Human activities and biological invasions have caused unprecedented biodiversity loss over the past 500 years. Proximity to humans drives the spatial distribution of species toward less disturbed habitats. Invasive species can competitively exclude native species, but species may coexist due to different habitat preferences. Here, we investigated how proximity to farms and the presence of the non‐native European hare (Lepus europaeus) influence the habitat use by the Brazilian cottontail (Sylvilagus minensis) in southeastern Brazil. We found that the probability of cottontail site use increased with native forest cover and decreased with farmhouse proximity, ranging from 0.05 (SE = 0.02) at sites close to farmhouses (≅900 m) with no native forest to 0.70 (SE = 0.15) at sites far from farmhouses (≅2500 m) dominated by native forest. Higher risk of harassment and predation by free‐roaming dogs and cats may explain the negative effect of farmhouse proximity on cottontail habitat use. We found little evidence for competitive exclusion by the European hare. Instead, our results suggest that the two species spatially segregate due to different habitat preferences. While the European hare more likely uses farmland in its native and non‐native range, our results suggest that the Brazilian cottontail is a forest dweller. Although we found only weak evidence of competitive exclusion, we advise caution because invasive species may delay the onset of detrimental effects due to initial low population densities in newly invaded areas as is the case of the European hare in southeastern Brazil. in Portuguese is available with online material. As atividades humanas e as invasões biológicas têm causado uma perda sem precedentes da biodiversidade ao longo dos últimos 500 anos. A proximidade com os humanos direciona a distribuição espacial das espécies para habitats menos perturbados. Espécies invasoras podem excluir competitivamente espécies nativas, mas as espécies podem coexistir devido a diferentes preferências de habitats. Aqui, investigamos como a proximidade de residências rurais e a presença da lebre europeia não nativa (Lepus europaeus) influenciam o uso do habitat pelo tapeti (Sylvilagus minensis) no sudeste do Brasil. Descobrimos que a probabilidade de uso do habitat pelo tapeti aumentou com a cobertura de floresta nativa e diminuiu com a proximidade de residências rurais, variando de 0.05 (EP = 0.02) em locais próximos a residências rurais (≅900 m) e sem floresta nativa para 0.70 (EP = 0.15) em locais distantes de residências rurais (≅2500 m) dominados por floresta nativa. Maior risco de perseguição e predação por cães e gatos domésticos pode explicar o efeito negativo da proximidade de residências rurais no uso do habitat do tapeti. Encontramos poucas evidências de exclusão competitiva pela lebre europeia. Em vez disso, nossos resultados sugerem que as duas espécies segregam espacialmente devido a diferentes preferências de habitats. Enquanto a lebre europeia tem maior probabilidade de usar áreas agrícolas em sua área nativa e não nativa, nossos resultados sugerem que o tapeti é uma espécie florestal. Embora tenhamos encontrado apenas evidências fracas de exclusão competitiva, aconselhamos cautela, pois espécies invasoras podem postergar o início de efeitos prejudiciais devido a densidades populacionais inicialmente baixas em áreas recém‐invadidas, como é o caso da lebre europeia no sudeste do Brasil. Probability of Brazilian cottontail using sites increases with native forest cover and decreases with farmhouse proximity. Increased human proximity to tropical forests and tropical deforestation are currently more relevant threats to the conservation of the Brazilian cottontail in southeastern Brazil than the European hare invasion.