Od devedesetih godina 20. stoljeća raste nesklad između evolucijskih dokaza paleontologije i molekularne biologije, nesklad između podataka potrebnih za datiranje evolucijskih događaja i rekonstrukciju rodoslovnog stabla. Na osnovi molekularnih studija nastanak nekih redova (npr. suvremenih ptica i sisavaca) određuje se kao gotovo dvostruko stariji u odnosu na rezultate paleontoloških nalaza. Iz tog je nesklada razvidno da nije jasno utvrđeno koji je tip podataka netočan, da je nužno proučavanje vjerodostojnosti obaju tipova dokaza i preispitivanje valjanosti rodoslovnog stabla. Djelomičan (ne)uspjeh u usklađivanju molekularnog datiranja s fosilnim nalazima ostavlja brojne pukotine i značajne dvojbe o starosti, brzini nastanka (iznenada ili polagano) i položaju živih oblika na rodoslovnom stablu te o vjerodostojnosti trenutačne evolucijske slike. Ovaj rad ne odlučuje koji je tip dokaza netočan, nego iz nesklada između paleontologije i molekularne biologije u rekonstrukciji proteklih evolucijskih događaja, zaključuje o neodvojivosti prirodoznanstvenih i filozofskih pitanja, o teorijskoj ovisnosti empirijskih dokaza, te potvrđuje pretpostavku o privremenoj valjanosti znanstvenih teorija.