Nous abordons, dans cette thèse, une étude sur les représentations continues de mots (en anglais word embeddings) appliquées à la détection automatique des erreurs dans les transcriptions de la ...parole. Notre étude se concentre sur l’utilisation d’une approche neuronale pour améliorer la détection automatique des erreurs dans les transcriptions automatiques, en exploitant les word embeddings. L’exploitation des embeddings repose sur l’idée que la détection d’erreurs consiste à trouver les possibles incongruités linguistiques ou acoustiques au sein des transcriptions automatiques. L’intérêt est donc de trouver la représentation appropriée du mot qui permet de capturer des informations pertinentes pour pouvoir détecter ces anomalies. Notre contribution dans le cadre de cette thèse porte sur plusieurs axes. D’abord, nous commençons par une étude préliminaire dans laquelle nous proposons une architecture neuronale capable d’intégrer différents types de descripteurs, y compris les embeddings. Ensuite, nous nous focalisons sur une étude approfondie des représentations continues de mots. Cette étude porte d’une part sur l’évaluation de différents types d’embeddings linguistiques puis sur leurs combinaisons. D’autre part, elle s’intéresse aux embeddings acoustiques de mots. Puis, nous présentons une étude sur l’analyse des erreurs de classifications, qui a pour objectif de percevoir les erreurs difficiles à détecter.Finalement, nous exploitons les embeddings linguistiques et acoustiques ainsi que l’information fournie par notre système de détections d’erreurs dans plusieurs cadres applicatifs.
My thesis concerns a study of continuous word representations applied to the automatic detection of speech recognition errors. Our study focuses on the use of a neural approach to improve ASR errors detection, using word embeddings. The exploitation of continuous word representations is motivated by the fact that ASR error detection consists on locating the possible linguistic or acoustic incongruities in automatic transcriptions. The aim is therefore to find the appropriate word representation which makes it possible to capture pertinent information in order to be able to detect these anomalies. Our contribution in this thesis concerns several initiatives. First, we start with a preliminary study in which we propose a neural architecture able to integrate different types of features, including word embeddings. Second, we propose a deep study of continuous word representations. This study focuses on the evaluation of different types of linguistic word embeddings and their combination in order to take advantage of their complementarities. On the other hand, it focuses on acoustic word embeddings. Then, we present a study on the analysis of classification errors, with the aim of perceiving the errors that are difficult to detect. Perspectives for improving the performance of our system are also proposed, by modeling the errors at the sentence level. Finally, we exploit the linguistic and acoustic embeddings as well as the information provided by our ASR error detection system in several downstream applications.
Aim: Different signal/cutoff values for different commercial kits are used to determine the samples that would predict a true antibody response for Hepatitis C Virus infection. The aim of this study ...is to determine a specific signal/cutoff ratio with the commercial kit that is used routinely in our laboratory that would predict a true antibody positive result 95% of the time regardless of the anti-HCV prevalance. Material and Methods: A total number of 309 anti-HCV positive samples that were tested with the architect anti-HCV assay (Abbott Laboratories, IL, USA) were reviewed retrospectively and categorized according to their signal/cutoff ratio. These samples were retested with LIA (Innogenetics N.V., Belgium). ROC-curve analysis in SPSS 17.0 statistical package programme was used for data analysis. Results: The signal/cutoff ratio 3.27 is determined as the cutoff point that predicts a true antibody positive result in 94.9% (positive predictive value 94.9 %, specificity 81.4%, sensitivity 91.2%) of the cases according to the ROC curve analysis. Conclusion: A stepwise approach is appropriate for evaluation of patients positive for anti-HCV. It is important for laboratories to determine a cutoff point to distinguish between a low and high positive Anti-HCV result. With the architect anti-HCV assay (Abbott, USA), in cases with signal/cutoff >3.27, the line immunoassay will be positive in most patients, so supplementary testing in such individuals is not needed.
