In this investigation, fecal specimens from children with diarrhea were collected from four community studies conducted between 1982 and 2019 in Belém, Brazilian Amazon. A total of 234 samples were ...tested by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT‐qPCR) to detect infections by picornaviruses of the Enterovirus (EV), Parechovirus (HPeV), Cosavirus (HCoSV), Kobuvirus (Aichivirus ‐ AiV) and Salivirus (SalV) genera. The positive samples were subjected to different amplification protocols of the VP1 region of the genome, such as nested PCR or snPCR, and were subsequently genotyped by sequencing VP1 and VP3 of the viral genome. Positivity was observed in 76.5% (179/234) of the samples tested using RT‐qPCR for at least one virus, and co‐infection was observed in 37.4% (67/179) of the cases. EV was detected in 50.8% (119/234), HPeV in 29.9% (70/234), HCoSV in 27.3% (64/234), and AiV/SalV in 2.1% (5/234) of the specimens tested by RT‐qPCR. Using nested PCR and/or snPCR techniques, the positivity rates were 94.11% (112/119) for EV, 72.85% (51/70) for HPeV, and 20.31% (13/64) for HCoSV. It was not possible to amplify the samples that were positive for AiV/SalV. Sequencing revealed 67.2% (80/119) EV, 51.4% (36/70) HPeV, and 20.31% (13/64) HCoSV. Forty‐five different types of EV were found among species A, B, and C; HCoSV identified five species, including a possible recombinant strain; all HPeV were identified as belonging to species A, in two samples a possible recombination involving three different strains was verified. This study demonstrated the high circulation and diversity of different types of picornaviruses in fecal samples, including those collected more than 30 years ago. This endorsed the evaluation of important points in the epidemiology of these viruses, such as the presence of co‐infection and the possibility of knowing more about these agents, considering that some were recently described; therefore, their detection in older samples can provide more data about their ancestry.
The present study aimed to use a conventional and metagenomic approach to investigate the microbiological diversity of water bodies in a network of drainage channels and rivers located in the central ...area of the city of Belém, northern Brazil, which is considered one of the largest cities in the Brazilian Amazon.
In eight of the analyzed points, both bacterial and viral microbiological indicators of environmental contamination-physical-chemical and metals-were assessed. The bacterial resistance genes, drug resistance mechanisms, and viral viability in the environment were also assessed. A total of 473 families of bacteria and 83 families of viruses were identified. Based on the analysis of metals, the levels of three metals (Cd, Fe, and Mn) were found to be above the recommended acceptable level by local legislation. The levels of the following three physicochemical parameters were also higher than recommended: biochemical oxygen demand, dissolved oxygen, and turbidity. Sixty-three bacterial resistance genes that conferred resistance to 13 different classes of antimicrobials were identified. Further, five mechanisms of antimicrobial resistance were identified and viral viability in the environment was confirmed.
Intense human actions combined with a lack of public policies and poor environmental education of the population cause environmental degradation, especially in water bodies. Thus, urgent interventions are warranted to restore the quality of this precious and scarce asset worldwide.
Introdução/Objetivos: As infecções respiratórias agudas (IRA) constituem um importante problema em saúde pública, especialmente aquelas desencadeadas pelo Vírus Sincicial Respiratório (VSR), um dos ...principais agentes virais associados à doença grave na população pediátrica em todo o mundo. O VSR pertence à família Pneumoviridae, gênero Orthopneumovirus e baseado em suas características antigênicas é classificado em dois subgrupos, VSRA e VSRB. Deste modo, este estudo objetivou identificar o subgrupo mais frequente e caracterizar geneticamente cepas de VSR em amostras oriundas de um surto de IRA, em pacientes de zero a dois anos de idade, ocorrido no Estado do Amapá, no período de março a maio de 2023. Métodos: Para tal, o Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amapá enviou 188 amostras de secreção respiratória para a pesquisa de etiologia viral ao Laboratório de Vírus Respiratórios do Instituto Evandro Chagas (LVR-IEC), Laboratório de Referência junto a Rede Nacional de Vigilância de Influenza e outros vírus respiratórios do Ministério da Saúde. A análise das amostras envolveu a extração do ácido nucleico viral utilizando kit comercial, detecção e definição do subgrupo de VSR por Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em tempo real precedida de Transcrição Reversa (RT-qPCR) e sequenciamento do genoma completo pela abordagem de metagenômica shotgun, na plataforma NextSeq 500 Illumina. Resultados: Das 188 amostras analisadas, 96 (51,06%) foram positivas para VSR, destas 61 (63,54%) pertencem ao subgrupo A e 16 (16,66%) ao B, em 19 amostras não foi possível identificar o subgrupo. O sequenciamento genômico foi realizado em duas cepas do subgrupo A e quatro do B. A análise genômica demonstrou que as cepas de VSRA agruparam no clado GA2.3.5 e as do subgrupo VSRB no clado GB5.0.5a. Conclusão: Nossos dados corroboram o importante papel do VSR na indução de IRA em pacientes pediátricos, com o VSRA sendo predominante na população investigada. A análise genética não evidenciou mudanças que possam conferir maior virulência, patogenicidade e/ou transmissibilidade das cepas detectadas no Amapá. Acredita-se que as medidas de proteção adotadas durante a pandemia de COVID-19 afetaram a circulação de outros vírus respiratórios, como o VSR, criando, desta forma, grupos suscetíveis à infecção. Nossos dados reforçam a importância do monitoramento constante do VSR, para auxiliar no melhor manejo clínico e controle de infecções por esse patógeno em crianças.
