Objetivo: Diante da importância da detecção de alterações genéticas em pacientes com leucemias, o objetivo desse estudo foi comparar a sensibilidade das técnicas Nested -PCR e RT-qPCR na detecção de ...alterações genéticas em pacientes portadores de leucemias agudas. Metodologia: Aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa (nº4.798.575), este estudo incluiu amostras de sangue periférico e medula óssea de 117 pacientes atendidos no Hospital Geral de Fortaleza (HGF). Após a obtenção dos respectivos diagnósticos de leucemia mieloide aguda e leucemia linfoblástica aguda, todas as amostras foram submetidas a análises qualitativas através da técnica de Nested -PCR e de expressão quantitativa através da técnica de RT-qPCR. Os pacientes com LMA foram submetidos à análise das seguintes alterações: FLT3-ITD, RUNX1::RUNX1T1, CBFB::MYH11 e PML::RARA, enquanto foram pesquisadas as fusões BCR::ABL1, TCF3::PBX1, KMT2A::AFF1, ETV6::RUNX1 e SIL::TAL1 nas amostras dos pacientes com LLA. Resultados: Ao longo do estudo, foram diagnosticados 77 pacientes com Leucemia Mieloide Aguda (LMA) e 40 com Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), dos quais 35 correspondiam ao tipo B e 5 ao tipo T. Entre os 77 pacientes com LMA, foram detectados 4 pacientes com a mutação FLT3-ITD, 7 pacientes com a translocação RUNX1::RUNX1T1, 10 pacientes com a translocação PML::RARA e 1 paciente com a translocação CBFB::MYH11. A presença dessas alterações não foi detectada através da técnica Nested -PCR, porém foi possível realizar essa identificação através do método de RT-qPCR. Já entre os 40 pacientes portadores de LLA, observou-se a presença de 24 pacientes com a translocação BCR::ABL1 e 3 pacientes com a translocação TCF3::PBX1, através da metodologia RT-qPCR. Diferentemente das análises realizadas nas amostras de LMA, foi possível identificar a formação de bandas na pesquisa pelas fusões nas amostras de LLA. Entretanto, a alteração TCF3::PBX1 foi detectada pela Nested -PCR apenas em amostras de medula óssea dos pacientes, mesmo apresentando alta leucometria e taxas acima de 20% de blastos circulantes em sangue periférico. Discussão: O presente estudo demonstrou que a técnica de RT-qPCR apresentou uma sensibilidade maior em comparação à técnica de Nested -PCR no momento do diagnóstico das amostras de leucemias agudas estudadas. Isso também foi visto em outros trabalhos que demonstraram que a metodologia de RT-qPCR é mais sensível e rápida na detecção de diversas doenças quando comparada à Nested -PCR. A literatura traz resultados controversos em relação à Nested -PCR, já que alguns autores determinaram essa metodologia como um método confiável e com alta sensibilidade para o diagnóstico de diversas doenças, enquanto outros pesquisadores indicam a utilização de métodos mais eficientes como a RT-qPCR. No geral, a utilização da técnica Nested-PCR aparenta ser mais indicada em casos que o diagnóstico por PCR convencional simples não é o suficiente. Conclusão: Portanto, o estudo demonstrou que a técnica de RT-qPCR apresentou uma sensibilidade maior em comparação à técnica de Nested -PCR no momento do diagnóstico das amostras de leucemias agudas estudadas. A técnica de RT-qPCR se mostrou muito eficiente para o diagnóstico rápido e sensível de alterações genéticas em ambos os tipos de amostras analisadas no estudo, caracterizando uma grande vantagem, já que deixa de exigir coletas invasivas de medula óssea.
Os sinais clínicos das infecções por Ehrlichia canis e Anaplasma platys são similares, e o diagnóstico desses patógenos feito por esfregaços sanguíneos corados é difícil devido à sensibilidade e ...especificidade. Por outro lado, os diagnósticos moleculares são altamente sensíveis e específicos, e nested-PCRs têm sido otimizadas para o diagnóstico preciso desses patógenos em cães. Em um Hospital Veterinário Escola, amostras de sangue total com EDTA foram obtidas de 100 cães, e esfregaços foram feitos das amostras de sangue para busca dos parasitos intracelulares. Para cada amostra, DNA foi extraído e submetido à nPCR para detecção de E. canis e A. platys. Os resultados dos esfregaços sanguíneos mostraram que 9% dos animais foram positivos para E. canis e 21% para A. platys. Com relação à nPCR, 57 e 55% dos cães foram positivos para E. canis e A. platys, respectivamente. Quando comparados com a nPCR, os esfregaços sanguíneos corados revelaram resultados falso-negativos para E. canis e A. platys. Os resultados indicam que a nPCR é altamente sensível e específica para detecção de ambos os patógenos, e os diagnósticos moleculares podem ser mais úteis nos Hospitais Veterinários.
