Digitalizacija Herbarijske zbirke započela je početkom 1990-ih, kada je na razini Muzeja pokrenut Informatički projekt dokumentacije muzejsko-galerijske građe WININVENT. Cilj projekta bio je ...osuvremenjivanje rada kustosa i omogućivanje trenutačne i potpune informacije o muzejskom predmetu.
Zbirka orhideja u Hrvatskom herbariju sensu stricto sadrži ukupno 1373 herbarijskih listova, koji pripadaju 91 svojti (25 rodova, 76 vrsta, 11 podvrsta i četiri hibrida). Većina zbirke potječe iz ...Hrvatske i nekoliko susjednih zemalja (Slovenija, Srbija, Bosna i Hercegovina, Italija, Sjeverna Makedonija i Crna Gora). Najbrojniji rodovi su Orchis, Ophrys i Anacamptis, a vrste Gymnadenia conopsea, Platanthera bifolia, Anacamptis morio, Neotinea tridentata, Cephalanthera longifolia i Dactylorhiza maculata. Najstariji primjerci potječu iz 1883., a prosječna starost zbirke je čak 113 godina. Glavni sakupljači su Ljudevit Rossi, Dragutin Hirc i Ambroz Haračić. U zbirci se čuvaju holotipovi i izotipovi vrsta Epipactis rivularis i Ophrys dinarica, a eksikati Malaxis monophyllos, Herminium monorchis i Ophrys × muellneri su jedini dokaz postojanja ovih vrsta u Hrvatskoj. Svi herbarijski primjerci su digitalizirani i javno su dostupni preko virtualnog herbarija.
Herbarijska zbirka Carla Studniczke najveća je takva zbirka u Prirodoslovnome muzeju Split. Zbirka je na stručnoj obradi, a do sada ima 13 848 herbarijskih primjeraka odnosno 5211 herbarijskih ...listova (inventarnih brojeva). Podatci o herbariju C. Studniczke potječu još iz 1905., kada je Marianne Studniczka, udovica topničkog inženjera, prodala opsežni herbarij europske flore sa 4725 vrsta i sorti unutar ukupno 10 000 primjeraka, znanstveno uređen i očuvan.
Digitalizirana su 963 herbarijska lista 76 vodenih biljnih svojti iz zbirke ZA, te je omogućen javni
pristup ovom materijalu putem online portala Virtualnog herbarija. Vodeno bilje sakupljano je u ...razdoblju od 176 godina, s tri maksimuma (u drugom desetljeću 20. stoljeća, tijekom 1940-ih i 1950-ih, te
tijekom recentnog desetljeća). Većina biljaka je sakupljena na području Hrvatske, a manji dio u susjednim i zemljopisno bliskim državama. Važnost zbirke očituje se u značajnom broju rijetkih i ugroženih
vrsta, za koje je zbirka jedini dokaz njihovog postojanja u Hrvatskoj (regionalno izumrla Caldessia
parnassifolia, zatim Luronium natans, Callitriche platycarpa, C. truncata, C. hermaphroditica, Potamogeton
alpinus, P. compressus, P. polygonifolius, Nuphar × spenneriana i Sparganium minimum). Zbirka vodenog
bilja u ZA vrijedan je izvor podataka o povijesnoj i recentnoj rasprostranjenosti vrsta, što je temelj za
procjenu promjene areala vrsta, procjenu ugroženosti te njihovu zaštitu.
Herbarijske zbirke predstavljaju najpouzdanije povijesne izvore podataka o stranim biljnim vrstama. Unutar zbirki ZA i ZAHO pronađena su ukupno 1152 herbarijska lista sa 70 invazivnih biljnih svojti. ...Intenzitet sakupljanja invazivnih svojti nije bio konstantan kroz vrijeme, čak 67 % zbirke sakupljeno je nakon Drugog svjetskog rata, a vrhunci sakupljanja bili su od 1910. do 1920., od 1960. do 1970., te nakon 2010. godine. Herbarijski primjerci 17 vrsta dokazuju njihovu prvu pojavu u Hrvatskoj mnogo prije nego što je dosad bilo poznato iz literature. Kako bi se povećala javna dostupnost zbirke, svi primjerci su digitalizirani i objavljeni u virtualnom herbariju.
Herbarij Agronomskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu (ZAGR) jedan je od najmlađih herbarija u Hrvatskoj. ZAGR je međunarodni akronim koji mu je pri osnivanju 2013. godine dodijelio Index Herbariorum. ...Odnedavno herbarijska građa pohranjena u ZAGR Herbariju obuhvaća, pored samonikle vaskularne flore, također i zbirku kultiviranih biljaka. Analiza je pokazala da 1737 herbarijskih primjeraka pripada zbirci kultiviranih i samoniklih korisnih biljaka. Ustanovljeno je 499 vrsta i podvrsta korisnih biljaka koje su razvrstane u 315 rodova i 104 porodice. Ukupno je u ZAGR Herbariju zastupljeno 18 kultiviranih vrsta sa sortama. Prema načinu upotrebe, odnosno korištenju najviše svojti - njih 326 - može se koristiti u ljekovite svrhe, 254 svojte se mogu koristiti kao hrana (166) ili dodatak hrani (88), dok medonosnih biljaka ima 172 svojte. Zbirka kultiviranih biljaka i samoniklih korisnih biljaka dostupna je na http://herbarium.agr.hr/.
U Botaničkom zavodu Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu smješten je od 1998. godine »Herbarij Ivo i Marija Horvat (ZAHO)« koji se dotada nalazio na različitim neodgovarajućim ...mjestima. Ova velika i dobro sačuvana zbirka sadrži u najvećem postotku vaskularne biljke ubrane u Hrvatskoj, Sloveniji, Bosni i Hercegovini, Crnoj Gori, Srbiji, Makedoniji, Grčkoj, Bugarskoj, Rumunjskoj, Slovačkoj, Poljskoj, Norveškoj, Švedskoj, Finskoj, manjem dijelu bivšeg SSSR-a, Italiji i Švicarskoj. Osim navedenih zemalja u kojima je biljni materijal skupljao osobno I. Horvat (1897.–1963.) u zbirci se nalazi i florna građa brojnih drugih skupljača dobivena razmjenom i nabavkama s raznih strana svijeta. Herbarij sadrži 71.611 listova od kojih su pojedine skupine bilja zastupljene sa slijedećim brojevima: Alge 7, Gljive 310, Lišaji 281, Mahovine 4.730, Paprati i Sjemenjače 64.829, Grčka 976, Finska 196 i Norveška 282. Precizan broj opsežnog biljnog materijala i pojedinih svojti prikazan je u tekstu i u skladu je s izvornim rukopisom Marije Horvat (1909.–1994.). Nekoliko tisuća listova različitog bilja što ga je skupio I. Horvat uklopljeno je u Hrvatski herbarij (ZA) tako da će ukupan broj njegova materijala biti poznat nakon detaljne obrade obiju zbirki koje se konačno nalaze u istom Zavodu. Zbog navedene okolnosti uklonjeni su prethodni problemi uvjetovani neodgovarajućim smještajem te je omogućena posudba i obrada ovog bogatog florističkog materijala koji je sad postao lako dostupan svim botaničarima što se odmah pozitivno odrazilo na objavljivanje znanstvenih priloga.