Introdução/objetivos: As gastroenterites agudas (GEA) são doenças que se constituem como a segunda maior causa de morte em crianças de todo mundo, especialmente em crianças menores de cinco anos, ...ocorrendo principalmente em países de baixa e média renda. Os agentes virais como rotavírus e norovírus têm sido demonstrados como as causas mais frequentes, no entanto alguns membros da família Picornaviridae também foram associados à diarreia em humanos. Diante disto, objetivou-se a realização da vigilância expandida dos picornavírus em amostras fecais de crianças com quadro de gastroenterite aguda em estados da região Norte e Nordeste do Brasil entre os anos de 2020 e 2021. Métodos: Para isso, foram utilizadas suspensões fecais provenientes de crianças com quadro de gastroenterite aguda e encaminhadas ao Laboratório de Enterovírus do Instituto Evandro Chagas através das redes de vigilância de rotavírus e póliovirus nos anos de 2020 e 2021. Para detecção foi realizada a extração do RNA viral utilizando o QIAmp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN), posteriormente foi realizada a reação de RT-qPCR utilizando o kit comercial GoTaq Probe 1-Step RT-qPCR System (Promega) e oligonucleotídeos e sondas específicos para detecção de Parechovirus, Aichivirus e Cosavirus. Foram analisadas 419 amostras de suspensão fecal, nas quais 31,7% (133) foram positivas para parechovirus (HpeV), aichivírus (AiV) e cosavírus (CosV). Resultados: Com isso, foi observado à prevalência dos CosV, os quais estavam presentes em 57,1% (76/133) das amostras, seguido pelo HpeV com 37% (49/133) e por fim os AiV com 6% (8/133). Foram identificadas 18 codetecções entre os vírus investigados, sendo possível observar de HpeV com CosV em 13 amostras, duas codetecções entre AiV e CosV e três codetecções entre os três vírus investigados. Conclusão: Diante do exposto, conclui-se que é importante a vigilância desses vírus para fomentar estudos que visem comprovar sua atuação e comportamento como agentes causadores de gastroenterite, visto que sua prevalência em amostras vem se tornando cada vez mais prevalente e a escassez de estudos no mundo e no Brasil com esse objetivo acabam postergando esses resultados, por isso torna-se de extrema importância à continuidade dessa pesquisa nas regiões norte e nordeste, por conta de sua alta prevalência, para saber sua atuação e comportamento como agentes gastroentéricos.