Amaç: Hepatit C virüs enfeksiyonunda farklı ticari kitler ile gerçek antikor pozitifliğini öngören farklı Anti-HCV sinyal/eşik değer oranları belirlenmiştir. Bu çalışmanın amacı, laboratuvarımızda rutin olarak kullanılan ticari kit için anti-HCV prevalansından bağımsız olarak %95 gerçek antikor olumluluğunu öngören spesifik bir sinyal/eşik değer oranı belirlemektir. Gereç ve Yöntem: Architect anti-HCV (Abbott Laboratories, IL, ABD) kiti ile daha önce test edilen 309 anti-HCV pozitif örnek sinyal/eşik değerlerine göre sınıflandırıldı. Bu örnekler LIA (Innogenetics N.V., Belçika) ile tekrar test edildi. Veri analizi için 17.0 SPSS paket programındaki ROC eğri analizi kullanıldı. Bulgular: ROC eğrisi analizine göre 3.27 sinyal/eşik değer oranı, gerçek antikor pozitifliğini öngören eşik değer olarak bulundu (pozitif prediktif değer %94.9, özgüllük %81.4, duyarlılık %91.2). Sonuç: Anti-HCV pozitif bulunan hastaların değerlendirilmesinde basamaklı bir yaklaşım uygundur. Laboratuvarların, düşük ve yüksek anti-HCV pozitifliğini ayırt edebilecek bir eşik değer belirlemesi önemlidir. Architect anti-HCV testi (Abbott, ABD) ile sinyal/eşik değeri >3.27 olan örneklerde line immunoassay testi hastaların çoğunda pozitif olarak bulunacağından, bu hastalarda bu tip bir destekleme testinin uygulanmasına gerek yoktur.
Cette thèse s'articule autour de deux axes de recherche. Le premier axe aborde les aspects méthodologiques liés au traitement temps-fréquence des signaux issus d'un radar FMCW (à onde continue ...modulée en fréquence) dans le contexte de la mesure des déplacements fins. Le second axe est dédié à la conception et à la validation d'une chaîne de traitement des images RSO (radar à synthèse d'ouverture) satellitaire. Lorsqu'un maillage 3D de la structure envisagée est disponible, les traitements proposés sont validés par l'intercomparaison avec les techniques conventionnelles d'auscultation des grands ouvrages d'art.D'une part, nous étudions la correction de la non-linéarité d'un radar FMCW en bande X, à courte portée, conçu pour la mesure des déplacements millimétriques. La caractéristique de commande non linéaire de l'oscillateur à large bande, entraine une perte de résolution à la réception. Afin de pallier cet inconvénient, nous avons développé deux méthodes basées sur le ré-échantillonnage temporel (time warping) dans le cas des signaux à large bande non-stationnaires. La première approche estime la loi de fréquence instantanée non linéaire à l'aide de la fonction d'ambiguïté d'ordre supérieur, tandis que la deuxième approche exploite la mesure de concentration spectrale du signal de battement dans un algorithme d'autofocus radial.D'autre part, nous proposons un cadre méthodologique général pour la détection et le pistage des centres de diffusion dans les images RSO pour la surveillance des grands ouvrages d'art. La méthode est basée sur la ré-focalisation de chaque image radar sur le maillage 3D de l'infrastructure étudiée afin d'identifier les diffuseurs pertinents par tomographie 4D (distance – azimut – élévation – vitesse de déformation). L'algorithme de ré-focalisation est parfaitement compatible avec les images RSO acquises dans les différents modes (« stripmap », « spotlight » et « sliding spotlight ») : dé-focalisation en azimut suivie par rétroprojection modifiée (conditionnée par la structure temps-fréquence du signal) sur l'ensemble donné des points. Dans la pile d'images ré-focalisées, les centres de diffusion sont détectés par tomographie 4D : test de conformité à l'hypothèse d'élévation zéro dans le plan élévation – vitesse de déformation. La vitesse moyenne correspond au maximum à l'élévation zéro, tandis que la série temporelle des déplacements est obtenue par double différence de phase des amplitudes complexes pour chaque diffuseur pertinent.Nous présentons également les campagnes in situ effectuées au barrage de Puylaurent (et glissement de Chastel) : les relevés GPS, topographiques et LIDAR sol employées au calcul des maillages 3D. La comparaison entre les déplacements mesurés in situ et les résultats obtenus par l'exploitation conjointe de la télédétection RSO satellitaires et les maillages 3D valident la chaîne de traitement proposée.
