Najčešće infekcije muškoga reproduktivnog sustava su akutni i kronični prostatovezikulitis, epididimitis i uretritis. Do sada su iznesena kontroverzna zapažanja kliničara o utjecaju urogenitalne infekcije na fertilitet muškaraca. Prema novijim istraživanjima infekcije muškoga reproduktivnog sustava uzrokuju disfunkciju sekretorne aktivnosti prostate, sjemenih vezikula i epididimisa, što dovodi do promjena volumena i kiselosti sjemene plazme, kao i koncentracije cinka, limunske kiseline, kisele fosfataze te fruktoze, što ima za posljedicu smanjenje broja i pokretljivosti spermija. Oksidativni stres kod kroničnog prostatitisa oštećuje akrosomsku aktivnost spermija te uzrokuje neplodnost muškaraca. Kasne posljedice preboljelih upala sjemenog trakta uzrokuju opstrukcije u sjemenim kanalima i dovode do oligospermije ili azoospermije.