Functional genomics screens using multi-parametric assays are powerful approaches for identifying genes involved in particular cellular processes. However, they suffer from problems like noise, and ...often provide little insight into molecular mechanisms. A bottleneck for addressing these issues is the lack of computational methods for the systematic integration of multi-parametric phenotypic datasets with molecular interactions. Here, we present Integrative Multi Profile Analysis of Cellular Traits (IMPACT). The main goal of IMPACT is to identify the most consistent phenotypic profile among interacting genes. This approach utilizes two types of external information: sets of related genes (IMPACT-sets) and network information (IMPACT-modules). Based on the notion that interacting genes are more likely to be involved in similar functions than non-interacting genes, this data is used as a prior to inform the filtering of phenotypic profiles that are similar among interacting genes. IMPACT-sets selects the most frequent profile among a set of related genes. IMPACT-modules identifies sub-networks containing genes with similar phenotype profiles. The statistical significance of these selections is subsequently quantified via permutations of the data. IMPACT (1) handles multiple profiles per gene, (2) rescues genes with weak phenotypes and (3) accounts for multiple biases e.g. caused by the network topology. Application to a genome-wide RNAi screen on endocytosis showed that IMPACT improved the recovery of known endocytosis-related genes, decreased off-target effects, and detected consistent phenotypes. Those findings were confirmed by rescreening 468 genes. Additionally we validated an unexpected influence of the IGF-receptor on EGF-endocytosis. IMPACT facilitates the selection of high-quality phenotypic profiles using different types of independent information, thereby supporting the molecular interpretation of functional screens.
Hérnia traumática do pulmão Marsico, Giovanni Antonio; Boasquevisque, Carlos Henrique Ribeiro; Loureiro, Gustavo Lucas ...
Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões,
02/2011, Letnik:
38, Številka:
1
Journal Article
Diariamente novos artigos científicos sobre tuberculose (TB) são publicados em todo mundo. No entanto, é difícil para o profissional sobrecarregado na rotina de trabalho acompanhar a literatura e ...discernir o que pode e deve ser aplicado na prática diária juntos aos pacientes com TB. A proposta das "III Diretrizes para TB da Sociedade Brasileira de Pneumologia e Tisiologia (SBPT)" é revisar de forma crítica o que existe de mais recente na literatura científica nacional e internacional sobre TB e apresentar aos profissionais da área de saúde as ferramentas mais atuais e úteis para o enfrentamento da TB no nosso país. As atuais "III Diretrizes para TB da SBPT" foram desenvolvidas pela Comissão de TB da SBPT e pelo Grupo de Trabalho para TB a partir do texto das "II Diretrizes para TB da SBPT" (2004). As bases de dados consultadas foram LILACS (SciELO) e PubMed (Medline). Os artigos citados foram avaliados para determinação do nível de evidência científica, e 24 recomendações sobre TB foram avaliadas, discutidas por todo grupo e colocadas em destaque. A primeira versão das "III Diretrizes para TB da SBPT" foi colocada no website da SBPT para consulta pública durante três semanas, e as sugestões, críticas e o nível de evidência da referência científica que as embasavam foram avaliados e discutidos antes de serem incorporadas ou não ao texto final.
Rôle clé de la petite GTPase Rab5 Gilleron, Jérôme; Zeigerer, Anja; Marsico, Giovanni ...
M.S. Médecine sciences,
12/2012, Letnik:
28, Številka:
12
Journal Article
GLOSSÁRIO Oliveira, Glória Maria de; Marsico, Giovanni Antonio; Renteria, Juan Miguel ...
Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões,
10/2007, Letnik:
34, Številka:
5
Journal Article
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