Klinička citologija je dijagnostička medicinska struka koja pomoću analize citoloških uzoraka pod svjetlosnim mikroskopom prepoznaje fiziološka stanja te dijagnosticira razne benigne, premaligne i maligne patološke procese, a uključena je u dijagnostiku gotovo svih organa i organskih sustava. Kod nas je gotovo 40 godina postojala kao samostalna specijalizacija iz medicinske, a potom kliničke citologije. Od 2015. godine uveden je novi program specijalizacije koji objedinjava citologiju i patologiju, pod nazivom specijalizacija iz patologije i citologije. Citologija je od svojih početaka neraskidivo vezana s klinikom i najbolji rezultati dobivaju se u uskom kontaktu pacijenta, kliničara raznih specijalnosti i citologa. Kao minimalno invazivna i brza metoda, gotovo bez kontraindikacija i značajnih komplikacija, citologija je izuzetno atraktivna dijagnostička metoda, a citološki uzorci prikladni su i za dodatne analize (imunofenotipizacija, citogenetika, molekularna analiza). U članku je prikazana primjena citologije u dijagnostici pojedinih organskih sustava, kao i prednosti i ograničenja citološke dijagnostike i čimbenici o kojima ovisi kvaliteta citoloških nalaza. Posebnu pažnju treba posvetiti pravilnom uzimanju uzoraka i pripremi preparata, i neophodno je da svaku fazu dijagnostičkog postupka izvode primjereno educirani zdravstveni djelatnici. Citološka analiza neizostavna je dijagnostička pretraga za rano otkrivanje, dijagnostiku i praćenje prvenstveno upalnih, benignih neoplastičnih, premalignih i malignih promjena gotovo svih organa i organskih sustava.