Usnu šupljinu nastanjuju mnogi virusi, gljive i bakterije. Dok se većina tih mikroorganizama može lako uzgojiti i identificirati klasičnim mikrobiološkim testovima, neki od njih se mogu identificirati samo metodama molekularne biologije, kao npr. humani papiloma virus. Neki mikroorganizmi su prisutni u premaloj količini pa se ne mogu utvrditi klasičnim metodama tako da i u tom slučaju molekularna dijagnostika postaje logična alternativa. Testovi molekularne biologije osjetljivi su, objektivni, lako izvodljivi i manje su zahtjevni od klasičnih mikrobioloških metoda, u smislu edukacije i osiguranja kvalitete. U ovom radu su opisane molekularne metode koje se najčešće koriste za dokazivanje mikroorganizama koji koloniziraju usnu šupljinu.