The thesis is composed of two research axis. The first one consists in proposing time-frequency signal processing tools for frequency modulated continuous wave (FMCW) radars used for displacements measurements, while the second one consists in designing a spaceborne synthetic aperture radar (SAR) signal processing methodology for infrastructure monitoring when an external point cloud of the envisaged structure is available. In the first part of the thesis, we propose our solutions to the nonlinearity problem of an X-band FMCW radar designed for millimetric displacement measurements of short-range targets. The nonlinear tuning curve of the voltage controlled oscillator from the transceiver can cause a dramatic resolution degradation for wideband sweeps. To mitigate this shortcoming, we have developed two time warping-based methods adapted to wideband nonlinearities: one estimates the nonlinear terms using the high order ambiguity function, while the other is an autofocus approach which exploits the spectral concentration of the beat signal. Onwards, as the core of the thesis, we propose a novel method for scattering centers detection and tracking in spaceborne SAR images adapted to infrastructure monitoring applications. The method is based on refocusing each SAR image on a provided 3D point cloud of the envisaged infrastructure and identifying the reliable scatterers to be monitored by means of four dimensional (4D) tomography. The refocusing algorithm is compatible with stripmap, spotlight and sliding spotlight SAR images and consists of an azimuth defocusing followed by a modified back-projection algorithm on the given set of points which exploits the time-frequency structure of the defocused azimuth signal. The scattering centers of the refocused image are detected in the 4D tomography framework by testing if the main response is at zero elevation in the local elevation-velocity spectral distribution. The mean displacement velocity is estimated from the peak response on the zero elevation axis, while the displacements time series for detected single scatterers is computed as double phase difference of complex amplitudes.Finally, we present the measurement campaigns carried out on the Puylaurent water-dam and the Chastel landslide using GPS measurements, topographic surveys and laser scans to generate the point clouds of the two structures. The comparison between in-situ data and the results obtained by combining TerraSAR-X data with the generated point clouds validate the developed SAR signal processing chain.
Teza cuprinde două axe principale de cercetare. Prima axă abordează aspecte metodologice de prelucraretimp-frecvenţă a semnalelor furnizate de radare cu emisie continuă şi modulaţie de frecvenţă (FMCW)în contextul măsurării deplasărilor milimetrice. În cadrul celei de-a doua axe, este proiectată şi validatăo metodă de prelucrare a imaginilor satelitare SAR (radar cu apertură sintetică) ce este destinatămonitorizării infrastructurii critice şi care se bazează pe existenţa unui model 3D al structurii respective.În prima parte a tezei, sunt investigate soluţii de corecţie a neliniarităţii unui radar FMCW în bandaX destinat măsurării deplasărilor milimetrice. Caracteristica de comandă neliniară a oscilatorului debandă largă determină o degradare a rezoluţiei în distanţă. Pentru a rezolva acest inconvenient, au fostelaborate două metode de corecţie a neliniarităţii, adaptate pentru semnale de bandă largă, ce se bazeazăpe conceptul de reeşantionare neuniformă sau deformare a axei temporare. Prima abordare estimeazăparametrii neliniarităţii utilizând funcţii de ambiguitate de ordin superior, iar cea de-a doua exploateazăo măsură de concentraţie spectrală a semnalului de bătăi într-un algoritm de autofocalizare în distanţă.În a doua parte a lucrării, este propusă o metodologie generală de detecţie şi monitorizare a centrilorde împrăştiere în imagini SAR în scopul monitorizării elementelor de infrastructură critică. Metoda sebazează pe refocalizarea fiecărei imagini radar pe un model 3D al structurii investigate în scopul identificăriicentrilor de împrăştiere pertinenţi (ţinte fiabile ce pot fi monitorizate în timp) cu ajutorul tomografiei SAR4D (distanţă-azimut-elevaţie-viteză de deplasare). Algoritmul de refocalizare este compatibil cu imaginiSAR achiziţionate în moduri diferite (« stripmap », « spotlight » şi « sliding spotlight ») şi constă într-odefocalizare în azimut urmată de o retroproiecţie modificată (condiţionată de structura timp-frecvenţă asemnalului) pe modelul 3D al structurii. Ţintele sunt identificate în stiva de imagini refocalizate cu ajutorultomografiei 4D prin efectuarea unui test de conformitate cu ipoteza că centrii de împrăştiere pertinenţivor avea elevaţie zero în planul local elevaţie-viteză. Viteza medie de deformare corespunde maximuluide pe axa de elevaţie nulă, iar seria temporară a deplasărilor se obţine printr-o dublă diferenţă de fază aamplitudinilor complexe corespunzătoare ţintelor identificate.În final sunt prezentate campaniile de măsurători pe teren efectuate la un baraj şi o alunecare de terendin regiunea Puylaurent (Franţa) destinate obţinerii modelului 3D al celor două elemente de infrastructurăprin măsurători GPS, topografice şi LIDAR. Comparaţia între deformările măsurate pe teren şi rezultateleobţinute prin combinarea imaginilor SAR cu modelele 3D au permis validarea metodologiei propuse.
Les prions sont des agrégats amyloïdes infectieux. Le prion Het-s de Podospora anserina est un des prions le mieux caractérisé. Le prion Het-s est impliqué dans l’incompatibilité végétative – un ...processus biologique qui a lieu au cours des anastomoses entre des souches génétiquement différentes. Quand une souche Het-s fusionne avec une souche exprimant l’allèle alternatif du gène het-s – l’allèle het-S – une réaction de mort cellulaire programmée est déclenchée. Les deux protéines diffèrent de 13 acides aminés et partagent une architecture en deux domaines ; un domaine globulaire en N-terminal nommé HeLo et un domaine PFD (Prion Forming Domain) en C-terminal. Il a été établi qu’en présence des fibres amyloïdes de Het-s, la protéine HET-S agit en ‘pore-forming’ toxine : la transconformation du PFD de HET-S par les fibres amyloïdes du Het-s active le domaine HeLo de HET-S et entraîne la mort cellulaire. Afin de mieux caractériser les propriétés du repliement β-solénoïde du prion Het-s, nous avons entrepris l’exploration in vivo des relations structure-fonction de ce repliement par une approche d’alanine scanning. Au cours de nos recherches pour des homologues de HET-S/s, nous avons identifié un partenaire fonctionnel de HET-S – une protéine appelée NWD2. NWD2 est une protéine STAND et partage une séquence homologue (3-23) au PFD de HET-S/s. Les protéines STAND, après la reconnaissance d’un ligand, forment des plateformes oligomériques pour transduire le signal. Des analyses génomiques in silico réalisées dans plusieurs génomes fongiques nous ont amené à proposer que la transduction du signal via une protéine STAND à repliement amyloïde est un mécanisme ancien et conservé chez les champignons. Dans ce contexte nous avons identifié deux nouveaux motifs PFD putatifs – σ et PP. En soumettant à l’épreuve notre hypothèse, nous avons d’abord démontré que NWD2 interagit avec HET-S/s en fonction d’un ligand spécifique in vivo et l’interaction est dépendante de la séquence NWD2(3-23) homologue au PFD de HET-S/s. Nous avons ensuite exploré le motif PP associé à un domaine HeLo-like (HELL) dans le génome de Chaetomium globosum. En démontrant la nature amyloïde et prion-like du motif PP ainsi que l’analogie fonctionnelle entre ce motif et le PFD de HET-S/s in vivo nous avons apporté des arguments supplémentaires en faveur de l’implication des repliements amyloïdes dans la transduction du signal chez les champignons filamenteux.
Prions are infectious amyloid aggregates. Podospora anserina’s Het-s is one of the best characterized fungal prions with a remarkably high prevalence in wild populations. Het-s functions in vegetative incompatibility - a biological process occurring during anastomosis between two genetically incompatible strains. When an Het-s prion infected strain fuses with a strain expressing the alternative allelic variant of the het-s locus – het-S – a cell death reaction of the heterokaryon occurs. Differing by 13 amino acids both proteins shares two domain architecture; a globular N-terminal domain called HeLo and a C-terminal Prion Forming Domain (PFD). It has been demonstrated that in presence of Het-s amyloid fibers HET-S turns into a pore-forming toxin: transconformation of the HET-S PFD by Het-s fibers triggers the refolding of the HET-S HeLo domain, inducing the cell death reaction. In an attempt to better characterize the conserved features of the Het-s β-solenoid fold we have used a mutational alanine scanning approach and explored in vivo the existing relations between structure and prion functions of Het-s. During our quest for new distant homologues of HET-S/s, we have identified a functional partner of HET-S toxin called NWD2. NWD2 is a STAND protein and shares a homology sequence (3-23) in the HET-S/s PFD. STAND proteins form signal transducing hubs through oligomerization upon ligand recognition. Several in silico analysis in various fungal genomes led us to propose that signal transduction via a STAND protein using an amyloid prion-like fold is a general widespread mechanism in fungi. In that context, we have proposed two novel putative PFD motifs called σ and PP. Testing experimentally our hypothesis, we have first demonstrated that NWD2 interacts with HET-S/s upon ligand recognition in vivo and the interaction is dependant of the NWD2(3-23) region. We have then explored the newly identified putative prion domain PP, associated to a Helo-like domain (termed HELL) from the filamentous fungus Chaetomium globosum. By demonstrating the amyloid, prion-like nature of the PP motif and the functional analogy between PP and HET-S/s PFD domain in vivo, we expose further evidences supporting the implication of amyloid folds in signal transduction in filamentous fungi.
