Vodonosnik ob Mislinji zaradi majhne izdatnosti in dejstva, da se ne uporablja za vodooskrbo, ni vključen v redni državni monitoring kakovosti podzemnih voda. V članku na primeru devetih vzorčnih mest (zasebnih vodnjakov in vrtin) analiziramo vrednosti osnovnih fizikalno-kemijskih parametrov vode, na podlagi katerih preliminarno ocenjujemo njeno kakovost. Ugotavljamo, da se v podtalnici odražajo antropogeni vplivi, ki so izrazitejši v bližini območij strnjene kmetijske obdelave ter ob večjih naseljih. Pri večini vzorcev so prisotne povišane vrednosti nitratov in kloridov, pri nekaterih pa se v višjih koncentracijah pojavljajo tudi druga merjena onesnažila. Glede na aktualni Pravilnik o pitni vodi je kar pet od devetih vzorcev neustreznih, oziroma zgolj pogojno ustreznih, kar pomeni, da je podtalnica v vodonosniku ob Mislinji morda že preveč onesnažena, da bi nanjo lahko računali kot na možni rezervni vodni vir za vodooskrbo.