Identifikacija kultivarjev vinske trte z metodami, ki temeljijo na morfoloških razlikah med rastlinami, je lahko zaradi vpliva ekoloških dejavnikov nepravilna, zato so bile razvite metode, ki omogočajo analizo kultivarjev na nivoju genotipa. V zadnjih dvajsetih letih so se uveljavile različne tehnike za karakterizacijo kultivarjev, od izoencimskih analiz do analiz na nivoju DNA (RFLP, RAPD, AFLP, SCAR in SSR markerji). Med omenjenimi so se najbolj uveljavili mikrosateliti, ki kažejo največjo informacijsko vrednostjo polimorfizma in so večinoma zelo variabilni. Sestavljeni so iz kratkih, tandemsko ponovljivih motivov DNA, ki so prisotni pri večini organizmov. Glavni vzrok polimorfizma med posamezniki so spremembe v številu ponovitev osnovnega motiva mikrosatelita. Za izdelavo začetnih oligonukleotidov mikrosatelitskih lokusov so v začetnih raziskavah uporabili zaporedja obrobnih regij že znanih mikrosatelitov, ki so bila shranjena v podatkovnih bazah DNA. Kasneje pa se je strategija razvijala v smeri nastanka genomskih knjižnic obogatenih z mikrosateliti. Pri vinski trti je bilo razvitih več kot 500 mikrosatelitskih markerjev in njihov izredni potencial in uporabnost pri določanju kultivarjev vinske trte in podlag je bil dokazan v številnih raziskavah. Za genotipizacijo se večinoma uporablja set šestih oz. devetih mikrosatelitskih markerjev (označevalcev), ki so zelo polimorfni in najbolj primerni za ugotavljanje genetske variabilnosti med evropskimi kultivarji vinske trte. Uporaba enotnega seta markerjev ter vključevanje referenčnih kultivarjev v analize genotipizacije omogoča primerjave genotipov med različnimi raziskovalnimi skupinami, in tako lahko rešujemo številne dilem o sinonimih, homonimih ali o izvoru sort vinske trte.