Pour augmenter les performances de nos composants électroniques, les fabricants ont recourt à de nouveaux matériaux tels que les terres rares. Malgré leur nom, les terres rares sont présentes en ...quantité sur le globe terrestre mais de façon diluée dans les minerais extraits. L’extraction de ces éléments est peu effectuée en Europe mais majoritairement en Asie où les procédés chimiques de séparations employés sont parfois peu respectueux de l’environnement. De plus les industriels européens sont contraints économiquement par le marché asiatique pour l’achat de ces matières premières. En revanche l’Europe dispose d’une grande quantité de déchets électroniques contenant les éléments d’intérêts. Les procédés de recyclage sont donc primordiaux pour réduire notre dépendance économique et répondre aux besoins d’une économie circulaire. Des procédés de recyclage comme par exemple, l’extraction liquide-liquide existent déjà, mais la diversité des déchets présents nécessite d’adapter le procédé en fonction du lot de déchets afin d’améliorer le rendement. Mais l’optimisation d’un procédé nécessite des expérimentations qui peuvent prendre plusieurs années. L’objectif de la thèse est de trouver des moyens innovants pour réduire le temps nécessaire à l’étude d’un système d’extraction liquide-liquide de quelques années à quelques semaines. Pour cela le domaine a besoin d’une instrumentation dédiée pouvant analyser de façon automatique et rapide les procédés. Les travaux de cette thèse ont donc porté sur le développement d’un dispositif microfluidique d’extraction liquide-liquide associé à deux techniques principales d’analyses en ligne. La première technique d’analyse est basée sur une méthode de fluorescence des rayons X (XRF) pour déterminer la performance d’extraction. La seconde méthode est basée sur de la spectrométrie infrarouge à transformée de Fourrier (FTIR) afin d’étudier l’activité des solvants (aqueux et organiques), informant sur les mécanismes d’extraction.
To increase the performance of our electronic components, manufacturers are using new materials such as rare earth elements (REE). Despite their name, the REE are present in quantity on Earth but in a diluted way in the ores extracted. The extraction of these elements is little carried out in Europe but mainly in Asia where the chemical processes of separations employed are sometimes not very respectful of the environment. Moreover European manufacturers are economically constrained by the Asian market for the purchase of these raw materials. On the other hand, Europe has a large quantity of electronic waste containing the elements of interest. Recycling processes are therefore essential to reduce our economic dependence and meet the needs of a circular economy. Recycling processes such as, for example, liquid-liquid extraction already exist, but the diversity of the present waste requires to adapt the process according to the batch of waste in order to improve the yield. But the optimization of a process requires experiments that can take several years. The aim of the thesis is to find innovative ways to reduce the time needed to study a liquid-liquid extraction system from a few years to a few weeks. For this the domain needs a dedicated instrumentation that can analyse processes automatically and quickly. The work of this thesis is focused on the development of a microfluidic liquid-liquid extraction device associated with two main online analysis techniques. The first analytical technique is based on an X-ray fluorescence (XRF) method to determine the extraction performance. The second method is based on Fourier transform infrared spectrometry (FTIR) in order to study the activity of solvents (aqueous and organic), informing about extraction mechanisms.
L’informatique industrielle a connu d’importantes avancées ces dernières décennies. La place prise par cette thématique dans la formation des ingénieurs en électronique croit en adéquation avec ...l’importance croissante des systèmes numériques, embarqués et/ou communicants. L’informatique est maintenant un nouveau pré-requis pour bon nombre de thématiques d’enseignement l’exploitant comme un outil : Traitement du Signal et de l’Image (TSI), automatique, électronique numérique, etc. Aujourd’hui la grande difficulté est de concevoir des projets transdisciplinaires simples en informatique, permettant d’assurer : l’assimilation de l’enseignement théorique et la mise en relief de l’utilisation de l’informatique dans la carrière d’un « électronicien » tout en respectant un faible volume horaire. Dans le cadre d’une réforme des contenus de semestre 4 (niveau master 1), nous avons reconçu un enseignement d’informatique industrielle (programmation objets et langage C++) et nous avons développé un projet de traitement vidéo temps réel sur plateforme Windows, Linux et MacOS. La plateforme pédagogique peut facilement être dérivée pour d’autres domaines pédagogiques comme nous le montrerons dans la suite de l’article. Cet article permet à un enseignant de comprendre les justifications des choix réalisés lors de l’écriture du sujet du projet et du développement de l’application.
