Faculty of Pharmacy, Lj. (FFALJ)
-
Analiza bakterijskega encima Ddl in njegovih zaviralcev z uporabo prosto dostopnih bioinformacijskih orodij = Analysis of the Ddl bacterial enzyme and its inhibitors using freely available bioinformatics tools : enoviti magistrski študijski program FarmacijaForštner, PatriciaBakterijska odpornost velja za enega največjih svetovnih javnozdravstvenih problemov in je v naglem porastu. Neupravičena in neprimerna uporaba antibiotikov je prispevala k pojavu večkratno odpornih ... bakterij, katerih okužb ni več mogoče zdraviti s konvencionalnim protibakterijskim zdravljenjem. Zdravljenje takšnih okužb je omejeno, zato je nujen razvoj novih protibakterijskih učinkovin. Peptidoglikan, ki je glavna in esencialna komponenta bakterijske celične stene, pri tem predstavlja idealno tarčo za razvoj novih protibakterijskih učinkovin, saj z zaviranjem njegove biosinteze ali z njegovo specifično razgradnjo dosežemo selektivno toksično delovanje s prokariontsko celično lizo tako po Gramu negativnih kot po Gramu pozitivnih bakterij. V okviru naše magistrske naloge smo s pomočjo prosto dostopnih bioinformacijskih orodij in programov ovrednotili primernost bakterijskega encima D-alanin-D-alanin ligaze (Ddl), ki je pomemben encim v biosintezni poti peptidoglikana kot tarče za nove protibakterijske učinkovine. Encim smo analizirali z vidika lastnosti, ki so pomembne pri napovedovanju perspektivnosti tarč, kot so esencialnost, evolucijska ohranjenost in sposobnost tvorbe interakcij. Oblikovali smo seznam do sedaj znanih najbolj potencialnih zaviralcev encima in jih z namenom ocene njihove podobnosti z učinkovinami in spojino vodnico analizirali s sodobnimi pristopi farmacevtske kemije. Ugotovili smo, da je Ddl dokazano esencialen za 30 organizmov. S kombinacijo analize evolucijske ohranjenosti in tvorbe interakcij smo identificirali 11 ključnih aminokislin, za katere velja, da so evolucijsko glede na ostale položaje bolj ohranjene, so del aktivnega mesta, kjer tvorijo večino interakcij z ligandoma (ATP in dipeptid D-alanin-D-alanin) ter prispevajo k najvišjim deležem tvorbe interakcij vzdolž celotnega encima. 11 ključnih aminokislin so predstavljali aminokislinski ostanki: Glu-15, His-63, Glu-68, Lys-97, Lys-144, Ser-151, Glu-187, Glu-270, Asn-272, Gly-276 in Arg-255. Ugotovili smo, da so s stališča načrtovanja novih zaviralcev Ddl najbolj obetavne aminokisline, ki so v vezavnem mestu za substrat oz. produkt kemijske reakcije, ki jo katalizira Ddl in aminokisline, ki so v vezavnem mestu za fosfatni del molekule ATP. Naredili smo izbor petih najbolj perspektivnih zaviralcev, ki so celostno gledano na ovrednotene fizikalno-kemijske lastnosti, lipofilnost, vodotopnost, farmakokinetične lastnosti, podobnost z učinkovinami in druge lastnosti, vezane na farmacevtsko kemijo zaviralcev, kazali boljše lastnosti kot trenutno edina zdravilna učinkovina v klinični praksi z delovanjem na encim Ddl (cikloserin).Type of material - master's thesis ; adult, seriousPublication and manufacture - Ljubljana : [P. Forštner], 2021Language - slovenianCOBISS.SI-ID - 66074115
Author
Forštner, Patricia
Other authors
Frlan, Rok
Topics
Bakterijska rezistenca |
Farmacevtska kemija |
Ddl |
esencialnost |
evolucijska ohranjenost |
zaviralci |
bioinformacijska orodja |
D-alanin-D-alanin ligaza
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Call number – location, accession no. ... |
Copy status | Reservation |
---|---|---|
Knjižnica emšf 0000000615 FORŠTNER P. Analiza 0000000964 IN: 0016956 Knjižnica emšf 615 FORŠTNER P. Analiza 964 IN: 0016956 |
available - reading room
|
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Shelf entry
Permalink
- URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year | Impact factor | Edition | Category | Classification | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Select the library membership card:
If the library membership card is not in the list,
add a new one.
DRS, in which the journal is indexed
Database name | Field | Year |
---|
Links to authors' personal bibliographies | Links to information on researchers in the SICRIS system |
---|---|
Forštner, Patricia | ![]() |
Frlan, Rok | 26512 |
Source: Personal bibliographies
and: SICRIS
Select pickup location:
Material pickup by post
Delivery address:
Address is missing from the member's data.
The address retrieval service is currently unavailable, please try again.
By clicking the "OK" button, you will confirm the pickup location selected above and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the above pickup location and delivery address, and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the address selected above and complete the reservation process.
Notification
Automatic login and reservation service currently not available. You can reserve the material on the Biblos portal or try again here later.
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
Pickup location | Material status | Reservation |
---|
Reservation in progress
Please wait a moment.
Reservation was successful.
Reservation failed.
Reservation...
Membership card:
Pickup location: