Svrha je ovog istraživanja bila utvrditi raznolikost autohtone mikrobne zajednice laktobacila u istarskom siru te detaljno genetički definirati sojeve. Uzorkovanje mlijeka i svježeg sira provodilo se na tri obiteljska poljoprivredna gospodarstva na području Istre. Ukupno 212 izolata mezofilnih i termofilnih laktobacila, te ukupna zajednica (konzorcij) istraženi su pomoću fenotipskih i genotipskih metoda ovisno o izolaciji na selektivnim hranjivim podlogama. Primjenom biokemijskog testa PhenePlate-LB, 212 izolata preliminarno je svrstano u 16 skupina prema načinu korištenja supstrata. Po jedan reprezentativni izolat laktobacila iz svake PhP skupine genotipski je analiziran PCR analizom i sekvencioniranjem 16S rRNA gena te je određeno kojem rodu i vrsti pripadaju. Sekvencijskom su analizom određene ove vrste: Lactobacillus plantarum, Lactobacillus brevis, Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei i Lactobacillus rhamnosus. Dodatno je testirana osjetljivost svakog reprezentativnog izolata na sljedeće antibiotike: ampicilin, tetraciklin, penicilin, rifampicin, klindamicin, eritromicin i vankomicin. Kod svih izolata utvrđena je rezistencija na vankomicin, iako nije jasno utvrđen mehanizam osjetljivosti na ostale testirane antibiotike. PCR DGGE analizom ukupne zajednice laktobacila (konzorcija) utvrđeno je da prevladavaju vrste Lactobacillus plantarum i Lactobacillus brevis. Također su pronađene vrste Pediococcus pentosaceus, Pediococcus acidilactici, Streptococcus sp. i Leuconostoc mesenteroides. Prisutnost određenih vrsta u kompleksnoj mikrobnoj zajednici laktobacila istarskog sira potvrđuje rezultate brojnih studija o tradicijskim sirevima, što predstavlja važan autohtoni genetički potencijal za daljnju selekciju izolata.