A pseudoraiva (PR) é uma enfermidade viral responsável por consideráveis perdas econômicas na indústria de suínos. O vírus da pseudoraiva (PrV) apresenta apenas um sorotipo, mas, por análise de ...restrição enzimática, foi classificado em quatro genótipos denominados I, II, III e IV. Os métodos usados para genotipagem dependem do isolamento do vírus, da purificação do DNA viral, da restrição enzimática do genoma completo e da visualização após eletroforese. O objetivo deste trabalho foi estabelecer um método mais rápido e sensível para detectar e genotipar o PrV por nested-PCR e análise de restrição enzimática. Vinte isolados do PrV das regiões Sul e Sudeste do Brasil e a estirpe padrão Shope foram replicadas em células PK-15 e submetidas à nested-PCR para o gene da glicoproteína E. Além desses vírus previamente isolados, foram avaliadas 75 amostras clínicas de cérebro de suíno em um total de 25 animais positivos para a PR no isolamento e na soroneutralização viral e 50 amostras negativas provenientes de animais negativos na soroneutralização viral e de granjas sem histórico de PR. Todas as amostras clínicas tiveram resultados compatíveis com o isolamento e a soroneutralização, e a totalidade das amostras positivas foi classificada como genótipo II. A sensibilidade analítica da nested-PCR foi de 10-1,3 TCID50 mL-1. A combinação da nested-PCR e da restrição enzimática foi capaz de detectar e genotipar o vírus com resultados em um a dois dias, sendo mais rápida que os métodos convencionais de restrição do genoma completo que podem demorar até sete dias.
Pseudorabies is a disease caused by Suid herpesvirus 1 (PrV) and is responsible for considerable economic losses in the swine industry. The PrV has only one serotype, but based on RFLP (restriction ...fragment length polymorphism) the virus was divided into four genotypes named I, II, III, IV. The classical methods for PrV genotyping usually require virus isolation, DNA purification enzyme restriction analysis and a long electrophoresis. The aim of this research was to describe a faster and more sensitive method to detect and genotype PrV based on nested-PCR and restriction enzyme analysis. Twenty PrV isolates from south and southeast regions of Brazil, and the standard strain Shope were grown in PK-15 cells and submitted to PCR for glycoprotein E gene amplification. Additionally were tested 75 clinical samples (swine brain), with 25 positives for virus isolation and seroneutralization, and 50 negatives from a flock free PR with negative results in seroneutralization test. There was 100% of agreement between results of nested-PCR and virus isolation and seroneutralization and all samples detected were classified as genotype II. The nested-PCR, combined with restriction enzyme analysis, was able to detect and genotype PrV in 1-2 days with a sensitivity of 10-1,3 TCID50 mL.sup.-1. It was faster than classical methods described in the literature that require at least 7 days to be completed.
Introdução: Os poliomavírus (JCV e BKV) causam infecção principalmente em adultos imunocomprometidos. Um diagnóstico sensível e específico é de fundamental importância para os pacientes portadores de ...JCV e BKV. Atualmente alguns laboratórios têm utilizado a técnica de PCR para a detecção do material genético destes vírus em amostras clínicas. Assim, o objetivo deste estudo é determinar o limite mínimo de detecção da técnica de nested-PCR para os poliomavírus JC e BK. Métodos: Diluições seriadas (100 cópias/mL; 50 cópias/mL; 25 cópias/mL; 10 cópias/mL; 5 cópias/mL e 1 cópia/mL) de controles positivos comerciais de JCV e BKV com concentração conhecida foram submetidas à técnica de nested-PCR semi-duplex. Foram testadas 11 vezes todas as diluições, para determinação do limite mínimo de detecção. Resultados: O limite mínimo de detecção da reação de nested PCR para os vírus JC e BK foi de 25 cópias/mL para ambos com 100% de positividade das diluições testadas na reação de PCR. Ainda, pudemos observar que resultados positivos fracos foram obtidos nas diluições de 1, 5 e 10 cópias/mL em algumas das repetições realizadas. As diluições de 25, 50 e 100 cópias/mL sempre obtiveram resultado francamente positivo. Conclusões: Estes valores são semelhantes aos relatados em outros estudos, contribuindo para indicar esta reação de PCR para potenciais fins diagnósticos.
