Večina rek, ki prečkajo slovensko hrvaško mejo, je bila v 90. letih zmerno do močno onesnažena. V obdobju 1990 – 1997 se je nekoliko izboljšala (večinoma le za polovico razreda) kakovost Mure, Save in spodnje Sotle, poslabšala Kolpe pod Metliko, kakovost Dragonje pa se bistveno ni spremenila. Pri onesnaževanju Tržaškega zaliva je delež onesnaževanja Italije največji, delež Slovenije in Hrvaške pa manjši. Smotrnejše ravnanje z obmejnimi vodnimi viri se naj prednostno usmeri na zmanjšanje njihovega onesnaževanja in sonaravno gospodarjenje v okviru mednarodnih porečij (Sava, Drava, Mura). Z vidika obmejnega regionalnega razvoja in skupnega sonaravnega gospodarjenja z vodnimi viri pa je ključno skupno meddržavno načrtovanje in udejanjanje zmanjševanja obremenjevnja vod Sotle, Kolpe in Tržaškega zaliva.