Introdução/objetivo: Popularmente conhecida como varíola dos macacos a monkeypox (MPOX) é uma zoonose ocasionada por um Orthopoxyvirus (OPXV) que teve seu primeiro caso descrito em humanos na ...República Democrática do Congo em 1970, tornando-se posteriormente endêmico em países da África Central e Ocidental. Em maio de 2022 foi relatada a detecção em vários países não endêmicos onde não se tinham ligações epidemiológicas conhecidas e o número de casos continuou a aumentar com a contínua transmissão em todo o mundo, no Brasil o primeiro caso foi confirmado em junho de 2022, logo após foi instituída a vigilância de rotina dos casos suspeitos. Diante disto, este estudo objetivou descrever a prevalência, as características epidemiológicas e clínicas dos casos confirmados de MPOX no Estado do Pará. Métodos: Para isso, foram analisadas amostras de swab de lesão coletadas de casos suspeitos e que deram entrada no Laboratório de Enterovírus (LEV) do Instituto Evandro Chagas (IEC) que atua como referência laboratorial para o Monkeypox no Estado do Pará no período de julho de 2022 a junho de 2023. Foi realizado o levantamento e tabulação das informações epidemiológicas e clínicas dos casos, após isso as amostras foram extraídas e testadas por Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em tempo real (qPCR) utilizando oligonucleotídeos e sondas específicas para detecção de MPOX. Resultado: Das 284 amostras recebidas 45,8% (130) foram confirmadas, onde 95% (124) pertenciam a pacientes do sexo masculino tendo o grupo etário de 20 a 29 anos com 86% (61) dos casos. Os sintomas mais comuns relatados foram febre (78,4%), lesão cutânea (62,3%), cefaléia (60%) e adenomegalia (38,4%). Dos pacientes positivos 86% (112) se enquadram no grupo de homens que fazem sexo com homens, 52% (68) são pessoas que vivem com HIV e 18% (24) possuem alguma infecção sexualmente transmissível ativa, sendo a sífilis a mais prevalente com 91,6% (22) dos casos. Foi registrado a hospitalização e posterior óbito de um paciente que vivia com HIV e possuía sífilis ativa. Conclusão: Diante disto, pode-se avaliar que o perfil clínico e epidemiológico dos pacientes no Estado do Pará se assemelha com os descritos em literatura em todo o mundo, logo, torna-se fundamental a vigilância epidemiológica deste patógeno uma vez que atual e rápida disseminação e evolução do MPOX não têm precedentes e representa uma ameaça contínua à saúde pública.
Introdução/objetivos: Dentre as doenças infecciosas de grande importância para a saúde pública, a gripe ou influenza desempenha um papel significativo nos índices de morbidade e mortalidade em todo o ...mundo. Tradicionalmente, os vírus influenza A são os mais descritos devido ao seu potencial de causar pandemias, no entanto os vírus influenza B apresentam grande impacto sendo associados a epidemias sazonais e ocasionando doenças graves, principalmente em crianças. Diante disto, este estudo objetivou investigar as propriedades moleculares dos vírus influenza B que circularam durante a epidemia sazonal em estados das Regiões Norte e Nordeste do Brasil no ano de 2023. Metodologia: Foram analisadas 387 amostras com resultado de RT-qPCR positivo para influenza B recebidas no Laboratório de Vírus Respiratório (LVR) do Instituto Evandro Chagas de janeiro a maio de 2023. Destas, 184 foram selecionadas para o sequenciamento genômico, adotando-se os seguintes critérios, amostras com Ct≤ 29, distribuídas por semanas epidemiológicas e unidades federativas, visando garantir que houvesse representatividade temporal e espacial. As bibliotecas foram preparadas utilizando Nextera XT DNA Library Preparation Kit (Ilumina) e submetidas ao sequenciamento de nova geração por amplicon, na plataforma MiSeq Illumina. As sequências obtidas foram montadas e alinhadas com cepas vacinais e outras obtidas de diferentes regiões do Brasil e do Mundo disponibilizadas no GISAID. Resultados: Durante o período analisado foram gerados 174 genomas completos de influenza B. A análise genética demonstrou que todas as amostras pertenciam a linhagem Victoria, clado V1A.3ª.2, que apresentam como marcadores genéticos a deleção de três aminoácidos (resíduos HÁ1 162-164), classificando-as no grupo V.1ª.3. Desta forma, as cepas circulantes apresentam-se geneticamente relacionada a cepa vacinal B/Austria/1359417/2021 (V.1ª.3ª.2) preconizada para o ano de 2023 no hemisfério sul. Conclusão: A vigilância genômica dos vírus influenza nos permite entender melhor os a dinâmica evolutiva destes agentes, gerando dados que nos permitem inferir sobre a compatibilidade das cepas circulantes com as que compõe a vacina. Desta forma, favorecendo a instituição de intervenções efetivas visando melhorar a aceitação da vacina contra influenza, garantindo assim um maior impacto da vacinação, especialmente no que tange a redução do ônus trazido por esta doença para a população humana.