Introdução: Os poliomavírus (JCV e BKV) causam infecção principalmente em adultos imunocomprometidos. Um diagnóstico sensível e específico é de fundamental importância para os pacientes portadores de ...JCV e BKV. Atualmente alguns laboratórios têm utilizado a técnica de PCR para a detecção do material genético destes vírus em amostras clínicas. Assim, o objetivo deste estudo é determinar o limite mínimo de detecção da técnica de nested-PCR para os poliomavírus JC e BK. Métodos: Diluições seriadas (100 cópias/mL; 50 cópias/mL; 25 cópias/mL; 10 cópias/mL; 5 cópias/mL e 1 cópia/mL) de controles positivos comerciais de JCV e BKV com concentração conhecida foram submetidas à técnica de nested-PCR semi-duplex. Foram testadas 11 vezes todas as diluições, para determinação do limite mínimo de detecção. Resultados: O limite mínimo de detecção da reação de nested PCR para os vírus JC e BK foi de 25 cópias/mL para ambos com 100% de positividade das diluições testadas na reação de PCR. Ainda, pudemos observar que resultados positivos fracos foram obtidos nas diluições de 1, 5 e 10 cópias/mL em algumas das repetições realizadas. As diluições de 25, 50 e 100 cópias/mL sempre obtiveram resultado francamente positivo. Conclusões: Estes valores são semelhantes aos relatados em outros estudos, contribuindo para indicar esta reação de PCR para potenciais fins diagnósticos.
O vírus da cinomose canina (CDV) é um patógeno que afeta cães, causando doença grave e que pode levar a morte. Os cães infectados pelo CDV podem ser diagnosticados pela detecção do RNA utilizando-se ...a técnica de Nested-PCR. O presente estudo teve como objetivo avaliar o RNA do CDV no sangue, urina e saliva em cães com diagnóstico clínico de cinomose. A técnica de Nested-PCR foi capaz de detectar o RNA em diferentes tipos de amostras biológicas. Obteve-se um maior número de resultados positivos em amostras de urina.
Canine distemper virus (CDV) is a pathogen which affects dogs and causes severe disease leading to death. Dogs infected with CDV can be diagnosed by RNA detection by Nested PCR technique. The following study proposed to valuate CDV RNA in blood, urine and saliva samples. The Nested-PCR technique was able to detect CDV RNA in different types of biologic samples. The higher number of positive results was obtained in urine samples.
OBJETIVO: Avaliar o desempenho da técnica nested PCR (nPCR) para detectar o complexo Mycobacterium tuberculosis em amostras de sangue de pacientes com suspeita de TB para sua possível utilização como ...uma ferramenta auxiliar no diagnóstico laboratorial da doença em crianças. MÉTODOS: Detecção do complexo M. tuberculosis em amostras de sangue usando como alvo a sequência de inserção IS6110 do DNA genômico do bacilo. Foram avaliados 120 pacientes, menores de 15 anos de idade, de ambos os sexos, provenientes de hospitais públicos do Recife (PE), no período entre janeiro de 2003 e agosto de 2005. O diagnóstico de TB foi realizado pelo médico assistente do serviço de saúde de acordo com os critérios da Sociedade Torácica Americana. A nPCR amplificou um fragmento de 123 pb com oligonucleotídeos externos (IS1/IS2) e, na reação subsequente, com oligonucleotídeos internos (IS3/IS4), gerando um amplicon de 81 pb. RESULTADOS: A TB ativa ou latente esteve presente em 65 pacientes, foi descartada em 28 suspeitos e 27 não tinham a doença (controles). A sensibilidade da nPCR foi de 26,15%, sendo significativamente maior na forma extrapulmonar (55,56%) em relação à pulmonar (18,18%), e a especificidade foi de 92,73%. CONCLUSÕES: Diante das dificuldades diagnósticas da TB infantil e do baixo número de casos estudados, a nPCR em sangue demonstrou ser uma técnica rápida e específica, mas com baixa sensibilidade. Para saber a sua real utilidade no diagnóstico de formas paucibacilares, sobretudo as extrapulmonares, novas pesquisas devem ser desenvolvidas com uma casuística maior de crianças e com outros espécimes biológicos além do sangue.
Tritrichomonas foetus é um protozoário patogênico responsável por doença venérea em bovinos conhecida por tricomonose genital bovina. A tricomonose bovina é uma doença venérea causada pelo ...protozoário cujo habitat natural é o trato genital. Os protocolos já desenvolvidos para o diagnóstico deste parasito por PCR, apesar de serem eficazes na identificação do DNA genômico alvo, promovem algumas amplificações inespecíficas ou são incapazes de distinguir T. foetus das outras espécies do gênero. O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estabelecer e otimizar protocolos de ensaio de PCR e nested-PCR para o diagnóstico específico de T. foetus, empregando-se novos iniciadores, selecionados do alinhamento das seqüências dos genes 18S rRNA, 5,8S rRNA, 28S rRNA e dos espaços transcritos do rDNA (ITS1 e ITS2). Um par de iniciadores foi construído para amplificação gênero-específica de um fragmento de 648 pares de base e outros dois para a obtenção de produtos espécie- específicos de 343 e 429 pb. Nenhuma reação cruzada foi observada frente ao DNA genômico de Bos taurus ou de microrganismos responsáveis por infecções genitais. A sensibilidade dos ensaios de PCR e de nested-PCR apresentados neste estudo permitiu um limiar de detecção de até dois parasitos.
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