Posljednjih su stoljeća razarajuće za Grke bile epidemije kuge, boginja, gube i kolere. Godine 1816. kuga je pogodila otoke u Jonskom i Egejskom moru, kopnenu Grčku, Konstantinopol i Smirnu. Mlečani koji su vladali Jonskim otocima uspješno su se borili protiv kuge, za razliku od Osmanlija koji su upravljali ostalim regijama. Godine 1922. kuga se pojavila kod prognanika iz Patra, koje su Turci protjerali iz Smirne i Male Azije. Cijepljenje protiv malih boginja najprije je provedeno u Tesali i izvodile su ga grčke žene, a grčki liječnici Emmanouel Timonis (1713., Oxford) i Jakovos Pylarinos (1715., Venecija) napisali su relevantne znanstvene publikacije. Prva kolonija gubavaca otvorena je na otoku Chiosu. Na Kreti je Spinalonga pretvorena u otok gubavaca koji je nakon rata za nezavisnost protiv turske okupacije i ujedinjenja Krete s Grčkom 1913. bio klasificiran kao Međunarodna bolnica za gubavce. Kolera je pogodila Grčku 1853. – 1854., a donijeli su je francuski vojnici tijekom Krimskog rata i opet tijekom balkanskih ratova (1912. – 1913.) kada su bugarske postrojbe donijele koleru u sjevernu Grčku. Zbog uzastopnih ratova medicinska pomoć nije bila uvijek dostupna, tako da su se očajni ljudi više puta okretali religiji procesijama u čast lokalnih svetaca, za svoj spas u vrijeme epidemija.