Se realizó un estudio experimental para determinar el efecto sobre la viabilidad de dos probióticos al ser incorporados a la harina de torta residual de sacha inchi como matriz alimentaria. Para ello, se extrajo el aceite de las semillas de sacha por prensado en frío y se obtuvo la torta residual. Luego se preparó la harina de torta residual y se determinó la humedad, las proteínas, las cenizas, las grasas, la fibra, los hidratos de carbono y el valor calórico tanto de la torta residual de sacha inchi como de la harina obtenida a partir de ella. Se establecieron cuatro fórmulas experimentales con los siguientes porcentajes F1(100% de harina), F2(93% de harina y 7% de S. boulardii), F3(93% de harina y 7% de L.rhamnosus) y F4(92,2% de harina + 3,6% de S.boulardii + 3,6% de L.rhamnosus). Por último, se determinó la viabilidad de los microorganismos probióticos Lactobacillus rhamnosus y Saccharomyces boulardii incorporados a la harina y se caracterizó fisicoquímica y microbiológicamente la fórmula con mejores resultados. Los resultados muestran que hay diferencias mínimas entre las medias de la concentración en UFC/g obtenida en el tratamiento con S. boulardii (F2) (Sig.=0,37), la media del tratamiento Control (F1), así como diferencias mínimas significativas entre la media del tratamiento con L. rhamnosus y S. boulardii (F4) y el tratamiento de control (F1) (Sig.=0.001), sin embargo, los tratamientos F2 y F4 no difieren significativamente de la media en UFC/g obtenida en cada uno de ellos (Sig.=0.165). Se concluye que la concentración celular del microorganismo de ensayo se ve afectada por la matriz alimentaria en la que se encuentra, considerando los tratamientos con S. boulardii (F2) y L. rhamnosus + S.boulardii (F4) como los tratamientos en los que la concentración celular de S.boulardii se mantuvo estable durante los 19 días de la prueba en comparación con el tratamiento con Lactobacillus rhamnosus (F3).