Konzumiranje sirovog mlijeka može predstavljati potencijalni rizik za potrošače uslijed prisutnosti patogenih bakterija i bakterija kvarenja. U ovom radu istražen je sastav mikroflore sirovog kravljeg mlijeka s posebnim naglaskom na prisutnost enterokoka. Određivan je ukupni broj bakterija, psihrofilnih bakterija, bakterija mliječne kiseline, stafilokoka, Escherichia coli, enterokoka, enterobakterija, Listeria spp. i sulfitreducirajućih klostridija primjenom standardnih mikrobioloških metoda. Mlijeko je potjecalo od zdravih krava (n = 17) i krava s liječenim mastitisom (n = 19). Kolonije enterokoka (n = 43) su nasumično odabrane sa selektivne podloge te podvrgnute fenotipskoj identifikaciji pomoću API 20 Strep, a potom MALDI-TOF masenom spektrometrijom. Statistički značajne razlike (P<0,05) s obzirom na zdravstveni status vimena zabilježene su u ukupnom broju bakterija i bakterija mliječne kiseline. Rezultati identifikacije izolata Enterococcus faecalis bili su u potpunom suglasju primjenom MALDI-TOF MS i API 20 Strep. MALDI-TOF MS tehnikom identificirani su izolati enterokoka koje API 20 Strep sustavom nije bilo moguće identificirati ili su bili identificirani do razine roda. Rezultati istraživanja pokazuju da se MALDI-TOF MS može smatrati pouzdanom metodom u rutinskoj identifikaciji enterokoka iz sirovog mlijeka.