu TP53 predhodno z metodo sekvenciranja po Sangerju nismo zaznali. Nasprotno smo za overjanje metode uporabili 12 vzorcev bolnikov, pri katerih smo odkrili prisotnost različice oziroma različic. Med praktičnim delom smo ustrezno optimizirali celoten postopek analize, od uporabljenih začetnih oligonukleotidov za posamezni ekson do pogojev, ki omogočajo uspešno pomnoževanje in sekvenčno analizo eksonov 2-11 gena TP53. Na osnovi analize podatkov sekvenciranja smo zaključili, da je z metodo sekvenciranja po Sangerju možno potrditi vse različice z alelno frekvenco različice nad 10 %. Priporočila narekujejo, da se lahko sprejema terapevtske odločitve le na podlagi različic, ki jih s sekvenciranje po Sangerju lahko potrdimo. Analizo smo uspešno vpeljali v redno klinično prakso, kjer bo služila za redno diagnostiko in potrjevanje predhodno odkritih različic z metodo NGS.
Vrsta gradiva - magistrsko delo
; neleposlovje za odrasle
Založništvo in izdelava - Ljubljana : [S. Čurič], 2022
Bibliografsko gradivo je bilo uspešno dodano na polico.
Dodajanje bibliografskega gradiva na polico ni uspelo.
Gradivo je že na polici.
Trajna povezava
URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto
Faktor vpliva
Izdaja
Kategorija
Razvrstitev
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Izberite knjižnično izkaznico:
Baze podatkov,
v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov
Področje
Leto
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev
Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Citiranje
Funkcionalnost trenutno ni na voljo. Prosimo, poskusite kasneje.