Comprendre comment évoluent les écosystèmes lors de perturbations majeures de l'environnement nécessite de prendre en compte l'histoire évolutive des espèces, c'est-à-dire leur phylogénie. Dans ce ...Mémoire de thèse, j'utilise une approche modélisatrice afin d'étudier l'évolution phénotypique en lien avec l'environnement (écomorphologie), approche incluant des données actuelles et fossiles et visant in fine à comprendre comment les écosystèmes se diversifient et s'organisent structurellement et fonctionnellement à l'échelle des temps géologiques. Le cadre historique, fourni par la phylogénie, définit une trame analytique commune à l'étude de taxons actuels et fossiles. Différents outils dédiés, d'une part au traitement de données morphométriques souvent incomplètes, et d'autre part aux études écomorphologiques évolutives dans un contexte phylogénétique, sont développés et discutés. Cette thèse s'articule autour de deux ateliers consacrés à l'étude macroévolutive et macroécologique de grands mammifères « ongulés » : Bovidae, Cervidae, et Equidae. Le premier atelier concerne les ruminants actuels, clade très diversifié et à l'écologie des espèces constitutives connue. Les analyses révèlent des modes évolutifs contrastés entre Cervidae et Bovidae actuels, en fonction des niches écologiques et des caractères écomorphologiques considérés. La diversification moi pliocène des Bovidae africains apparaît corrélée à des évènements globaux, tandis que leur évolution phénotypique révèle des modes de diversification différents selon les habitats. Le second atelier est focalisé sur l'impact d'un événement majeur ayant affecté l'ensemble du pourtour méditerranéen à la limite Miocène- Pliocène, il y a 5,3 millions d'années : la Crise de Salinité Messinienne. Il repose sur l'étude d' « ongulés » fossiles et apporte des précisions sur l'aspect temporel de l'évolution de ces mammifères avant et après cet événement. Les principaux résultats illustrent des variations rapides de la structure phylogénétique des assemblages d'ongulés qu'il est possible de relier au contexte biogéographique et aux variations climatiques locales et régionales. Les renouvellements fauniques (acteurs) et fonctionnels (rôles), initiés dès la fin du Miocène moyen, apparaissent progressifs et non soudains. Les résultats obtenus offrent une meilleure caractérisation et compréhension des réponses évolutives de ces mammifères, grands consommateurs primaires souvent parmi les premiers menacés lors de perturbations climatiques et environnementales majeures
Understanding how ecosystems evolve when facing severe climatic perturbations of the environment requires an historic perspective provided by species phylogenies. In this thesis, I use a modelling framework to investigate the question of the phenotypic evolution of species as an adaptation to the environment (ecomorphology). I combine extant and fossil data to study how ecosystems are diversifying and organizing structurally and functionally on a geological time scale. The historical context provided by the phylogeny defines a unified analytical framework for the study of extant and fossil taxa. Several analytical tools dedicated, on the one hand to deal with missing cases in morphometric studies, and on the other hand to ecomorphological studies in a phylogenetic context, are developed and discussed. This PhD thesis is organized along two main research axes dedicated to the macroevolutionary and macroecological study of three large mammals “ungulate” families: Bovidae, Cervidae, and Equidae. First I focus on extant ruminants, a well diversified clade for which species ecological preferences are well known. The analyses show contrasted evolutionary modes between extant cervids and bovids, depending on the ecological niche and ecomorphological traits under scrutiny. The Mio-Pliocene diversification of African bovids appears to be correlated with global climatic events while their phenotypic evolution shows contrasted evolutionary patterns depending on the habitat. The second axis focuses on the circum Méditerranean impact of a major event that took place at the Miocene-Pliocene boundary, 5.3 million years ago: the Messinian Salinity Crisis. The comparative study of extinct “ungulates” living before and after this event provides some clues about the evolutionary rates and spatial patterns of phylogenetic diversity of these large mammals. The phylogenetic structure of the ungulate communities shows abrupt changes related to the local and regional biogeographic context as well as variations in climate conditions. Meanwhile, progressive faunal (actors) and functional (roles) turnovers are depicted from the beginning of the Late Miocene onward. These results provide a better characterization and understanding of the evolutionary responses to broad climatic and environmental perturbations of these often-threatened, large primary consumer “ungulate” mammals
PDF
