Coronavirus Disease 2019 (COVID 19) adalah penyakit menular yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-COV-2). Kelompok usia yang berisiko terjangkit COVID-19 salah satunya anak usia sekolah dan remaja. Pembelajaran tatap muka di sekolah harus dilaksanakan dengan hati-hati agar sekolah tidak menjadi cluster baru penyebaran COVID-19. Pengetahuan dan perilaku siswa penting dalam penerapan protokol kesehatan selama pembelajaran tatap muka. Tujuan dalam penelitian ini untuk menggambarkan pengetahuan dan perilaku siswa tentang penerapan protokol kesehatan selama pembelajaran tatap muka di SD Muhammadiyah Mutihan Wates Yogayakarta. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif analitik dengan cross-sectional. Sampel dalam penelitian ini berjumlah 85 siswa dengan teknik pengambilan sampel menggunakan teknik purposive sampling dengan menggunakan kuesioner pengetahuan dan perilaku. Pengumpulan data menggunakan kuesioner. Hasil penelitian didapatkan yaitu pengetahuan siswa dalam penerapan protokol kesehatan dengan kategori baik sebanyak 58,8% dan kurang sebanyak 42,2%, sedangkan untuk perilaku siswa dengan kategori baik sebanyak 76,5% dan kurang 23,5%. Di harapkan sekolah tetap mempertahankan pengetahuan siswa tentang protokol kesehatan dan selalu memberikan edukasi kepada siswa dalam penerapan protokol kesehatan disekolah.